More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0018 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0018  ribonuclease HII  100 
 
 		 206 aa  423  1e-118  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000692909  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1993  ribonuclease HII  73.66 
 
 		 206 aa  307  5.9999999999999995e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0038  ribonuclease HII  69.76 
 
 		 205 aa  302  3.0000000000000004e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0017  ribonuclease HII  68.78 
 
 		 299 aa  279  2e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0011  ribonuclease HII  68.78 
 
 		 208 aa  273  9e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000000150276  normal  0.177364 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0018  ribonuclease HII  61.39 
 
 		 207 aa  258  5.0000000000000005e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000987865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0017  ribonuclease HII  63.41 
 
 		 206 aa  246  1e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00136282  unclonable  0.000000928974 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  52.58 
 
 		 212 aa  191  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05540  putative ribonuclease HII  48.7 
 
 		 199 aa  189  2e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.734266  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6108  Ribonuclease H  53.93 
 
 		 191 aa  187  5.999999999999999e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  52.06 
 
 		 211 aa  187  7e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1756  ribonuclease HII  60.54 
 
 		 196 aa  187  7e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.384083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3847  Ribonuclease H  51.58 
 
 		 208 aa  186  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.297829  normal  0.541693 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1702  ribonuclease HII  48.21 
 
 		 242 aa  181  7e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.778683  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  53.01 
 
 		 198 aa  180  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1204  ribonuclease HII  49.73 
 
 		 268 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000113775  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  52.43 
 
 		 206 aa  178  4.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0736  ribonuclease HII  50.82 
 
 		 201 aa  178  4.999999999999999e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0404  ribonuclease HII  50 
 
 		 203 aa  178  4.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.505687 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  50.78 
 
 		 218 aa  177  7e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  52.66 
 
 		 208 aa  177  9e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  53.01 
 
 		 210 aa  177  9e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0278  ribonuclease HII  49.48 
 
 		 283 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0914  ribonuclease HII  48.7 
 
 		 250 aa  177  1e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000211389 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0300  ribonuclease HII  50.52 
 
 		 283 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  51.91 
 
 		 214 aa  176  2e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3757  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00155926  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 235 aa  176  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0761  ribonuclease HII  47.94 
 
 		 256 aa  175  4e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0868001  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2825  RNase HII  52.17 
 
 		 202 aa  175  4e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0974  ribonuclease HII  46.88 
 
 		 206 aa  175  5e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000438708  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  54.35 
 
 		 213 aa  174  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  52.66 
 
 		 240 aa  174  6e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  51.06 
 
 		 199 aa  174  7e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0289  ribonuclease HII  49.48 
 
 		 283 aa  174  8e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.267831  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3054  Ribonuclease H  45.88 
 
 		 197 aa  174  9.999999999999999e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  47.94 
 
 		 207 aa  172  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0302  ribonuclease HII  49.23 
 
 		 338 aa  172  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0995743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  52.85 
 
 		 201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  54.64 
 
 		 201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1531  Ribonuclease H  47.98 
 
 		 203 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00536473  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  51.34 
 
 		 207 aa  172  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  50.26 
 
 		 198 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  50.26 
 
 		 198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  50.26 
 
 		 198 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0667  ribonuclease H  47.57 
 
 		 221 aa  172  3.9999999999999995e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.368068  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3660  ribonuclease HII  47.21 
 
 		 257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00273984  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3935  ribonuclease HII  47.72 
 
 		 257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000395689  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0703  ribonuclease H  49.5 
 
 		 269 aa  172  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.076303  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  50.26 
 
 		 198 aa  171  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 209 aa  171  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 209 aa  171  5e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  50.26 
 
 		 198 aa  171  5e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  50.26 
 
 		 198 aa  171  5e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  51.65 
 
 		 203 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  51.78 
 
 		 218 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  51.78 
 
 		 217 aa  171  9e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  50.79 
 
 		 240 aa  171  9e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  51.91 
 
 		 208 aa  170  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1282  ribonuclease HII  46.88 
 
 		 225 aa  170  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000227459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  50.54 
 
 		 198 aa  170  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1516  RNase HII  50.54 
 
 		 193 aa  171  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1569  ribonuclease HII  45.15 
 
 		 217 aa  169  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2164  ribonuclease HII  54.21 
 
 		 203 aa  169  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.159466  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1272  ribonuclease H  47.69 
 
 		 207 aa  169  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  50.53 
 
 		 202 aa  170  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  50.26 
 
 		 198 aa  169  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  50.26 
 
 		 198 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  50.26 
 
 		 198 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  50.26 
 
 		 198 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.553168 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  49.74 
 
 		 198 aa  168  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3425  ribonuclease HII  51.65 
 
 		 230 aa  169  4e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  48.63 
 
 		 201 aa  168  4e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  49.74 
 
 		 198 aa  168  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  47.62 
 
 		 211 aa  168  4e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  49.74 
 
 		 198 aa  168  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 217 aa  168  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4366  ribonuclease HII  50.54 
 
 		 230 aa  167  7e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0747  ribonuclease HII  46.6 
 
 		 198 aa  167  8e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2962  ribonuclease H  45.64 
 
 		 204 aa  167  8e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1452  ribonuclease HII  48.94 
 
 		 209 aa  167  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1185  hypothetical protein  47.67 
 
 		 194 aa  167  9e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.130682 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  48.63 
 
 		 248 aa  167  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  50.27 
 
 		 217 aa  167  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1867  ribonuclease HII  48.19 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1966  ribonuclease HII  52.04 
 
 		 217 aa  167  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.138669  normal  0.413568 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  48.63 
 
 		 248 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1478  ribonuclease H  47.94 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2192  RNase HII  50 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0765  ribonuclease HII  46.67 
 
 		 253 aa  167  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.587559  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  47.67 
 
 		 217 aa  166  2e-40  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  50.82 
 
 		 229 aa  166  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  49.74 
 
 		 198 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  49.74 
 
 		 198 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  49.48 
 
 		 210 aa  166  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1286  ribonuclease H  54.1 
 
 		 199 aa  165  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0628  ribonuclease H  46.84 
 
 		 210 aa  165  4e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1568  ribonuclease HII  46.7 
 
 		 214 aa  165  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0878508  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  53.01 
 
 		 207 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1492  ribonuclease HII  46.88 
 
 		 202 aa  164  5.9999999999999996e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>