More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0292 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0292  50S ribosomal protein L2  100 
 
 
264 aa  533  1e-151  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2226  50S ribosomal protein L2  93.56 
 
 
264 aa  481  1e-135  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000549007  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1848  50S ribosomal protein L2  93.56 
 
 
279 aa  474  1e-133  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.492965  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2420  50S ribosomal protein L2  92.42 
 
 
264 aa  474  1e-133  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2293  50S ribosomal protein L2  84.09 
 
 
279 aa  457  9.999999999999999e-129  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0106582  normal  0.012024 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2061  50S ribosomal protein L2  88.26 
 
 
279 aa  450  1.0000000000000001e-126  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000364134  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01200  50S ribosomal protein L2  67.42 
 
 
277 aa  362  2e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0770167  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2708  ribosomal protein L2  67.94 
 
 
276 aa  355  3.9999999999999996e-97  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000275562  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2906  50S ribosomal protein L2  66.28 
 
 
275 aa  354  8.999999999999999e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0172805  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0870  50S ribosomal protein L2  66.67 
 
 
275 aa  354  1e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000015035  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0787  50S ribosomal protein L2  65.9 
 
 
274 aa  343  1e-93  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.469967  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0218  50S ribosomal protein L2  65.53 
 
 
275 aa  343  2e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127498  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2457  50S ribosomal protein L2  64.12 
 
 
276 aa  342  2.9999999999999997e-93  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0871736 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0425  50S ribosomal protein L2  63.64 
 
 
276 aa  342  4e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000111287  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1521  ribosomal protein L2  63.98 
 
 
275 aa  341  5.999999999999999e-93  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2330  50S ribosomal protein L2  64.37 
 
 
275 aa  341  8e-93  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000156043  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0289  50S ribosomal protein L2  64.77 
 
 
275 aa  340  2e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0283371  normal  0.0481443 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0228  50S ribosomal protein L2  63.81 
 
 
275 aa  338  5.9999999999999996e-92  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2711  50S ribosomal protein L2  62.88 
 
 
277 aa  337  9.999999999999999e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2396  50S ribosomal protein L2  62.88 
 
 
277 aa  337  9.999999999999999e-92  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.445207  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0711  50S ribosomal protein L2  66.28 
 
 
275 aa  337  9.999999999999999e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.876488  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2175  ribosomal protein L2  64.45 
 
 
276 aa  336  1.9999999999999998e-91  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4023  50S ribosomal protein L2  63.32 
 
 
275 aa  334  9e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.796821  hitchhiker  0.00000688583 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23440  LSU ribosomal protein L2P  63.67 
 
 
276 aa  333  2e-90  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000561637  decreased coverage  0.0000000103379 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1182  50S ribosomal protein L2  62.93 
 
 
275 aa  332  3e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.566503 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0984  50S ribosomal protein L2  62.88 
 
 
280 aa  332  4e-90  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.619761  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2152  50S ribosomal protein L2  63.49 
 
 
279 aa  332  4e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0924201  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1343  ribosomal protein L2  63.57 
 
 
279 aa  330  1e-89  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0288  50S ribosomal protein L2  65.23 
 
 
274 aa  330  1e-89  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.101113  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0845  ribosomal protein L2  64.12 
 
 
276 aa  330  1e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1571  ribosomal protein L2  62.12 
 
 
277 aa  330  1e-89  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000641133  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0107  50S ribosomal protein L2  63.98 
 
 
276 aa  330  2e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000204251  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0629  50S ribosomal protein L2  63.57 
 
 
274 aa  329  2e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000833663  hitchhiker  0.00000000000856838 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0956  50S ribosomal protein L2  67.56 
 
 
274 aa  329  2e-89  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00125176  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0718  ribosomal protein L2  63.98 
 
 
273 aa  329  3e-89  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1181  ribosomal protein L2  62.21 
 
 
274 aa  328  4e-89  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000178958  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0144  50S ribosomal protein L2  63.6 
 
 
276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000100516  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0113  50S ribosomal protein L2  63.6 
 
 
276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000200839  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0113  50S ribosomal protein L2  63.6 
 
 
276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000138046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0109  50S ribosomal protein L2  63.6 
 
 
276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.27306e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0107  50S ribosomal protein L2  63.6 
 
 
276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000901221  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5192  50S ribosomal protein L2  63.98 
 
 
276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000180933  unclonable  2.65522e-25 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0114  50S ribosomal protein L2  61.69 
 
 
276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000290971  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0113  50S ribosomal protein L2  63.6 
 
 
276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0134  50S ribosomal protein L2  63.98 
 
 
276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000249417  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0125  50S ribosomal protein L2  63.6 
 
 
276 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.14187e-61 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2854  50S ribosomal protein L2  63.18 
 
 
274 aa  326  2.0000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.16125  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1828  50S ribosomal protein L2  62.88 
 
 
277 aa  326  2.0000000000000001e-88  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.256739  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2274  50S ribosomal protein L2  63.26 
 
 
277 aa  326  2.0000000000000001e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000299614  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2315  50S ribosomal protein L2  63.26 
 
 
277 aa  326  2.0000000000000001e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000290927  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0108  50S ribosomal protein L2  63.98 
 
 
276 aa  326  2.0000000000000001e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000187869  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1349  50S ribosomal protein L2  63.18 
 
 
274 aa  326  2.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0301  50S ribosomal protein L2  65.27 
 
 
278 aa  326  2.0000000000000001e-88  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.302391  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09970  LSU ribosomal protein L2P  62.5 
 
 
276 aa  325  3e-88  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.7223  hitchhiker  0.00000165173 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1762  50S ribosomal protein L2  61.78 
 
 
276 aa  326  3e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00807764  normal  0.409688 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4918  50S ribosomal protein L2  61.36 
 
 
275 aa  324  9e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.113284  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0110  50S ribosomal protein L2  61.3 
 
 
276 aa  323  1e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1904  50S ribosomal protein L2  62.12 
 
 
277 aa  323  1e-87  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0197  50S ribosomal protein L2  59.92 
 
 
283 aa  323  2e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00345154  normal  0.0626583 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2254  50S ribosomal protein L2  61.54 
 
 
276 aa  323  2e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000201463  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0683  50S ribosomal protein L2  63.57 
 
 
274 aa  323  2e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.660032  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0249  50S ribosomal protein L2  64.2 
 
 
276 aa  321  8e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0246  50S ribosomal protein L2  64.2 
 
 
276 aa  321  8e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1742  50S ribosomal protein L2  63.64 
 
 
276 aa  321  9.000000000000001e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000110614  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0061  50S ribosomal protein L2  60.61 
 
 
277 aa  320  9.999999999999999e-87  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.41006  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1558  50S ribosomal protein L2  62.31 
 
 
273 aa  319  1.9999999999999998e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1391  50S ribosomal protein L2  64.26 
 
 
276 aa  319  3e-86  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000232502  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1295  50S ribosomal protein L2  64.26 
 
 
276 aa  319  3e-86  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000122183  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0694  50S ribosomal protein L2  64.03 
 
 
287 aa  318  5e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00211234  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0082  50S ribosomal protein L2  61.78 
 
 
276 aa  318  5e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.173583 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3706  50S ribosomal protein L2  63.42 
 
 
277 aa  317  1e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3912  50S ribosomal protein L2  60.7 
 
 
274 aa  316  2e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.5044e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0761  50S ribosomal protein L2  60.98 
 
 
277 aa  316  2e-85  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000295488  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0286  50S ribosomal protein L2  60.7 
 
 
274 aa  316  2e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000315964  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0587  50S ribosomal protein L2  60.7 
 
 
274 aa  316  2e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050829  normal  0.227169 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3021  50S ribosomal protein L2  63.71 
 
 
274 aa  317  2e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0478203  hitchhiker  0.00883263 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0294  50S ribosomal protein L2  60.92 
 
 
278 aa  314  8e-85  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  unclonable  3.4720999999999997e-28 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3325  50S ribosomal protein L2  61.24 
 
 
274 aa  312  2.9999999999999996e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000129312 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4541  50S ribosomal protein L2  60.31 
 
 
274 aa  312  3.9999999999999997e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000106039  hitchhiker  0.00201461 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0936  50S ribosomal protein L2  61.24 
 
 
274 aa  312  3.9999999999999997e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000014248  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1943  50S ribosomal protein L2  59.77 
 
 
282 aa  312  3.9999999999999997e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0258  ribosomal protein L2  61.69 
 
 
276 aa  312  3.9999999999999997e-84  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2904  ribosomal protein L2  61.02 
 
 
275 aa  311  4.999999999999999e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1936  50S ribosomal protein L2  59.77 
 
 
282 aa  311  4.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2021  50S ribosomal protein L2  59.77 
 
 
282 aa  311  4.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2562  50S ribosomal protein L2  62.06 
 
 
287 aa  311  6.999999999999999e-84  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.244819  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0199  50S ribosomal protein L2  61.36 
 
 
277 aa  311  7.999999999999999e-84  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0675116  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2062  50S ribosomal protein L2  63.04 
 
 
275 aa  310  1e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331539  normal  0.228916 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0663  50S ribosomal protein L2  61.51 
 
 
282 aa  310  1e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000112808  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1480  50S ribosomal protein L2  62.11 
 
 
281 aa  310  2e-83  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000349234  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0326  50S ribosomal protein L2  60.63 
 
 
273 aa  309  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000291678  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1070  50S ribosomal protein L2  60.47 
 
 
274 aa  309  2.9999999999999997e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147453  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1135  50S ribosomal protein L2  63.5 
 
 
275 aa  308  5.9999999999999995e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000903374  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1710  50S ribosomal protein L2  60.54 
 
 
276 aa  308  5.9999999999999995e-83  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1914  50S ribosomal protein L2  60.23 
 
 
282 aa  308  8e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.253672 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1158  ribosomal protein L2  58.85 
 
 
278 aa  307  1.0000000000000001e-82  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000162145  hitchhiker  0.000000663071 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3819  50S ribosomal protein L2  60.24 
 
 
273 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000104624  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0408  50S ribosomal protein L2  59.84 
 
 
273 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0401  ribosomal protein L2  59.29 
 
 
278 aa  307  1.0000000000000001e-82  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2399  50S ribosomal protein L2  61.39 
 
 
276 aa  307  1.0000000000000001e-82  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00287166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>