More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2336 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009672  Oant_4827  short chain dehydrogenase  48.16 
 
 
684 aa  645    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0410  short chain dehydrogenase  73.97 
 
 
701 aa  1034    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1642  short chain dehydrogenase  79.75 
 
 
705 aa  1124    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2746  short chain dehydrogenase  72.95 
 
 
705 aa  1053    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1972  short chain dehydrogenase  73.65 
 
 
705 aa  1072    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000839125  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0195  short chain dehydrogenase  73.09 
 
 
705 aa  1056    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2003  short chain dehydrogenase  73.23 
 
 
705 aa  1056    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2009  short chain dehydrogenase  66.57 
 
 
705 aa  979    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.333883 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1803  short chain dehydrogenase  67.56 
 
 
705 aa  958    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2336  short chain dehydrogenase  100 
 
 
706 aa  1446    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.308198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2413  short chain dehydrogenase  43.6 
 
 
688 aa  556  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2311  short chain dehydrogenase  43.6 
 
 
688 aa  555  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2693  short chain dehydrogenase  42.43 
 
 
682 aa  541  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25371  short chain dehydrogenase  42.35 
 
 
715 aa  535  1e-150  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.639467 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4460  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 
657 aa  360  4e-98  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.134448  normal  0.127863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4397  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 
657 aa  360  4e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1970  short chain dehydrogenase  32.4 
 
 
653 aa  336  7e-91  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3212  short chain dehydrogenase  31.04 
 
 
689 aa  330  5.0000000000000004e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2254  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  35.4 
 
 
691 aa  326  1e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000658882  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2454  short chain dehydrogenase  34.34 
 
 
694 aa  324  3e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.86013  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3516  short chain dehydrogenase  34.13 
 
 
664 aa  323  8e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.390317  normal  0.0637754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4925  short chain dehydrogenase  32.36 
 
 
707 aa  321  3e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000252534  normal  0.445415 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0705  short chain dehydrogenase  32.15 
 
 
680 aa  320  3.9999999999999996e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3884  short chain dehydrogenase  32.74 
 
 
706 aa  316  9.999999999999999e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2857  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  33.11 
 
 
701 aa  313  4.999999999999999e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.886438 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1895  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 
698 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.196702  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0223  short chain dehydrogenase  30.76 
 
 
699 aa  305  3.0000000000000004e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.133149  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1802  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  32.25 
 
 
701 aa  303  8.000000000000001e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.310518  normal  0.710919 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1679  short chain dehydrogenase  34.19 
 
 
696 aa  303  1e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.962871  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4215  short chain dehydrogenase  31.68 
 
 
713 aa  298  3e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.252283  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2988  short chain dehydrogenase  32.55 
 
 
700 aa  296  1e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6708  short chain dehydrogenase  29.82 
 
 
698 aa  288  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4810  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  32.91 
 
 
695 aa  285  2.0000000000000002e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2214  short chain dehydrogenase  32.96 
 
 
707 aa  281  4e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2532 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6264  short chain dehydrogenase  29.67 
 
 
703 aa  280  5e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340053  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4610  short chain dehydrogenase  29.26 
 
 
707 aa  279  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.11401  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1605  short chain dehydrogenase  30.94 
 
 
690 aa  276  9e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.043834 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2592  short chain dehydrogenase  30.3 
 
 
700 aa  276  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05820  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  31.88 
 
 
689 aa  276  1.0000000000000001e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2436  short chain dehydrogenase  31.48 
 
 
700 aa  274  4.0000000000000004e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3704  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  30.72 
 
 
678 aa  274  5.000000000000001e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.701668 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3316  short chain dehydrogenase  29.45 
 
 
730 aa  271  4e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000193646 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5807  short chain dehydrogenase  29.82 
 
 
698 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.402593  normal  0.0411689 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3572  short chain dehydrogenase  29.4 
 
 
698 aa  268  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.375865  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1386  short chain dehydrogenase  31.65 
 
 
691 aa  266  7e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.88189  normal  0.0321561 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0401  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 
652 aa  266  7e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3046  short chain dehydrogenase  31.81 
 
 
676 aa  265  3e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.854691  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4672  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 
679 aa  264  4e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.174921  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0694  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  29.71 
 
 
726 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.180727  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1303  short chain dehydrogenase  29.41 
 
 
729 aa  263  8e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.851428  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3454  short chain dehydrogenase  29.24 
 
 
730 aa  262  1e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.117557 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3625  short chain dehydrogenase  32.24 
 
 
687 aa  263  1e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000228222  normal  0.0356352 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2115  short chain dehydrogenase  31.84 
 
 
702 aa  262  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2731  short chain dehydrogenase  28.81 
 
 
729 aa  257  6e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.550366  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29640  short chain dehydrogenase  30.83 
 
 
683 aa  254  3e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3106  short chain dehydrogenase  30.63 
 
 
685 aa  252  2e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3145  short chain dehydrogenase  35.02 
 
 
413 aa  251  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.191553 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3499  short chain dehydrogenase  36.08 
 
 
413 aa  251  4e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.110567  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0429  short chain dehydrogenase  30.04 
 
 
680 aa  249  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.683758  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2381  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  31.76 
 
 
677 aa  248  4e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6711  short chain dehydrogenase  30.85 
 
 
677 aa  247  4.9999999999999997e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.318577  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4771  short chain dehydrogenase  29.29 
 
 
677 aa  247  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3305  short chain dehydrogenase  30.32 
 
 
680 aa  244  5e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4390  short chain dehydrogenase  29.57 
 
 
677 aa  243  1e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639544  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4477  short chain dehydrogenase  29.57 
 
 
677 aa  243  1e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0887  rhamnulose-1-phosphate aldolase/alcohol dehydrogenase  30.47 
 
 
684 aa  239  2e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3743  short chain dehydrogenase  30.61 
 
 
571 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1724  short chain dehydrogenase  29.97 
 
 
705 aa  209  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616533  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
254 aa  110  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.425319  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
249 aa  104  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.197887 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
254 aa  102  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
252 aa  102  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.52 
 
 
247 aa  99.4  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
249 aa  99  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
270 aa  98.6  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 
269 aa  98.2  5e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 
252 aa  97.1  9e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1543  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.58 
 
 
260 aa  96.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
257 aa  96.3  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  30.64 
 
 
259 aa  96.3  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.791092  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.16 
 
 
272 aa  95.9  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  35.2 
 
 
275 aa  95.9  3e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 
249 aa  95.1  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
265 aa  95.1  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
262 aa  94.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  32.46 
 
 
253 aa  94.4  6e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.8 
 
 
266 aa  93.6  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
249 aa  92.8  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.67 
 
 
282 aa  92.4  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.694275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.67 
 
 
282 aa  92.4  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 
249 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.120513 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
291 aa  93.2  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60014  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.67 
 
 
282 aa  93.2  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.25135  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.6 
 
 
254 aa  92  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.2 
 
 
263 aa  92.4  3e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.393265  normal  0.112416 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.2 
 
 
254 aa  92  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2220  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  29.82 
 
 
260 aa  92  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  29.2 
 
 
259 aa  91.7  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.63 
 
 
244 aa  91.7  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000123251 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
332 aa  91.7  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>