More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1312 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1312  NmrA family protein  100 
 
 
295 aa  609  1e-173  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1232  NmrA family protein  57.24 
 
 
297 aa  364  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000395859  normal  0.0148086 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2237  NmrA family protein  57.63 
 
 
305 aa  361  7.0000000000000005e-99  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1679  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  58.97 
 
 
294 aa  358  8e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.165214  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0060  hypothetical protein  55.67 
 
 
294 aa  354  7.999999999999999e-97  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.24 
 
 
290 aa  348  9e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.470267  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2018  hypothetical protein  54.64 
 
 
294 aa  348  9e-95  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.810011  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1422  NmrA family protein  54.64 
 
 
293 aa  343  1e-93  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.578575 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2445  NmrA family protein  47.02 
 
 
292 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.385594  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0384  hypothetical protein  48.07 
 
 
291 aa  301  8.000000000000001e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1407  NmrA family protein  45.86 
 
 
295 aa  288  7e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226857 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.27 
 
 
293 aa  205  6e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1077  hypothetical protein  53.9 
 
 
146 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.158913  normal  0.141575 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
309 aa  102  6e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5164  NmrA family protein  29.77 
 
 
321 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000496465 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 
291 aa  95.9  7e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
298 aa  95.5  1e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1217  NmrA family protein  25.88 
 
 
343 aa  94.7  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000104302  decreased coverage  0.000138071 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3563  NmrA-like  27.27 
 
 
291 aa  89  9e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2558  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25 
 
 
291 aa  88.2  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.93 
 
 
330 aa  87  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.41 
 
 
306 aa  86.3  6e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2425  chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  25.28 
 
 
320 aa  85.9  7e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.126236 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0471  hypothetical protein  25.79 
 
 
341 aa  85.5  9e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120247  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  29.08 
 
 
328 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  27.18 
 
 
327 aa  84.3  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1920  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.84 
 
 
328 aa  83.6  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
306 aa  83.6  0.000000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.1 
 
 
329 aa  84  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.99 
 
 
353 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  29.08 
 
 
328 aa  83.6  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1163  NmrA family protein  23.89 
 
 
340 aa  83.2  0.000000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00319088  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1613  hypothetical protein  26.9 
 
 
342 aa  82.4  0.000000000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.899214  normal  0.0629949 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  28.03 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.09 
 
 
296 aa  80.9  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.8 
 
 
294 aa  80.9  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27566  predicted protein  26.33 
 
 
381 aa  80.5  0.00000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.298942  normal  0.129514 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  25.47 
 
 
318 aa  79.7  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2502  NmrA family protein  25.56 
 
 
332 aa  79  0.00000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.174939  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  24.51 
 
 
320 aa  79  0.00000000000009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1379  NmrA family protein  24.92 
 
 
357 aa  79  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.77544  hitchhiker  0.0031746 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0065  NmrA family protein  25.28 
 
 
323 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  24.7 
 
 
328 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0063  NmrA family protein  25.28 
 
 
323 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000216715  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  27.69 
 
 
328 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
307 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1374  hypothetical protein  25.48 
 
 
346 aa  76.6  0.0000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.920044  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3798  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 
344 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.387174  normal  0.267254 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3033  NmrA family protein  23.95 
 
 
300 aa  75.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.439584 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  28.08 
 
 
328 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1059  hypothetical protein  25.16 
 
 
332 aa  75.9  0.0000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000180564  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4905  NmrA family protein  22.3 
 
 
327 aa  75.9  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.554615 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.56 
 
 
308 aa  74.7  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  26.8 
 
 
335 aa  74.3  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5106  NmrA family protein  22.96 
 
 
291 aa  74.7  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.920576  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3070  hypothetical protein  24.62 
 
 
344 aa  73.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.25 
 
 
307 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  23.42 
 
 
340 aa  72  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.7 
 
 
326 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.06 
 
 
322 aa  71.6  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  25.59 
 
 
336 aa  71.6  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_47864  predicted protein  22.51 
 
 
314 aa  70.9  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2016  NmrA family protein  23.2 
 
 
339 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.675517 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  26.29 
 
 
297 aa  70.9  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3907  glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  24.46 
 
 
330 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.3708 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.61 
 
 
298 aa  70.5  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.59 
 
 
307 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  25.39 
 
 
316 aa  70.1  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  24.54 
 
 
322 aa  70.1  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3162  NmrA-like  25.63 
 
 
325 aa  70.1  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.186566  hitchhiker  0.00806133 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.68 
 
 
327 aa  69.7  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.4 
 
 
349 aa  69.7  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  24.37 
 
 
307 aa  69.3  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
323 aa  69.3  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.64 
 
 
326 aa  69.3  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0501  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like  29.52 
 
 
216 aa  68.9  0.00000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.82125 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.8 
 
 
295 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.14 
 
 
321 aa  68.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.8 
 
 
295 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1958  NmrA family protein  24.81 
 
 
284 aa  68.9  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.190624  normal  0.373159 
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_30690  predicted protein  25.96 
 
 
391 aa  67.8  0.0000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0211111  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5185  NADPH:quinone reductase and related Zn-dependent oxidoreductase-like protein  24.9 
 
 
584 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0220056 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  23.92 
 
 
302 aa  67.8  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  25.3 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6307  NmrA family protein  27.12 
 
 
306 aa  66.6  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.378385  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.34 
 
 
381 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3935  NmrA family protein  23.9 
 
 
288 aa  67  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00694182 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.63 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6340  NmrA family protein  26.05 
 
 
287 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  26.9 
 
 
389 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.3 
 
 
270 aa  66.2  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  24.9 
 
 
381 aa  66.2  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1986  putative chaperon-like protein for quinone binding in photosystem II  23.05 
 
 
320 aa  65.9  0.0000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0663634 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.27 
 
 
389 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3810  NmrA family protein  24.8 
 
 
284 aa  65.5  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  0.691187 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  23.17 
 
 
325 aa  65.1  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.14 
 
 
212 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  25.45 
 
 
321 aa  63.9  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>