More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1951 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1951  nitrogen regulatory protein P-II  100 
 
 
125 aa  248  1e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0122455  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0683  nitrogen regulatory protein P-II  85.6 
 
 
125 aa  219  8e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1530  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  86.4 
 
 
125 aa  215  2e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.858615  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0742  nitrogen regulatory protein P-II  80.8 
 
 
125 aa  210  3.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1246  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  82.4 
 
 
125 aa  204  4e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000500613  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1629  nitrogen regulatory protein P-II  76.61 
 
 
125 aa  198  1.9999999999999998e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000227966  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1753  nitrogen regulatory protein P-II  70.16 
 
 
125 aa  175  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.424498  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1156  nitrogen regulatory protein P-II  55.2 
 
 
130 aa  142  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2615  nitrogen regulatory protein P-II  56.45 
 
 
124 aa  135  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1017  nitrogen regulatory protein P-II  53.6 
 
 
126 aa  131  3.9999999999999996e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.301084  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3092  nitrogen regulatory protein P-II  48.44 
 
 
131 aa  128  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0836  nitrogen regulatory protein P-II  55.2 
 
 
124 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1025  nitrogen regulatory protein P-II  48.03 
 
 
126 aa  105  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2819  nitrogen regulatory protein P-II  48.06 
 
 
126 aa  103  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587201  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0169  nitrogen regulatory protein P-II  43.2 
 
 
125 aa  96.3  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00936567  normal  0.629139 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0100  nitrogen regulatory protein P-II  42.64 
 
 
121 aa  90.5  7e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.250689  normal  0.0316533 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1048  nitrogen regulatory protein P-II  44.62 
 
 
127 aa  89  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1801  nitrogen regulatory protein P-II  41.86 
 
 
121 aa  89  2e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0063  nitrogen regulatory protein P-II  43.41 
 
 
121 aa  88.6  3e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0660  nitrogen regulatory protein P-II  41.09 
 
 
121 aa  87.8  4e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.187673  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0145  nitrogen regulatory protein P-II  40.31 
 
 
120 aa  87  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.550451  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0291  nitrogen regulatory protein P-II  43.55 
 
 
112 aa  85.1  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0240  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  41.94 
 
 
112 aa  82  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.289663  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2279  P-II family nitrogen regulatory protein  40 
 
 
123 aa  81.3  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000418064  normal  0.159182 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1554  nitrogen regulatory protein P-II  42.31 
 
 
125 aa  81.3  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7409  nitrogen regulatory protein P-II  41.6 
 
 
112 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.394693  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0342  nitrogen regulatory P-II transcription regulator protein  41.13 
 
 
112 aa  78.6  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2877  nitrogen regulatory protein P-II  41.13 
 
 
112 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.58077  normal  0.596742 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6587  nitrogen regulatory protein P-II  41.6 
 
 
112 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.490351 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1345  nitrogen regulatory protein P-II  37.9 
 
 
112 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.934318 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2783  nitrogen regulatory protein P-II  41.13 
 
 
112 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190051  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2252  nitrogen regulatory protein P-II  41.13 
 
 
112 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0233324  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2921  nitrogen regulatory protein P-II  41.13 
 
 
112 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0772673  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2866  nitrogen regulatory protein P-II  41.13 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138557  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0437  nitrogen regulatory protein P-II  41.13 
 
 
112 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2387  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 
112 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.344208 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0217  nitrogen regulatory protein P-II  40.32 
 
 
112 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000368327 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1432  nitrogen regulatory protein P-II  41.94 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0198  nitrogen regulatory protein P-II  40.32 
 
 
112 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3586  nitrogen regulatory protein P-II  40.8 
 
 
112 aa  77.4  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0323305  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1836  nitrogen regulatory protein P-II  38.71 
 
 
112 aa  77  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0337137  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3314  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 
112 aa  76.6  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.431384  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2900  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 
112 aa  76.6  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0642579  normal  0.0916709 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0146  nitrogen regulatory protein P-II  37.1 
 
 
112 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.220304  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4461  nitrogen regulatory protein P-II  37.1 
 
 
112 aa  76.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188449  normal  0.905473 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1779  nitrogen regulatory protein P-II  37.1 
 
 
112 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.903734 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2559  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 
112 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.32282  normal  0.488626 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0193  nitrogen regulatory protein P-II  40.32 
 
 
112 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.431486  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3218  P-II family regulatory protein  40.32 
 
 
112 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472285  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0487  nitrogen regulatory protein P-II  40.32 
 
 
112 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.188054  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0651  nitrogen regulatory protein P-II  40.32 
 
 
112 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1400  nitrogen regulatory protein P-II  40.32 
 
 
112 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2827  nitrogen regulatory protein P-II  40.32 
 
 
112 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.994537  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0468  nitrogen regulatory protein P-II  40.32 
 
 
112 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409463  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6195  nitrogen regulatory protein P-II  40.32 
 
 
136 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0407  nitrogen regulatory protein P-II  40.32 
 
 
112 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32852  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2044  nitrogen regulatory protein P-II  39.52 
 
 
112 aa  74.7  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4248  nitrogen regulatory protein P-II  38.71 
 
 
112 aa  74.3  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.415508  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0269  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  41.13 
 
 
112 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.76816  normal  0.184312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4580  nitrogen regulatory protein P-II  39.2 
 
 
112 aa  74.3  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.495708  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2330  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 
112 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.678822  normal  0.202545 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1680  nitrogen regulatory protein P-II  37.9 
 
 
112 aa  73.9  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000892392  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2530  nitrogen regulatory protein P-II  38.71 
 
 
112 aa  73.9  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1183  nitrogen regulatory protein P-II  37.1 
 
 
112 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000414961 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0953  nitrogen regulatory protein P-II  39.52 
 
 
112 aa  73.9  0.0000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3078  nitrogen regulatory protein P-II  37.1 
 
 
112 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000004264  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2915  nitrogen regulatory protein P-II 2  38.71 
 
 
112 aa  73.9  0.0000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0326538  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4397  nitrogen regulatory protein P-II  38.71 
 
 
112 aa  73.6  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.467345 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2408  nitrogen regulatory protein P-II  37.9 
 
 
112 aa  73.6  0.0000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.82113  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2374  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 
112 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261828  normal  0.353669 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2651  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 
112 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.614169  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_942  nitrogen regulatory protein P-II  38.71 
 
 
112 aa  73.6  0.0000000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2036  nitrogen regulatory protein P-II  37.1 
 
 
112 aa  73.6  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.504448  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1331  nitrogen regulatory protein P-II  39.2 
 
 
112 aa  73.6  0.0000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.311288  normal  0.632434 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5130  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 
112 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.179689  normal  0.884639 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02445  regulatory protein P-II for glutamine synthetase  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1115  nitrogen regulatory protein P-II  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1124  nitrogen regulatory protein P-II  37.9 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0770383  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1217  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.967639 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2762  nitrogen regulatory protein P-II 1  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2937  nitrogen regulatory protein P-II 1  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2706  nitrogen regulatory protein P-II 1  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2918  nitrogen regulatory protein P-II 1  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.94675  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2706  nitrogen regulatory protein P-II 1  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0683  nitrogen regulatory protein P-II  37.9 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.173796  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1760  nitrogen regulatory protein P-II  37.1 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.654192  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0550  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  43.4 
 
 
114 aa  72.8  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0094622  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1124  nitrogen regulatory protein P-II 1  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0451  nitrogen regulatory protein P-II  39.52 
 
 
112 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.164177  normal  0.269933 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2803  nitrogen regulatory protein P-II 1  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02409  hypothetical protein  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2233  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  38.4 
 
 
112 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0532084  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3787  nitrogen regulatory protein P-II 1  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2842  nitrogen regulatory protein P-II  38.4 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.723657 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1494  nitrogen regulatory protein P-II  39.52 
 
 
112 aa  73.6  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2720  nitrogen regulatory protein P-II 1  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2824  nitrogen regulatory protein P-II 1  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2838  nitrogen regulatory protein P-II 1  39.83 
 
 
112 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1516  nitrogen regulatory protein P-II  37.9 
 
 
112 aa  72.8  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0234  nitrogen regulatory protein P-II  39.52 
 
 
112 aa  72.8  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000834653  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>