More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0313 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0313  30S ribosomal protein S13  100 
 
 		 125 aa  249  9.000000000000001e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000333021  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2205  30S ribosomal protein S13  95.2 
 
 		 125 aa  239  1e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000397378  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2399  30S ribosomal protein S13  92.8 
 
 		 125 aa  234  3e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000797962  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0204  30S ribosomal protein S13  86.4 
 
 		 125 aa  223  6e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1827  30S ribosomal protein S13  91.3 
 
 		 125 aa  215  2e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2040  30S ribosomal protein S13  86.09 
 
 		 125 aa  205  2e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000297672  normal  0.161129 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2272  30S ribosomal protein S13  82.61 
 
 		 125 aa  201  4e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00112148  hitchhiker  0.00311978 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3139  30S ribosomal protein S13  64.23 
 
 		 125 aa  170  6.999999999999999e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.111016  normal  0.558725 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1639  ribosomal protein S13  63.71 
 
 		 126 aa  168  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.43506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5763  30S ribosomal protein S13  64.23 
 
 		 125 aa  162  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0866  ribosomal protein S13  64.52 
 
 		 126 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.336367  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0626  ribosomal protein S13  62.6 
 
 		 125 aa  159  9e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4367  30S ribosomal protein S13  60.16 
 
 		 125 aa  158  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.128251  normal  0.316218 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1158  ribosomal protein S13  65.85 
 
 		 125 aa  158  3e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000034359  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1170  30S ribosomal protein S13  61.79 
 
 		 124 aa  157  3e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.716485  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0892  30S ribosomal protein S13  63.33 
 
 		 122 aa  157  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000337976  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2666  30S ribosomal protein S13  64.17 
 
 		 122 aa  157  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0725  30S ribosomal protein S13  63.33 
 
 		 122 aa  156  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.848573  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1843  30S ribosomal protein S13  62.1 
 
 		 126 aa  152  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.911295 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05835  30S ribosomal protein S13  57.72 
 
 		 124 aa  152  2e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.147231  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0374  30S ribosomal protein S13  57.72 
 
 		 124 aa  150  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2686  30S ribosomal protein S13  60.83 
 
 		 122 aa  149  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000961805  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1978  30S ribosomal protein S13  61.67 
 
 		 122 aa  148  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.234  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2988  30S ribosomal protein S13  60.16 
 
 		 125 aa  149  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.24286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1579  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 124 aa  148  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1005  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 		 124 aa  148  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000343576  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3426  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 		 122 aa  147  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.968346  normal  0.190487 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2042  30S ribosomal protein S13  61.67 
 
 		 123 aa  148  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00070968  hitchhiker  0.000175358 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0307  30S ribosomal protein S13  63.33 
 
 		 147 aa  148  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.322221 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2594  30S ribosomal protein S13  58.06 
 
 		 126 aa  147  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0246557  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0341  30S ribosomal protein S13  63.48 
 
 		 118 aa  147  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000179312  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2036  30S ribosomal protein S13  60.83 
 
 		 122 aa  147  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.818597  normal  0.51135 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1386  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  146  7e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0615  30S ribosomal protein S13  63.33 
 
 		 122 aa  146  7e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2307  30S ribosomal protein S13  56.67 
 
 		 122 aa  146  7e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00023627  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0869  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  146  7e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000182214  hitchhiker  0.00600411 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1865  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 		 122 aa  146  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0720  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  146  8e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.401773  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1567  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  146  9e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0795251  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0331  30S ribosomal protein S13  61.67 
 
 		 122 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.352213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1656  30S ribosomal protein S13  61.67 
 
 		 122 aa  146  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.819734  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1930  30S ribosomal protein S13  61.67 
 
 		 122 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3982  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 		 127 aa  145  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0746926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3784  30S ribosomal protein S13  61.74 
 
 		 118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0191543  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1211  30S ribosomal protein S13  60.83 
 
 		 122 aa  145  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1499  30S ribosomal protein S13  58.33 
 
 		 123 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2989  30S ribosomal protein S13  62.5 
 
 		 122 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.183417 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3721  30S ribosomal protein S13  61.74 
 
 		 118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0277516  normal  0.14692 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3686  30S ribosomal protein S13  61.74 
 
 		 118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0131343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3614  30S ribosomal protein S13  61.74 
 
 		 118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00105943  normal  0.48549 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1174  30S ribosomal protein S13  60.83 
 
 		 122 aa  145  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.119406  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001720  SSU ribosomal protein S13p (S18e)  62.61 
 
 		 118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000208001  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0277  30S ribosomal protein S13  62.5 
 
 		 122 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.630615 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4776  ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  145  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000216682 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0590  30S ribosomal protein S13  58.87 
 
 		 126 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.635023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3613  30S ribosomal protein S13  61.74 
 
 		 118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000260189  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5048  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  144  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0590197  normal  0.99624 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4937  30S ribosomal protein S13  56 
 
 		 127 aa  144  3e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000115792  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1008  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  144  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.836667  normal  0.0493097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3644  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 		 122 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.17106  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0511  30S ribosomal protein S13  55.28 
 
 		 125 aa  144  4.0000000000000006e-34  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3729  30S ribosomal protein S13  60.87 
 
 		 118 aa  144  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00146964  hitchhiker  0.00425653 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0703  30S ribosomal protein S13  58.33 
 
 		 122 aa  144  5e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000885174  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1636  30S ribosomal protein S13  58.33 
 
 		 122 aa  144  6e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556196  normal  0.0187712 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0650  30S ribosomal protein S13  58.33 
 
 		 122 aa  144  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.221495  hitchhiker  0.00000484055 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1328  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  143  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.74324 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2758  ribosomal protein S13  60.83 
 
 		 122 aa  143  7.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.221978 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3162  30S ribosomal protein S13  58.33 
 
 		 122 aa  143  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548712  normal  0.297498 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0784  30S ribosomal protein S13  58.33 
 
 		 122 aa  143  9e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0056634  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1452  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 		 122 aa  143  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0642708  normal  0.430095 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0240  30S ribosomal protein S13  56.67 
 
 		 123 aa  142  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.696841  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2142  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  142  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2317  30S ribosomal protein S13  58.33 
 
 		 122 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572032  normal  0.403503 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0506  30S ribosomal protein S13  60.91 
 
 		 118 aa  142  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00117339  normal  0.0273818 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0447  30S ribosomal protein S13  58.33 
 
 		 123 aa  142  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.219651  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1354  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 		 122 aa  142  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0146999  normal  0.399807 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2882  30S ribosomal protein S13  57.26 
 
 		 126 aa  142  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.617187  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0427  30S ribosomal protein S13  60.87 
 
 		 118 aa  143  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.621258  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1742  30S ribosomal protein S13  60.83 
 
 		 122 aa  142  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0498579  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1914  30S ribosomal protein S13  59.46 
 
 		 126 aa  142  2e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2179  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  141  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.980549  normal  0.303897 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2152  30S ribosomal protein S13  61.74 
 
 		 118 aa  142  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000893121  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3304  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 		 122 aa  142  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0001925 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0957  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 		 122 aa  142  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.787526  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0567  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 		 122 aa  141  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.625639 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2457  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  141  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0511  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 118 aa  141  3e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0430719  normal  0.0101578 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0981  30S ribosomal protein S13  60.87 
 
 		 118 aa  141  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000395911  hitchhiker  0.00390271 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0173  30S ribosomal protein S13  58.62 
 
 		 126 aa  141  3e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.190252 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0782  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  141  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.630132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2302  30S ribosomal protein S13  59.13 
 
 		 118 aa  141  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.408808  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2194  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 122 aa  141  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.122574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2234  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 		 122 aa  141  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0232268  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3642  30S ribosomal protein S13  57.5 
 
 		 122 aa  140  4e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 		 118 aa  140  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053345  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0415  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 118 aa  140  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000337677  unclonable  0.000000013853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4620  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 118 aa  140  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000695624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1924  30S ribosomal protein S13  56.1 
 
 		 125 aa  140  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.38502  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3593  30S ribosomal protein S13  60 
 
 		 118 aa  140  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00190616  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03100  hypothetical protein  60 
 
 		 118 aa  140  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0375392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>