More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0889 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0889  phosphomethylpyrimidine kinase  100 
 
 
293 aa  589  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000698623  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0853  phosphomethylpyrimidine kinase  49.65 
 
 
288 aa  251  1e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.114242  normal  0.0282488 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0997  phosphomethylpyrimidine kinase  49.65 
 
 
288 aa  251  1e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00609101  normal  0.106083 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2331  phosphomethylpyrimidine kinase  51.61 
 
 
288 aa  251  1e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3651  phosphomethylpyrimidine kinase  50.52 
 
 
303 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3328  phosphomethylpyrimidine kinase  50.17 
 
 
303 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0125  phosphomethylpyrimidine kinase  49.28 
 
 
285 aa  237  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0100  bifunctional hydroxy-phosphomethylpyrimidine kinase/hydroxy-methylpyrimidine kinase  50 
 
 
301 aa  233  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.504997  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2435  phosphomethylpyrimidine kinase  52.38 
 
 
285 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0928  phosphomethylpyrimidine kinase  53.87 
 
 
271 aa  229  6e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0346056  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4453  phosphomethylpyrimidine kinase  46.93 
 
 
270 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  0.352817 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0071  phosphomethylpyrimidine kinase  41.79 
 
 
267 aa  223  4e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1545  phosphomethylpyrimidine kinase  45.93 
 
 
264 aa  219  6e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.104036  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2470  phosphomethylpyrimidine kinase  48.59 
 
 
280 aa  218  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.176006  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2522  phosphomethylpyrimidine kinase  45.96 
 
 
262 aa  217  2e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4315  phosphomethylpyrimidine kinase  50 
 
 
297 aa  215  7e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319953  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09330  phosphomethylpyrimidine kinase  49.45 
 
 
264 aa  215  8e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.387333 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4984  phosphomethylpyrimidine kinase  47.23 
 
 
268 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.702252  normal  0.243702 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3018  phosphomethylpyrimidine kinase  48.56 
 
 
270 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2061  phosphomethylpyrimidine kinase  47.96 
 
 
260 aa  214  1.9999999999999998e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0150754  normal  0.0985623 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1338  phosphomethylpyrimidine kinase  44.81 
 
 
264 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00019728  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1787  phosphomethylpyrimidine kinase  50 
 
 
308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23579  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3067  phosphomethylpyrimidine kinase  52.61 
 
 
299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.119732  normal  0.199028 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1082  phosphomethylpyrimidine kinase  46.91 
 
 
271 aa  211  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3294  phosphomethylpyrimidine kinase  51.88 
 
 
293 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.186512 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2250  phosphomethylpyrimidine kinase  44.53 
 
 
268 aa  209  4e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.660572  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3496  phosphomethylpyrimidine kinase  50.18 
 
 
268 aa  209  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.828772  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1397  phosphomethylpyrimidine kinase  44.32 
 
 
265 aa  209  6e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000385147  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1935  phosphomethylpyrimidine kinase  49.64 
 
 
283 aa  209  6e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10762  thiamin biosynthesis protein (Thi-4), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10740)  42.32 
 
 
510 aa  206  4e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.116224  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2979  phosphomethylpyrimidine kinase  44.32 
 
 
267 aa  206  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4934  phosphomethylpyrimidine kinase  45.96 
 
 
268 aa  205  6e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.566917  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1692  phosphomethylpyrimidine kinase  47.08 
 
 
283 aa  205  7e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0788599  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0212  phosphomethylpyrimidine kinase  51.6 
 
 
290 aa  205  9e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1176  phosphomethylpyrimidine kinase  42.7 
 
 
267 aa  204  1e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.82174  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4470  phosphomethylpyrimidine kinase  45.96 
 
 
268 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.668119  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1153  phosphomethylpyrimidine kinase  41.99 
 
 
272 aa  204  1e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0935315  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1992  phosphomethylpyrimidine kinase  42.25 
 
 
270 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0565  phosphomethylpyrimidine kinase  46.47 
 
 
264 aa  203  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00127347  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2382  phosphomethylpyrimidine kinase  44.12 
 
 
266 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.779831 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2378  phosphomethylpyrimidine kinase  43.48 
 
 
266 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305846  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1102  phosphomethylpyrimidine kinase  45.32 
 
 
271 aa  202  5e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0215379  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2490  phosphomethylpyrimidine kinase  43.48 
 
 
266 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2289  phosphomethylpyrimidine kinase  43.48 
 
 
266 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.426705  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1301  phosphomethylpyrimidine kinase  43.59 
 
 
267 aa  201  9e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.185406  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10848  probable phosphomethylpyrimidine kinase (ThiD)  44.19 
 
 
269 aa  201  9.999999999999999e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0191434  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1670  phosphomethylpyrimidine kinase  43.96 
 
 
260 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.42362 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2333  phosphomethylpyrimidine kinase  42.39 
 
 
266 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4828  phosphomethylpyrimidine kinase  46.4 
 
 
273 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1628  phosphomethylpyrimidine kinase  43.64 
 
 
266 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.522982  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0918  phosphomethylpyrimidine kinase  40.07 
 
 
269 aa  199  5e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0828  phosphomethylpyrimidine kinase  42.86 
 
 
264 aa  199  6e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.192548  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1443  phosphomethylpyrimidine kinase  45.22 
 
 
269 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.600581  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1583  phosphomethylpyrimidine kinase  45.32 
 
 
264 aa  198  9e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.152097  normal  0.0340338 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0969  phosphomethylpyrimidine kinase  43.66 
 
 
263 aa  197  2.0000000000000003e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.922433  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1498  phosphomethylpyrimidine kinase  42.07 
 
 
257 aa  196  3e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.315358  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1004  phosphomethylpyrimidine kinase  44.85 
 
 
275 aa  195  7e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5600  hydroxy-methylpyrimidine kinase /hydroxy-phosphomethylpyrimidine kinase  43.68 
 
 
266 aa  195  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.429432  normal  0.105983 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0452  phosphomethylpyrimidine kinase  42.86 
 
 
436 aa  195  9e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.70912 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2517  phosphomethylpyrimidine kinase  42.75 
 
 
260 aa  194  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0372  phosphomethylpyrimidine kinase  42.91 
 
 
285 aa  194  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.591258  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3577  phosphomethylpyrimidine kinase  41.76 
 
 
266 aa  192  5e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.385467 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2438  phosphomethylpyrimidine kinase  48.5 
 
 
264 aa  192  6e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.674981  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0169  phosphomethylpyrimidine kinase  50.34 
 
 
276 aa  192  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2399  phosphomethylpyrimidine kinase  49.08 
 
 
287 aa  192  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.943735  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0706  phosphomethylpyrimidine kinase  46.18 
 
 
268 aa  191  1e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0649  phosphomethylpyrimidine kinase  40 
 
 
267 aa  191  1e-47  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0890915  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1554  phosphomethylpyrimidine kinase  41.18 
 
 
266 aa  190  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1135  phosphomethylpyrimidine kinase  41.18 
 
 
266 aa  190  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.878652  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0914  phosphomethylpyrimidine kinase  46.34 
 
 
282 aa  191  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0556569  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1203  phosphomethylpyrimidine kinase  42.65 
 
 
266 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.564031  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0961  phosphomethylpyrimidine kinase  41.18 
 
 
266 aa  190  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2391  phosphomethylpyrimidine kinase  41.18 
 
 
266 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1619  phosphomethylpyrimidine kinase  43.24 
 
 
269 aa  190  2e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.123369  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2239  phosphomethylpyrimidine kinase  41.18 
 
 
266 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1544  phosphomethylpyrimidine kinase  41.18 
 
 
266 aa  190  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1321  phosphomethylpyrimidine kinase  42.65 
 
 
266 aa  189  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3082  phosphomethylpyrimidine kinase  41.18 
 
 
266 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.190737 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4493  phosphomethylpyrimidine kinase  47.64 
 
 
266 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02031  phosphomethylpyrimidine kinase  40.81 
 
 
266 aa  189  4e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3091  phosphomethylpyrimidine kinase  43.01 
 
 
266 aa  189  4e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0488797  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01995  hypothetical protein  40.81 
 
 
266 aa  189  4e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1191  phosphomethylpyrimidine kinase  41.97 
 
 
267 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.16328  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2060  phosphomethylpyrimidine kinase  46.72 
 
 
269 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.373143 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0639  phosphomethylpyrimidine kinase  41.03 
 
 
290 aa  187  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.784703  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1407  phosphomethylpyrimidine kinase  46.52 
 
 
267 aa  187  1e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0791  phosphomethylpyrimidine kinase  43.54 
 
 
270 aa  187  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5350  phosphomethylpyrimidine kinase  46.72 
 
 
269 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.120967 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4540  phosphomethylpyrimidine kinase  43.54 
 
 
270 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.48056 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1310  phosphomethylpyrimidine kinase  45.42 
 
 
268 aa  187  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1361  phosphomethylpyrimidine kinase  47.27 
 
 
268 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2710  phosphomethylpyrimidine kinase  41.54 
 
 
266 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.227545  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0621  phosphomethylpyrimidine kinase  43.91 
 
 
270 aa  186  4e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0585  phosphomethylpyrimidine kinase  44.81 
 
 
267 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.339166  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1658  phosphomethylpyrimidine kinase  48.18 
 
 
268 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0210202 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3167  phosphomethylpyrimidine kinase  43.37 
 
 
263 aa  185  6e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.17923  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2479  phosphomethylpyrimidine kinase  48.54 
 
 
268 aa  185  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0351011  hitchhiker  0.000627669 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0644  phosphomethylpyrimidine kinase  43.54 
 
 
270 aa  185  8e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6036  phosphomethylpyrimidine kinase type-2  46.35 
 
 
269 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.190496  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2041  phosphomethylpyrimidine kinase  46.35 
 
 
269 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>