More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0090 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0090  protein of unknown function UPF0079  100 
 
 
145 aa  302  1.0000000000000001e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.184225  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0100  protein of unknown function UPF0079  64.58 
 
 
151 aa  199  9.999999999999999e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0009157  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2666  hypothetical protein  65.25 
 
 
143 aa  187  5.999999999999999e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0641125  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0095  hypothetical protein  62.5 
 
 
146 aa  185  2e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.442138  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1987  hypothetical protein  62.41 
 
 
145 aa  175  2e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0122  protein of unknown function UPF0079  57.45 
 
 
158 aa  171  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000147481  hitchhiker  0.00840651 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0134  protein of unknown function UPF0079  59.57 
 
 
146 aa  171  3.9999999999999995e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0399  protein of unknown function UPF0079  37.23 
 
 
160 aa  102  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0207503 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0046  protein of unknown function UPF0079  37.23 
 
 
174 aa  101  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1263  protein of unknown function UPF0079  39.06 
 
 
153 aa  100  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00204178  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2519  protein of unknown function UPF0079  40.15 
 
 
159 aa  100  8e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.571842  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3020  protein of unknown function UPF0079  38.28 
 
 
153 aa  98.2  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2422  hypothetical protein  33.8 
 
 
154 aa  98.2  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2132  hypothetical protein  33.8 
 
 
154 aa  98.2  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1881  hypothetical protein  37.78 
 
 
160 aa  97.4  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000937898  hitchhiker  0.0000223198 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2319  hypothetical protein  36.3 
 
 
162 aa  97.8  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000629849  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0799  protein of unknown function UPF0079  37.23 
 
 
150 aa  97.1  7e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604779  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2855  protein of unknown function UPF0079  43.28 
 
 
164 aa  96.7  8e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.314957 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0483  protein of unknown function UPF0079  36.76 
 
 
149 aa  94  6e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.790809  normal  0.0607901 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0444  protein of unknown function UPF0079  35.97 
 
 
157 aa  93.6  7e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0182  protein of unknown function UPF0079  36.76 
 
 
148 aa  92.8  1e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0313363  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2330  hypothetical protein  41.74 
 
 
182 aa  93.2  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01950  conserved hypothetical nucleotide-binding protein TIGR00150  34.31 
 
 
158 aa  92.8  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2364  protein of unknown function UPF0079  37.59 
 
 
183 aa  92  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.118731  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1097  protein of unknown function UPF0079  38.81 
 
 
152 aa  91.3  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1776  hypothetical protein  32.81 
 
 
161 aa  91.3  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00431445  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2888  hypothetical protein  35.46 
 
 
161 aa  91.3  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000829466  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0216  protein of unknown function UPF0079  34.53 
 
 
152 aa  90.1  9e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0374  protein of unknown function UPF0079  36.75 
 
 
149 aa  90.1  1e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4357  hypothetical protein  32.85 
 
 
189 aa  89  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.282412 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0713  hypothetical protein  36.61 
 
 
187 aa  89.4  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273172  normal  0.667416 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2261  hypothetical protein  34.56 
 
 
164 aa  89  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000158801  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1005  hypothetical protein  36.62 
 
 
160 aa  88.6  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000601093  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2016  hypothetical protein  33.59 
 
 
158 aa  88.6  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1503  hypothetical protein  38.71 
 
 
188 aa  88.6  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.170985  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2452  protein of unknown function UPF0079  37.9 
 
 
183 aa  88.2  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1635  protein of unknown function UPF0079  31.62 
 
 
173 aa  88.6  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19780  conserved hypothetical nucleotide-binding protein  33.1 
 
 
152 aa  87  7e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0805781  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11800  conserved hypothetical nucleotide-binding protein  39.83 
 
 
163 aa  86.7  9e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1243  protein of unknown function UPF0079  34.15 
 
 
184 aa  86.3  1e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0617  protein of unknown function UPF0079  31.62 
 
 
150 aa  86.3  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.202797  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0236  hypothetical protein  32.37 
 
 
157 aa  86.3  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000000721135  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0147  protein of unknown function UPF0079  34.81 
 
 
160 aa  86.7  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0643293  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0965  protein of unknown function UPF0079  32.14 
 
 
156 aa  86.7  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0279  hypothetical protein  33.09 
 
 
157 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0308  conserved hypothetical protein TIGR00150  33.09 
 
 
157 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1604  protein of unknown function UPF0079  38.05 
 
 
135 aa  85.5  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0243  hypothetical protein  33.09 
 
 
157 aa  85.9  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0289  conserved hypothetical protein TIGR00150  31.65 
 
 
157 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.023351  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0244  hypothetical protein  32.37 
 
 
157 aa  85.1  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0230  hypothetical protein  32.37 
 
 
157 aa  85.1  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0258  hypothetical protein  32.37 
 
 
157 aa  85.1  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0284  conserved hypothetical protein TIGR00150  32.37 
 
 
157 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0232  P-loop hydrolase  32.37 
 
 
157 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0809  hypothetical protein  32.58 
 
 
148 aa  84.7  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3281  hypothetical protein  30.14 
 
 
144 aa  84.3  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223285  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2160  hypothetical protein  32.35 
 
 
155 aa  83.6  8e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000258956 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6124  protein of unknown function UPF0079  37.4 
 
 
161 aa  83.2  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0433891  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5035  hypothetical protein  30.94 
 
 
157 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0793  hypothetical protein  34.15 
 
 
152 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.949281  hitchhiker  0.00232347 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0488  hypothetical protein  26.95 
 
 
153 aa  82  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.381265  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3245  hypothetical protein  40.16 
 
 
504 aa  81.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.479121  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2907  hypothetical protein  32.17 
 
 
135 aa  80.5  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.470987  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2896  protein of unknown function UPF0079  35.71 
 
 
149 aa  79.7  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.166162  normal  0.455404 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_339  hypothetical protein  29.71 
 
 
163 aa  79.7  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00581672  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3209  hypothetical protein  36.3 
 
 
157 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000564317  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0408  hypothetical protein  30.83 
 
 
157 aa  79  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4174  hypothetical protein  38.1 
 
 
152 aa  79  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1869  hypothetical protein  33.85 
 
 
158 aa  78.6  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000565626  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1390  protein of unknown function UPF0079  31.65 
 
 
167 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.004631  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2440  ATPase  32.37 
 
 
154 aa  78.2  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1800  hypothetical protein  38.89 
 
 
161 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.009423  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0594  hypothetical protein  34.97 
 
 
152 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00997285  hitchhiker  0.000000403865 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0593  hypothetical protein  34.97 
 
 
152 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0559818  hitchhiker  0.0000222246 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3436  hypothetical protein  34.97 
 
 
152 aa  77  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000774396  normal  0.208239 
 
 
-
 
NC_002936  DET0396  hypothetical protein  28.26 
 
 
163 aa  77  0.00000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0666  protein of unknown function UPF0079  39.64 
 
 
523 aa  76.3  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.469867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0562  hypothetical protein  36.19 
 
 
157 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000200674  normal  0.209641 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2676  hypothetical protein  35.14 
 
 
157 aa  76.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2530  protein of unknown function UPF0079  34.33 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000117314  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0611  hypothetical protein  30.66 
 
 
153 aa  76.6  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.400731 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2169  hypothetical protein  31.72 
 
 
167 aa  76.6  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.884354  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0927  hypothetical protein  31.71 
 
 
138 aa  76.3  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.641059 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0599  hypothetical protein  34.97 
 
 
152 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3544  hypothetical protein  35.46 
 
 
160 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0206  hypothetical protein  44.44 
 
 
505 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0259343  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1296  hypothetical protein  32.37 
 
 
161 aa  75.5  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0433075  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0375  hypothetical protein  28.26 
 
 
163 aa  75.9  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000128461  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3029  hypothetical protein  33.33 
 
 
153 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.63375  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1159  hypothetical protein  32.37 
 
 
161 aa  75.5  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0147113  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3739  protein of unknown function UPF0079  35.45 
 
 
159 aa  74.7  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.124017  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10268  putative ATP/GTP-binding transmembrane protein  33.03 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.636106  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0625  hypothetical protein  43.43 
 
 
505 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00759808  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0073  protein of unknown function UPF0079  34.55 
 
 
156 aa  74.7  0.0000000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2508  hypothetical protein  31.34 
 
 
144 aa  74.7  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0224892  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2754  hypothetical protein  31.45 
 
 
160 aa  74.3  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2627  hypothetical protein  31.45 
 
 
160 aa  74.3  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1261  protein of unknown function UPF0079  29.2 
 
 
178 aa  74.3  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.810955  normal  0.0782471 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0383  hypothetical protein  38.6 
 
 
506 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29240  conserved hypothetical nucleotide-binding protein  34.17 
 
 
196 aa  74.3  0.0000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>