259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1264 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1264  ribose-5-phosphate isomerase A  100 
 
 		 236 aa  477  1e-134  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.777235  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0686  ribose-5-phosphate isomerase A  88.89 
 
 		 236 aa  427  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.524796  normal  0.609023 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1168  ribose-5-phosphate isomerase A  58.12 
 
 		 228 aa  266  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00449603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1076  ribose-5-phosphate isomerase A  57.69 
 
 		 228 aa  265  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.956301  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1232  ribose-5-phosphate isomerase A  58.12 
 
 		 228 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0408833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1683  ribose-5-phosphate isomerase A  56.12 
 
 		 235 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187826 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4691  ribose-5-phosphate isomerase A  56.12 
 
 		 231 aa  260  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411852  normal  0.781513 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1450  ribose-5-phosphate isomerase A  55.7 
 
 		 230 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1471  ribose-5-phosphate isomerase A  55.27 
 
 		 230 aa  258  7e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2088  ribose-5-phosphate isomerase A  56.41 
 
 		 228 aa  256  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3560  ribose-5-phosphate isomerase A  57.87 
 
 		 232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1260  ribose-5-phosphate isomerase A  54.89 
 
 		 235 aa  250  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1743  ribose-5-phosphate isomerase A  54.89 
 
 		 231 aa  250  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.548271  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1973  ribose-5-phosphate isomerase A  54.89 
 
 		 231 aa  250  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0149  ribose-5-phosphate isomerase A  54.89 
 
 		 231 aa  250  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0689816  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1017  ribose-5-phosphate isomerase A  54.89 
 
 		 231 aa  250  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0237346  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1820  ribose-5-phosphate isomerase A  54.89 
 
 		 231 aa  250  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1803  ribose-5-phosphate isomerase A  54.89 
 
 		 231 aa  250  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.488572  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2538  ribose-5-phosphate isomerase A  54.04 
 
 		 231 aa  249  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168343  normal  0.356045 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2516  ribose-5-phosphate isomerase A  54.04 
 
 		 235 aa  248  4e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0426683  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1709  ribose-5-phosphate isomerase A  53.62 
 
 		 231 aa  246  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2068  ribose-5-phosphate isomerase A  56.84 
 
 		 228 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2131  ribose-5-phosphate isomerase A  53.81 
 
 		 229 aa  242  3e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0785663 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1651  ribose-5-phosphate isomerase A  53.39 
 
 		 229 aa  239  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1526  ribose-5-phosphate isomerase A  54.7 
 
 		 220 aa  238  4e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1525  ribose-5-phosphate isomerase A  55.7 
 
 		 231 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541798 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1069  ribose-5-phosphate isomerase A  55.7 
 
 		 231 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2134  ribose-5-phosphate isomerase A  53.25 
 
 		 219 aa  238  8e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.213318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1549  ribose-5-phosphate isomerase A  55.7 
 
 		 231 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2616  ribose-5-phosphate isomerase A  53.39 
 
 		 249 aa  236  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0129  ribose-5-phosphate isomerase A  55.65 
 
 		 219 aa  236  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3987  ribose-5-phosphate isomerase A  51.71 
 
 		 230 aa  234  7e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195243  normal  0.0478731 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1693  ribose-5-phosphate isomerase A  55.27 
 
 		 231 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.904452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2857  ribose-5-phosphate isomerase A  53.39 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.164857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1056  ribose-5-phosphate isomerase A  53.02 
 
 		 220 aa  233  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0436  ribose-5-phosphate isomerase A  52.12 
 
 		 219 aa  231  5e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4223  ribose-5-phosphate isomerase A  55.17 
 
 		 237 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5150  ribose-5-phosphate isomerase A  54.04 
 
 		 224 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5057  ribose-5-phosphate isomerase A  54.04 
 
 		 224 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0837003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5382  ribose-5-phosphate isomerase A  54.74 
 
 		 224 aa  229  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547786 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2775  ribose 5-phosphate isomerase  52.56 
 
 		 218 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124972  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1521  ribose-5-phosphate isomerase A  53.25 
 
 		 219 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00414948  decreased coverage  0.0000820366 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1934  ribose-5-phosphate isomerase A  52.77 
 
 		 255 aa  228  7e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2456  ribose-5-phosphate isomerase A  51.95 
 
 		 230 aa  228  7e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2364  ribose-5-phosphate isomerase A  54.11 
 
 		 218 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.131374 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5203  ribose-5-phosphate isomerase A  53.19 
 
 		 224 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0315  ribose-5-phosphate isomerase A  53.19 
 
 		 224 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2156  ribose-5-phosphate isomerase A  51.95 
 
 		 243 aa  225  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4847  ribose-5-phosphate isomerase A  53.45 
 
 		 223 aa  224  9e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2206  ribose-5-phosphate isomerase A  50.42 
 
 		 234 aa  223  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3877  ribose-5-phosphate isomerase A  54.04 
 
 		 238 aa  223  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4136  ribose 5-phosphate isomerase  53.02 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00349227  hitchhiker  0.00000000166181 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0422  ribose-5-phosphate isomerase A  52.59 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0519  ribose 5-phosphate isomerase  54.11 
 
 		 220 aa  223  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0086  ribose-5-phosphate isomerase A  51.28 
 
 		 221 aa  222  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04310  ribose-5-phosphate isomerase A  52.59 
 
 		 223 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000120698  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5289  ribose 5-phosphate isomerase  52.59 
 
 		 223 aa  221  6e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0601  ribose 5-phosphate isomerase  51.52 
 
 		 218 aa  221  7e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0560  ribose 5-phosphate isomerase  52.12 
 
 		 220 aa  221  8e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02745  ribose-5-phosphate isomerase A  53.19 
 
 		 219 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0779  ribose 5-phosphate isomerase  53.19 
 
 		 219 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02708  hypothetical protein  53.19 
 
 		 219 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.177215  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3334  ribose-5-phosphate isomerase A  53.19 
 
 		 219 aa  220  9.999999999999999e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0378639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0796  ribose-5-phosphate isomerase A  53.19 
 
 		 219 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.527616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4210  ribose-5-phosphate isomerase A  53.19 
 
 		 219 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0549701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3047  ribose-5-phosphate isomerase A  53.19 
 
 		 219 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00457435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3241  ribose-5-phosphate isomerase A  53.19 
 
 		 219 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0308705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3072  ribose-5-phosphate isomerase A  53.19 
 
 		 219 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0011211  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3822  ribose-5-phosphate isomerase A  54.27 
 
 		 218 aa  218  5e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0108055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0858  ribose-5-phosphate isomerase A  54.27 
 
 		 218 aa  218  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0855  ribose-5-phosphate isomerase A  54.27 
 
 		 218 aa  218  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000367757  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0548  ribose 5-phosphate isomerase  49.57 
 
 		 220 aa  218  6e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.231532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0848  ribose-5-phosphate isomerase A  50.85 
 
 		 219 aa  218  6e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.611603  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2931  ribose-5-phosphate isomerase A  52.38 
 
 		 220 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195055  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3437  ribose-5-phosphate isomerase A  50.64 
 
 		 225 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3683  ribose-5-phosphate isomerase A  52.77 
 
 		 219 aa  217  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2542  ribose-5-phosphate isomerase A  51.06 
 
 		 218 aa  216  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3508  ribose-5-phosphate isomerase A  51.08 
 
 		 218 aa  216  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.846939  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3924  ribose-5-phosphate isomerase A  54.11 
 
 		 239 aa  216  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.266536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48280  Ribose 5-phosphate isomerase  51.06 
 
 		 226 aa  216  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002480  ribose 5-phosphate isomerase A  51.74 
 
 		 218 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00368346  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1568  ribose-5-phosphate isomerase A  50.21 
 
 		 220 aa  216  4e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000202684  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2056  ribose-5-phosphate isomerase A  51.74 
 
 		 218 aa  215  4e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000849677  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3333  ribose-5-phosphate isomerase A  52.77 
 
 		 231 aa  215  5.9999999999999996e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0695  ribose 5-phosphate isomerase  48.72 
 
 		 220 aa  214  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3514  ribose-5-phosphate isomerase A  51.52 
 
 		 220 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.163527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3293  ribose-5-phosphate isomerase A  51.52 
 
 		 220 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.272189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1064  ribose-5-phosphate isomerase A  51.52 
 
 		 220 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00884107 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3389  ribose-5-phosphate isomerase A  51.95 
 
 		 220 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1545  ribose-5-phosphate isomerase A  51.06 
 
 		 218 aa  211  7e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0825  ribose-5-phosphate isomerase A  50.85 
 
 		 219 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0629  ribose 5-phosphate isomerase A  48.92 
 
 		 219 aa  211  9e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0779  ribose 5-phosphate isomerase  48.92 
 
 		 219 aa  211  9e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03555  ribose-5-phosphate isomerase A  50.87 
 
 		 218 aa  211  9e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0955  ribose-5-phosphate isomerase A  50.65 
 
 		 218 aa  210  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22160  Ribose 5-phosphate isomerase  49.79 
 
 		 224 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1176  ribose-5-phosphate isomerase A  48.71 
 
 		 219 aa  209  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1092  ribose-5-phosphate isomerase A  51.08 
 
 		 219 aa  209  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.981456  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1012  ribose-5-phosphate isomerase A  51.08 
 
 		 219 aa  209  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.689272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0978  ribose-5-phosphate isomerase A  51.08 
 
 		 219 aa  209  3e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>