More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1508 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1508  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 
359 aa  743    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.868502  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1539  radical SAM protein  58.61 
 
 
363 aa  442  1e-123  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.177286  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0951  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.66 
 
 
361 aa  441  9.999999999999999e-123  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.297509 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0825  hypothetical protein  58.09 
 
 
366 aa  424  1e-118  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1414  radical SAM enzyme, Cfr family  55.93 
 
 
361 aa  415  9.999999999999999e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1427  radical SAM enzyme, Cfr family  53.41 
 
 
362 aa  385  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1166  radical SAM enzyme, Cfr family  51.15 
 
 
359 aa  364  2e-99  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.565735 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4986  radical SAM enzyme, Cfr family  43.91 
 
 
349 aa  270  2.9999999999999997e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.323052  hitchhiker  0.00454129 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4731  radical SAM enzyme, Cfr family  42.29 
 
 
350 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.698724  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  43.06 
 
 
348 aa  267  2e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  40.11 
 
 
348 aa  263  3e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.04 
 
 
373 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.17 
 
 
373 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.61 
 
 
373 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.33 
 
 
373 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.91 
 
 
351 aa  253  3e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.33 
 
 
373 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.29 
 
 
347 aa  252  7e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.04 
 
 
373 aa  252  7e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.36 
 
 
347 aa  252  7e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.14 
 
 
359 aa  252  8.000000000000001e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.58 
 
 
347 aa  252  8.000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.04 
 
 
373 aa  252  9.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 
373 aa  252  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1204  radical SAM enzyme, Cfr family  40.79 
 
 
347 aa  251  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110623 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.04 
 
 
373 aa  251  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 
373 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.2 
 
 
343 aa  250  2e-65  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.33 
 
 
373 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0483  radical SAM enzyme, Cfr family  41.71 
 
 
350 aa  249  4e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0926837  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3124  hypothetical protein  40.68 
 
 
365 aa  249  4e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.347966 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  39.94 
 
 
357 aa  249  5e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.48 
 
 
373 aa  249  6e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.46 
 
 
367 aa  249  6e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.33 
 
 
373 aa  248  8e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.48 
 
 
373 aa  247  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  37.57 
 
 
376 aa  247  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 
373 aa  246  4e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1388  radical SAM enzyme, Cfr family  41.18 
 
 
462 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000126812  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.04 
 
 
373 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.6 
 
 
346 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.33 
 
 
343 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  40.17 
 
 
349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0620  hypothetical protein  38.38 
 
 
370 aa  243  3e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.180215  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.21 
 
 
351 aa  243  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3115  radical SAM enzyme, Cfr family  38.92 
 
 
353 aa  242  7e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.248396  hitchhiker  0.0000000842526 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.07 
 
 
380 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.35 
 
 
343 aa  242  9e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.92 
 
 
351 aa  241  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  40.06 
 
 
364 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  38.65 
 
 
358 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16611  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.98 
 
 
348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.785393  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.57 
 
 
360 aa  239  4e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.29 
 
 
398 aa  239  4e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  39.38 
 
 
354 aa  239  4e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  39.14 
 
 
366 aa  239  5e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3089  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.52 
 
 
360 aa  239  5e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.929572  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  38.29 
 
 
384 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  38.29 
 
 
384 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.29 
 
 
384 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.29 
 
 
384 aa  239  5.999999999999999e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.29 
 
 
384 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.29 
 
 
384 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  38.29 
 
 
384 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.29 
 
 
384 aa  239  8e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.71 
 
 
388 aa  238  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.03 
 
 
388 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.03 
 
 
388 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.03 
 
 
388 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  38.57 
 
 
349 aa  238  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.03 
 
 
388 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.29 
 
 
384 aa  237  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.17 
 
 
340 aa  237  3e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.14 
 
 
388 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.9 
 
 
364 aa  237  3e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  37.85 
 
 
372 aa  236  4e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  37.85 
 
 
372 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.22 
 
 
386 aa  236  6e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  38.14 
 
 
346 aa  236  6e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  37.57 
 
 
372 aa  235  7e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  39.5 
 
 
403 aa  235  7e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  40.92 
 
 
371 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0596  radical SAM enzyme, Cfr family  37.86 
 
 
353 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.14 
 
 
398 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.14 
 
 
398 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  40.17 
 
 
375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.15 
 
 
348 aa  234  2.0000000000000002e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2928  radical SAM protein  39.19 
 
 
345 aa  234  2.0000000000000002e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.333944  normal  0.253326 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.14 
 
 
398 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  38.53 
 
 
369 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  37.29 
 
 
382 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  39.77 
 
 
370 aa  232  6e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1336  radical SAM family enzyme  39.77 
 
 
370 aa  232  6e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  37.89 
 
 
365 aa  232  7.000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  38.73 
 
 
371 aa  232  8.000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28470  radical SAM enzyme, Cfr family  37.78 
 
 
344 aa  232  8.000000000000001e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.267861  hitchhiker  0.00294853 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  38.3 
 
 
367 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1574  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.08 
 
 
348 aa  231  2e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.9 
 
 
392 aa  231  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16851  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.29 
 
 
348 aa  231  2e-59  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>