More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1950 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1950  nitrogen regulatory protein P-II  100 
 
 		 118 aa  231  2.0000000000000002e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0120219  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0743  nitrogen regulatory protein P-II  83.9 
 
 		 118 aa  201  4e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0684  nitrogen regulatory protein P-II  83.9 
 
 		 117 aa  196  7e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1529  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  81.36 
 
 		 118 aa  195  2.0000000000000003e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1245  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  82.76 
 
 		 117 aa  189  7e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000323623  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1752  nitrogen regulatory protein P-II  76.27 
 
 		 118 aa  184  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.435778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1628  nitrogen regulatory protein P-II  77.12 
 
 		 118 aa  180  5.0000000000000004e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000194197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3091  nitrogen regulatory protein P-II  64.49 
 
 		 108 aa  149  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1018  nitrogen regulatory protein P-II  63.55 
 
 		 118 aa  147  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.466581  normal  0.730099 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2614  nitrogen regulatory protein P-II  58.26 
 
 		 116 aa  138  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0835  nitrogen regulatory protein P-II  63.46 
 
 		 118 aa  136  7.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1024  nitrogen regulatory protein P-II  65.09 
 
 		 108 aa  136  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1157  nitrogen regulatory protein P-II  62.86 
 
 		 108 aa  135  1e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2820  nitrogen regulatory protein P-II  63.55 
 
 		 109 aa  130  6e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.777826  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0560  nitrogen regulatory protein P-II  56.6 
 
 		 108 aa  121  3e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.0000121582  normal  0.190024 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1143  nitrogen regulatory protein P-II  51.89 
 
 		 108 aa  118  3e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.903165  normal  0.919157 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1047  nitrogen regulatory protein P-II  50 
 
 		 105 aa  110  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1433  nitrogen regulatory protein P-II  52.34 
 
 		 106 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2280  nitrogen regulatory protein P-II  53.77 
 
 		 105 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000332901  normal  0.155983 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0064  nitrogen regulatory protein P-II  53.4 
 
 		 105 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0144  nitrogen regulatory protein P-II  54.21 
 
 		 105 aa  104  4e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.419714  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1802  nitrogen regulatory protein P-II  48.54 
 
 		 105 aa  102  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0099  nitrogen regulatory protein P-II  47.57 
 
 		 105 aa  102  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.477301  normal  0.031272 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0659  nitrogen regulatory protein P-II  48.54 
 
 		 105 aa  101  3e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0769311  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0170  nitrogen regulatory protein P-II  47.62 
 
 		 105 aa  100  6e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.01556  normal  0.599524 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1555  P-II family nitrogen regulatory protein  45.63 
 
 		 105 aa  80.5  0.000000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0437  nitrogen regulatory protein P-II  41.07 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.527989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0566  nitrogen regulatory protein P-II  43.12 
 
 		 111 aa  74.3  0.0000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000025386  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2279  P-II family nitrogen regulatory protein  36.67 
 
 		 123 aa  71.6  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000418064  normal  0.159182 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0110  nitrogen regulatory protein P-II  44.04 
 
 		 112 aa  71.6  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0179377 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0085  nitrogen regulatory protein P-II  37.17 
 
 		 112 aa  71.2  0.000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4874  nitrogen regulatory protein P-II  42.2 
 
 		 112 aa  70.5  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0158  nitrogen regulatory protein P-II  42.2 
 
 		 110 aa  70.5  0.000000000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.828018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0100  nitrogen regulatory protein P-II  37.1 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.250689  normal  0.0316533 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1801  nitrogen regulatory protein P-II  36.59 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2899  nitrogen regulatory protein P-II  40.54 
 
 		 112 aa  69.7  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0172484 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2345  nitrogen regulatory P-II transcription regulator protein  43.12 
 
 		 112 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.782832  normal  0.263317 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1695  nitrogen regulatory protein P-II  41.82 
 
 		 112 aa  67.8  0.00000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.596367 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2783  nitrogen regulatory protein P-II  40.91 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.448465 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2237  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  67  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.694402  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0660  nitrogen regulatory protein P-II  35.48 
 
 		 121 aa  67  0.00000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.187673  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1124  nitrogen regulatory protein P-II  38.05 
 
 		 112 aa  66.6  0.0000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0770383  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1960  nitrogen regulatory protein P-II  39.45 
 
 		 112 aa  66.2  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_942  nitrogen regulatory protein P-II  38.05 
 
 		 112 aa  66.6  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1762  nitrogen regulatory protein P-II  39.45 
 
 		 112 aa  66.2  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.975423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03567  nitrogen regulatory protein P-II  40.37 
 
 		 114 aa  65.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.918332  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0715  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 		 112 aa  65.9  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000630678  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0232  nitrogen regulatory protein P-II  38.79 
 
 		 112 aa  65.9  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312248  normal  0.530475 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2604  nitrogen regulatory protein P-II  38.74 
 
 		 112 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320307  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2361  nitrogen regulatory protein P-II  38.18 
 
 		 112 aa  65.5  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1388  nitrogen regulatory protein P-II  39.45 
 
 		 112 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.258506  normal  0.939142 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0681  nitrogen regulatory protein P-II  38.74 
 
 		 112 aa  65.1  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.197163  normal  0.4321 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3119  nitrogen regulatory protein P-II  38.53 
 
 		 112 aa  65.5  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0878953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0953  nitrogen regulatory protein P-II  38.53 
 
 		 112 aa  65.1  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1118  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1685  nitrogen regulatory protein P-II  39.45 
 
 		 107 aa  64.7  0.0000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.483809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0808  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 		 112 aa  64.7  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0899844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3058  nitrogen regulatory protein P-II  36.36 
 
 		 112 aa  64.7  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0156  nitrogen regulatory protein P-II  40.37 
 
 		 112 aa  64.3  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3176  nitrogen regulatory protein P-II  36.28 
 
 		 115 aa  63.9  0.0000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00223348 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2321  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0286658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5738  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1799  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.534869  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1116  nitrogen regulatory protein P-II  39.47 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0879  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2456  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00114582  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2411  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122032  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2415  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194654  hitchhiker  0.00652052 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0433  nitrogen regulatory protein P-II  39.47 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0037358  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2156  nitrogen regulatory protein P-II  40.54 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0805697  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1005  nitrogen regulatory protein P-II  39.45 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0169  nitrogen regulatory protein P-II  36.75 
 
 		 125 aa  63.5  0.0000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00936567  normal  0.629139 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2168  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000216085  hitchhiker  0.000000791345 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2088  nitrogen regulatory protein P-II  39.45 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0971  nitrogen regulatory protein P-II  39.45 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.650891  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2560  nitrogen regulatory protein P-II  40.54 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24557  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0742  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0306564  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1737  nitrogen regulatory protein P-II  39.45 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0595912  normal  0.82137 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3013  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00180505  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1243  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.50478  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1584  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.138814  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1090  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0228645  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2067  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 111 aa  63.2  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00356082  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0883  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0063  nitrogen regulatory protein P-II  35.04 
 
 		 121 aa  62.8  0.000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1085  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.260987  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4813  nitrogen regulatory protein P-II  34.82 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2271  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3395  nitrogen regulatory protein P-II  39.64 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2852  nitrogen regulatory protein P-II  38.53 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.287324  normal  0.0455746 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2376  nitrogen regulatory protein PII  39.45 
 
 		 112 aa  63.5  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0285666  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0198  nitrogen regulatory protein P-II  40.71 
 
 		 112 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1710  nitrogen regulatory protein P-II  37.96 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.619022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0291  nitrogen regulatory protein P-II  41.28 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1921  nitrogen regulatory protein P-II  38.53 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3942  nitrogen regulatory protein P-II  38.53 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0429  nitrogen regulatory protein P-II 1  40 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.398049  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0217  nitrogen regulatory protein P-II  40.71 
 
 		 112 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368327 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1432  nitrogen regulatory protein P-II  34.71 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0591  nitrogen regulatory protein P-II  40 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.307832  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>