289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2258 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2258  ATPase domain protein  100 
 
 
360 aa  745    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0187  ATPase  39.18 
 
 
339 aa  226  6e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  unclonable  0.000000236407  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3749  ATPase domain-containing protein  38.86 
 
 
340 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000275778  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0439  ATPase  35.9 
 
 
340 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.00000000906876  unclonable  0.0000000000000120536 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0093  hypothetical protein  36.44 
 
 
338 aa  202  8e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000000492521  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2633  ATPase  34.47 
 
 
340 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  4.839220000000001e-18  decreased coverage  0.0000000173501 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4106  ATPase domain-containing protein  36.21 
 
 
355 aa  193  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000114229  unclonable  0.0000000119877 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0397  ATPase domain-containing protein  33.24 
 
 
349 aa  180  4e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2581  ATPase domain protein  32.01 
 
 
339 aa  178  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000379448  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0991  ATPase domain-containing protein  33.54 
 
 
360 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.440755  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3190  ATPase domain-containing protein  33.73 
 
 
359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000797397  unclonable  0.000049795 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3714  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.13 
 
 
281 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4304  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.64 
 
 
278 aa  67.4  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.58378  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2565  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.19 
 
 
330 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2041  putative chromosome partitioning protein ParA, ATPase  28.06 
 
 
254 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.93461  normal  0.236522 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2229  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.55 
 
 
254 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0390819  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2377  chromosome partitioning ATPase  23.8 
 
 
346 aa  62.8  0.000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  unclonable  0.0000000329135  unclonable  0.0000000236411 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04092  transcriptional regulator of chromosome partitioning protein; ParA family protein; could be a protein tyrosine kinase  27.6 
 
 
264 aa  61.6  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0950  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.59 
 
 
265 aa  62  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2836  chromosome partitioning ATPase  28.72 
 
 
279 aa  61.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0103983  normal  0.469261 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2844  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.09 
 
 
268 aa  60.5  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002021  ParA family protein  26.52 
 
 
257 aa  60.5  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000141399  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1912  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.73 
 
 
263 aa  60.8  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00431  chromosome partitioning ATPase  26.88 
 
 
257 aa  60.8  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3965  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.01 
 
 
262 aa  60.5  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.168488  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4319  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.16 
 
 
262 aa  60.1  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  hitchhiker  0.000000000127935 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4516  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.16 
 
 
262 aa  60.1  0.00000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.518316  hitchhiker  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4375  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.16 
 
 
262 aa  60.1  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000180218  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4054  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.33 
 
 
262 aa  59.3  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2412  ParA family protein  27.64 
 
 
263 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2993  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.18 
 
 
302 aa  59.3  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.504327  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4374  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.16 
 
 
262 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0660919  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0193  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.13 
 
 
472 aa  59.3  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.442261  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1579  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.67 
 
 
259 aa  58.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.26021  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1068  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.53 
 
 
255 aa  58.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1301  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.9 
 
 
313 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.106287  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2299  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.95 
 
 
323 aa  58.5  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.315391  normal  0.0688217 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3772  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.84 
 
 
304 aa  57.8  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.507747  normal  0.14753 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31363  predicted protein  48.98 
 
 
426 aa  57.8  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0616493  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0553  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.89 
 
 
256 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000721954 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4756  ParA family protein  25.81 
 
 
262 aa  57.4  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0396  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.4 
 
 
257 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5070  ParA family protein  25.89 
 
 
257 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3761  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.76 
 
 
261 aa  57  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.242844  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2519  ParA family protein  25.81 
 
 
257 aa  57  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000399076  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5120  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.89 
 
 
257 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.888866  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1464  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.91 
 
 
257 aa  57  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.166704 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3739  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25 
 
 
257 aa  57  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.512562  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4943  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.89 
 
 
257 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3934  chromosome segregation ATPase  25.81 
 
 
262 aa  56.6  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0378841  hitchhiker  0.00270556 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4026  chromosome segregation ATPase  25.81 
 
 
262 aa  56.6  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.270121  normal  0.883102 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4139  chromosome segregation ATPase  25.81 
 
 
262 aa  56.6  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.422385  hitchhiker  0.000125967 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3283  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.14 
 
 
263 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360982  normal  0.897303 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0833  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.68 
 
 
350 aa  56.2  0.0000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0651125  hitchhiker  0.0000101821 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5045  parA family protein  25.95 
 
 
268 aa  55.8  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.337287  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0006  ParA family protein  30.37 
 
 
258 aa  55.8  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.0843826  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2028  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.5 
 
 
322 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.421351  normal  0.576485 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2748  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.19 
 
 
313 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.815603 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1355  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.79 
 
 
281 aa  55.8  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00367255  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7093  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.88 
 
 
339 aa  55.8  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1028  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  24.73 
 
 
250 aa  55.1  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.275463 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2049  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.04 
 
 
258 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.992833  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4779  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.19 
 
 
299 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0862255  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0442  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.89 
 
 
256 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.87992 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3139  partition protein, Par-like  26.29 
 
 
254 aa  54.7  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5321  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.26 
 
 
301 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.913234  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3653  ParA family protein  26.88 
 
 
262 aa  54.7  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.109435  hitchhiker  0.0000954297 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6104  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.53 
 
 
254 aa  54.3  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.381268 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0468  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.5 
 
 
254 aa  54.3  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4741  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.75 
 
 
298 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.344119  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4495  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.89 
 
 
262 aa  54.3  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0475444  hitchhiker  0.00000632397 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1288  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.79 
 
 
294 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.435318  normal  0.683711 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1257  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.79 
 
 
294 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4249  cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.89 
 
 
262 aa  53.9  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.261107  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4907  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.6 
 
 
263 aa  54.3  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000134549  normal  0.16741 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1920  cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.53 
 
 
258 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.758979  normal  0.274449 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6545  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.36 
 
 
254 aa  53.5  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.952996  normal  0.751795 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0196  chromosome partitioning protein  26.52 
 
 
256 aa  53.5  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2160  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.53 
 
 
254 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A20  ATPase involved in chromosome partitioning  26.84 
 
 
270 aa  53.5  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.814657  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2774  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.53 
 
 
254 aa  53.5  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3083  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.73 
 
 
264 aa  53.5  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0561465  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2138  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.5 
 
 
270 aa  53.5  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481921 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19910  chromosome partitioning ATPase  26.24 
 
 
293 aa  53.1  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570833  normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2506  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.64 
 
 
272 aa  53.1  0.000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3928  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.15 
 
 
264 aa  53.1  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.436902  normal  0.478463 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5246  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.19 
 
 
299 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4386  chromosome partitioning protein  28.08 
 
 
264 aa  53.1  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1202  putative partitioning or sporulation protein  24.73 
 
 
319 aa  53.1  0.000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5608  ParA family protein  24.13 
 
 
263 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5130  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  24.38 
 
 
263 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1931  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.98 
 
 
287 aa  52.8  0.000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.741466  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3202  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.04 
 
 
264 aa  52.8  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1454  ParA family protein  26.11 
 
 
258 aa  52.4  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00493427  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2047  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.53 
 
 
262 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4637  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.18 
 
 
337 aa  52.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1363  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  23.29 
 
 
266 aa  52.8  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013518  Sterm_4159  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  26.46 
 
 
258 aa  52.4  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0398  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.42 
 
 
282 aa  52.4  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000000000926955  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0602  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.42 
 
 
282 aa  52.4  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000000000351329  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>