More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1887 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1887  alpha amylase catalytic region  100 
 
 
659 aa  1361    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.114905  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0104  alpha amylase catalytic region  66.1 
 
 
653 aa  900    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0951  alpha amylase, catalytic region  77.68 
 
 
655 aa  1064    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0834  alpha amylase catalytic region  70.45 
 
 
650 aa  947    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2636  alpha-amylase family protein  50.77 
 
 
617 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0833  Alpha amylase, catalytic region  49.08 
 
 
617 aa  595  1e-169  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.72167 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1743  alpha amylase, catalytic region  46.42 
 
 
619 aa  535  1e-151  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5240  alpha amylase catalytic region  34.65 
 
 
624 aa  330  6e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3722  alpha amylase, catalytic region  35.78 
 
 
646 aa  304  3.0000000000000004e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3915  alpha amylase catalytic region  34.41 
 
 
662 aa  298  3e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0962846 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0959  a-glucosidase  29.85 
 
 
527 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.766487  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1890  alpha amylase, catalytic region  27.89 
 
 
609 aa  165  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  27.65 
 
 
614 aa  160  5e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  27.35 
 
 
599 aa  157  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0183  alpha amylase, catalytic region  29.33 
 
 
600 aa  156  9e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2739  alpha amylase, catalytic region  29 
 
 
622 aa  154  7e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.48913  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1375  alpha amylase, catalytic region  27.26 
 
 
593 aa  150  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0197  alpha amylase, catalytic region  26.41 
 
 
925 aa  144  6e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  26.73 
 
 
1942 aa  141  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  25.12 
 
 
838 aa  140  7.999999999999999e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  26.22 
 
 
1891 aa  139  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  23.14 
 
 
836 aa  136  9.999999999999999e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0480  alpha amylase catalytic region  26.06 
 
 
1017 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0985  putative alpha amylase  25.92 
 
 
604 aa  134  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001132  glycosyl hydrolase family 13  24.38 
 
 
885 aa  134  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0256  alpha amylase, catalytic region  26.9 
 
 
1005 aa  132  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  26.95 
 
 
1975 aa  132  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  27.68 
 
 
2068 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  27.12 
 
 
1855 aa  127  4.0000000000000003e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1481  alpha amylase catalytic region  26.67 
 
 
723 aa  124  5e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.653482  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1502  alpha amylase  25.31 
 
 
610 aa  114  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2036  cyclomaltodextrinase  25.34 
 
 
774 aa  113  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.47115  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2083  alpha amylase catalytic region  25.05 
 
 
778 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  23.95 
 
 
814 aa  108  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1514  alpha amylase catalytic region  23.49 
 
 
511 aa  108  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  24.48 
 
 
526 aa  107  5e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2302  alpha amylase catalytic region  24.9 
 
 
786 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.073428 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2289  alpha amylase, catalytic region  24.47 
 
 
765 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  39.26 
 
 
1021 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1454  alpha amylase, catalytic region  23.44 
 
 
739 aa  102  3e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.137251  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5089  alpha amylase catalytic region  25.33 
 
 
619 aa  101  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000712833  normal  0.235138 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  35.81 
 
 
510 aa  100  6e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4622  alpha amylase catalytic region  23.17 
 
 
649 aa  99.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204986 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  23.05 
 
 
665 aa  99.8  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0660  alpha amylase, catalytic region  35.26 
 
 
484 aa  98.6  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1675  alpha amylase catalytic region  24.63 
 
 
499 aa  98.6  4e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0446  maltodextrin glucosidase  25.51 
 
 
605 aa  96.3  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.565903  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0501  maltodextrin glucosidase  25.51 
 
 
605 aa  95.1  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.524518  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2313  alpha amylase, catalytic region  23.99 
 
 
686 aa  94.7  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.638219  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0148  alpha amylase catalytic region  23.62 
 
 
878 aa  94.7  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0174055 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05100  alpha-amylase  22.16 
 
 
762 aa  94.4  6e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.443393  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1399  alpha amylase, catalytic region  23.98 
 
 
620 aa  94  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  27.64 
 
 
2638 aa  93.2  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  33.78 
 
 
524 aa  92.4  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0700  alpha amylase catalytic region  24.69 
 
 
767 aa  92.4  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2207  alpha amylase catalytic region  22.7 
 
 
631 aa  92.4  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.247913  hitchhiker  0.0000287119 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1429  glycoside hydrolase, starch-binding  23.77 
 
 
642 aa  92.4  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.56449  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0440  maltodextrin glucosidase  24.63 
 
 
605 aa  92.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1660  alpha amylase, catalytic region  23.35 
 
 
683 aa  92  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3133  periplasmic alpha-amylase precursor  25.74 
 
 
687 aa  91.3  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.21513  normal  0.0265446 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23200  alpha amylase  22.51 
 
 
654 aa  90.1  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000149088  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2667  alpha amylase catalytic region  24.32 
 
 
853 aa  89  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.749886 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0459  maltodextrin glucosidase  25.05 
 
 
605 aa  89.7  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4198  alpha amylase catalytic region  22.87 
 
 
878 aa  89  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4158  alpha amylase catalytic region  22.87 
 
 
878 aa  88.6  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16160  alpha amylase catalytic region  23.66 
 
 
582 aa  89  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.135656  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1785  alpha amylase, catalytic region  23.48 
 
 
639 aa  88.2  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.48062  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1342  alpha amylase catalytic region  23.67 
 
 
493 aa  87.8  6e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2579  alpha amylase catalytic region  41.67 
 
 
576 aa  87.4  7e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000456037  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1398  alpha amylase, catalytic region  23.29 
 
 
553 aa  87.4  7e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2278  alpha amylase catalytic region  22.88 
 
 
1307 aa  87  9e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.792883  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0736  alpha amylase, catalytic region  23.54 
 
 
815 aa  86.7  0.000000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5853  alpha amylase catalytic region  23.35 
 
 
742 aa  87  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0389202  normal  0.176008 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4138  Alpha amylase  35.15 
 
 
533 aa  86.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.244711  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1613  alpha amylase, catalytic region  22.34 
 
 
589 aa  86.7  0.000000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.050548  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4269  alpha amylase catalytic region  34.55 
 
 
528 aa  86.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0107  alpha-amylase family protein  36.96 
 
 
541 aa  85.1  0.000000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0384017  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4048  periplasmic alpha-amylase precursor  25.49 
 
 
675 aa  85.5  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.555384 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4291  alpha amylase catalytic region  33.94 
 
 
528 aa  85.5  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.57141  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1458  alpha amylase, catalytic region  24.19 
 
 
651 aa  85.1  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3878  periplasmic alpha-amylase precursor  25.27 
 
 
675 aa  85.1  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4138  periplasmic alpha-amylase precursor  23.42 
 
 
687 aa  84.3  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4068  periplasmic alpha-amylase precursor  25.45 
 
 
676 aa  84.3  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2031  alpha amylase, catalytic region  23.36 
 
 
641 aa  84.3  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3790  periplasmic alpha-amylase precursor  22.92 
 
 
687 aa  84.3  0.000000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0016  periplasmic alpha-amylase precursor  23.42 
 
 
687 aa  84.3  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.24938  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0794  alpha amylase catalytic region  28.3 
 
 
562 aa  84  0.000000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1785  alpha amylase catalytic region  32.86 
 
 
599 aa  83.6  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.326803 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002001  periplasmic alpha-amylase  32.3 
 
 
694 aa  83.6  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0557  putative bifunctional 4-alpha-glucanotransferase/glycogen debranching enzyme  28.74 
 
 
1175 aa  82.4  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.641532  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1510  alpha amylase catalytic region  32.28 
 
 
588 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3987  periplasmic alpha-amylase precursor  25 
 
 
675 aa  82.4  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0430  trehalose-6-phosphate hydrolase  24.47 
 
 
555 aa  82.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1164  trehalose-6-phosphate hydrolase  24.47 
 
 
555 aa  82.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.679252 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3942  periplasmic alpha-amylase precursor  25 
 
 
675 aa  82.4  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.973795 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2593  alpha amylase catalytic region  43.21 
 
 
258 aa  82.4  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000191559  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0573  alpha-amylase G-6 precursor  26.73 
 
 
566 aa  82.4  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.11522 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3862  periplasmic alpha-amylase precursor  25.6 
 
 
675 aa  82  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1332  alpha amylase, catalytic domain protein  29.63 
 
 
639 aa  81.6  0.00000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.86601 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0054  periplasmic alpha-amylase precursor  29.45 
 
 
688 aa  81.3  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.308839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>