281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0342 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0342  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  100 
 
 
581 aa  1202    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3656  adenine specific DNA methylase Mod  52.61 
 
 
567 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000129355  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52350  adenine specific DNA methylase N-4/N-6  50.7 
 
 
560 aa  542  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0936  adenine specific DNA methylase MOD  51.9 
 
 
577 aa  538  1e-151  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000403504  normal  0.65434 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3803  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  46.55 
 
 
566 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3323  DNA methylase  46.67 
 
 
542 aa  462  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.622136  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1980  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  38.93 
 
 
547 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612228  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4169  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  67.08 
 
 
553 aa  338  9.999999999999999e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4096  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  39.31 
 
 
545 aa  248  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.480555 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0676  DNA methylase N-4/N-6  37.87 
 
 
520 aa  226  9e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.635951 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0305  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.69 
 
 
510 aa  210  6e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0869  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  38.68 
 
 
505 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0346  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.79 
 
 
636 aa  139  1e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2276  adenine specific DNA methylase  28.4 
 
 
559 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.403052  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0197  hypothetical protein  28.71 
 
 
646 aa  129  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2240  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.95 
 
 
571 aa  125  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.252325  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0972  adenine specific DNA methylase  24.54 
 
 
531 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.223028  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0851  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.18 
 
 
586 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.273669  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3086  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  25.56 
 
 
571 aa  119  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0731  type III restriction/modification enzyme, methylase subunit  41.67 
 
 
675 aa  118  3e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2068  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.4 
 
 
999 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4410  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.3 
 
 
374 aa  117  6e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0882  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.76 
 
 
542 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0655  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.45 
 
 
442 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000525307  normal  0.106062 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1828  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  25.68 
 
 
632 aa  115  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1491  adenine specific DNA-methyltransferase  26.29 
 
 
779 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00364069  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3047  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.19 
 
 
660 aa  114  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1085  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  48.7 
 
 
540 aa  113  8.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0582  DNA methylase N-4/N-6  26.09 
 
 
660 aa  110  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2574  adenine specific DNA methylase Mod  35.88 
 
 
692 aa  110  7.000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1580  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  38.41 
 
 
570 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0241  DNA methylase N-4/N-6  26.35 
 
 
939 aa  110  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1480  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.8 
 
 
1055 aa  108  2e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2856  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  25.54 
 
 
938 aa  108  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1548  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  25.4 
 
 
611 aa  107  4e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2706  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  25.45 
 
 
438 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0099  adenine-specific DNA modification methyltransferase  35.39 
 
 
428 aa  107  7e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.145446  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1128  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.14 
 
 
643 aa  106  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1394  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.87 
 
 
651 aa  103  6e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3707  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.89 
 
 
392 aa  102  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0529764  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0519  DNA methylase N-4/N-6  25.23 
 
 
610 aa  103  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0514  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.08 
 
 
664 aa  101  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1004  methyltransferase  25.85 
 
 
526 aa  101  5e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2928  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.56 
 
 
624 aa  100  7e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.537631  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4172  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  25.43 
 
 
972 aa  100  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1840  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  24.94 
 
 
1019 aa  99.8  1e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0062  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  24.94 
 
 
1019 aa  99.8  1e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.218127  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1294  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  44.44 
 
 
1015 aa  99.4  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.474007  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1946  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.29 
 
 
631 aa  98.6  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5227  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  25.17 
 
 
641 aa  98.2  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.154135  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2487  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.26 
 
 
658 aa  97.8  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.661764  normal  0.0354295 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1419  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.21 
 
 
528 aa  97.8  5e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0436  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.25 
 
 
696 aa  97.4  7e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.231086  normal  0.907553 
 
 
-
 
NC_002936  DET1112  type III restriction-modification system, methylase subunit  29.5 
 
 
587 aa  96.3  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.350936  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03955  methyltransferase  34.46 
 
 
543 aa  96.7  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0580  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.27 
 
 
629 aa  95.1  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2208  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27 
 
 
477 aa  94.4  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0567  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.93 
 
 
629 aa  93.2  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0029  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.36 
 
 
688 aa  92.8  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0543  DNA methylase N-4/N-6  23.89 
 
 
657 aa  91.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263725  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0237  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.04 
 
 
626 aa  91.7  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4390  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  36 
 
 
531 aa  91.3  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5299  DNA methylase domain protein  32.27 
 
 
643 aa  90.9  6e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.389542  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2179  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.18 
 
 
648 aa  89.7  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1679  adenine-specific DNA methylase  31.82 
 
 
820 aa  89.7  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.140302  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0392  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  25.36 
 
 
652 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.292703  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0410  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  25.36 
 
 
652 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.640065  decreased coverage  0.0000000770056 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0389  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  25.36 
 
 
652 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  1.57999e-20 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2179  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.68 
 
 
673 aa  89.4  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.199223  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0452  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  25.36 
 
 
652 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  1.31948e-23 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0397  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  25.36 
 
 
652 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  1.4274e-23 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0159  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.33 
 
 
668 aa  88.2  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0741814  unclonable  0.0000000322464 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1201  hypothetical protein  27.83 
 
 
636 aa  88.2  4e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.04112 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0802  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.15 
 
 
586 aa  87.4  6e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4593  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  24.9 
 
 
624 aa  87.4  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0848  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.71 
 
 
658 aa  87  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.561376  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1521  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  25.61 
 
 
632 aa  86.7  0.000000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000681847  hitchhiker  0.000103984 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2674  type III DNA modification methyltransferase  31.65 
 
 
677 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0500  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  46.74 
 
 
846 aa  86.3  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0259  type III DNA modification methyltransferase  31.65 
 
 
677 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0154  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.31 
 
 
646 aa  86.3  0.000000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0328767  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3280  type III DNA modification methyltransferase  31.65 
 
 
671 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1847  type III DNA modification methyltransferase  31.65 
 
 
671 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0046  type III DNA modification methyltransferase  31.65 
 
 
671 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0046  type III DNA modification methyltransferase  31.65 
 
 
677 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.312444  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2705  type III DNA modification methyltransferase  31.65 
 
 
671 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1018  type III restriction-modification system enzyme, M subunit  24.24 
 
 
669 aa  86.3  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1466  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  25.4 
 
 
906 aa  85.9  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0042  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.82 
 
 
672 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930861  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0361  type III restriction-modification system, Mod subunit  30 
 
 
683 aa  85.5  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000361373  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0028  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.82 
 
 
672 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.666272  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3213  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.05 
 
 
672 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0047  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.82 
 
 
668 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1691  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  46.74 
 
 
846 aa  84.7  0.000000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.849133  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0041  type III DNA modification methyltransferase  30.43 
 
 
682 aa  84.7  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0029  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.05 
 
 
668 aa  84.3  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0020  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.05 
 
 
672 aa  84.7  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0593  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  36.04 
 
 
1073 aa  84  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05370  adenine specific DNA methylase Mod  26.6 
 
 
646 aa  84  0.000000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2740  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.96 
 
 
609 aa  84  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00029702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>