More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0028 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0024  uroporphyrinogen decarboxylase  89.02 
 
 		 347 aa  639    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.373394  hitchhiker  0.000193668 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0028  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 369 aa  755    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3491  uroporphyrinogen decarboxylase  65.67 
 
 		 367 aa  496  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000153179  normal  0.770244 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3342  uroporphyrinogen decarboxylase  64.67 
 
 		 363 aa  489  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3498  uroporphyrinogen decarboxylase  63.04 
 
 		 367 aa  474  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3304  uroporphyrinogen decarboxylase  62.87 
 
 		 364 aa  476  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0044  uroporphyrinogen decarboxylase  61.52 
 
 		 366 aa  476  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3174  uroporphyrinogen decarboxylase  63.32 
 
 		 367 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  61.79 
 
 		 366 aa  476  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3303  uroporphyrinogen decarboxylase  63.32 
 
 		 364 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0163615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3022  uroporphyrinogen decarboxylase  62.87 
 
 		 364 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2962  uroporphyrinogen decarboxylase  62.87 
 
 		 405 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0170  uroporphyrinogen decarboxylase  62.87 
 
 		 405 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1580  uroporphyrinogen decarboxylase  62.87 
 
 		 364 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3963  uroporphyrinogen decarboxylase  62.87 
 
 		 364 aa  473  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4036  uroporphyrinogen decarboxylase  63.14 
 
 		 364 aa  474  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617261  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0112  uroporphyrinogen decarboxylase  62.6 
 
 		 392 aa  474  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.226113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3349  uroporphyrinogen decarboxylase  62.87 
 
 		 364 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0126  uroporphyrinogen decarboxylase  62.6 
 
 		 375 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3023  uroporphyrinogen decarboxylase  60.16 
 
 		 378 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3292  uroporphyrinogen decarboxylase  62.06 
 
 		 392 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.136246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2944  uroporphyrinogen decarboxylase  61.79 
 
 		 392 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0032555  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0111  uroporphyrinogen decarboxylase  61.79 
 
 		 392 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0979299  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0110  uroporphyrinogen decarboxylase  61.85 
 
 		 375 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.760433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0101  uroporphyrinogen decarboxylase  61.79 
 
 		 392 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0821  uroporphyrinogen decarboxylase  59.4 
 
 		 369 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00198157  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0134  uroporphyrinogen decarboxylase  60.49 
 
 		 372 aa  449  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106114  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4264  uroporphyrinogen decarboxylase  59.35 
 
 		 369 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3524  uroporphyrinogen decarboxylase  58.15 
 
 		 356 aa  439  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00974086 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0363  uroporphyrinogen decarboxylase  58.92 
 
 		 369 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178148  normal  0.394936 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3861  uroporphyrinogen decarboxylase  58.71 
 
 		 370 aa  436  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0566  uroporphyrinogen decarboxylase  59.3 
 
 		 370 aa  437  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4469  uroporphyrinogen decarboxylase  60.27 
 
 		 379 aa  435  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.450699  normal  0.0158572 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3134  uroporphyrinogen decarboxylase  58.45 
 
 		 370 aa  431  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0727  uroporphyrinogen decarboxylase  58.27 
 
 		 370 aa  423  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  55.43 
 
 		 356 aa  419  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  56.16 
 
 		 355 aa  413  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  55.43 
 
 		 356 aa  409  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0010  uroporphyrinogen decarboxylase  57.18 
 
 		 370 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.717373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0705  uroporphyrinogen decarboxylase  55.86 
 
 		 365 aa  402  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  54.32 
 
 		 354 aa  392  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  52.92 
 
 		 354 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  52.65 
 
 		 354 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  52.65 
 
 		 354 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  52.62 
 
 		 354 aa  374  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0728  uroporphyrinogen decarboxylase  53.48 
 
 		 354 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  52.37 
 
 		 354 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0876  uroporphyrinogen decarboxylase  53.48 
 
 		 354 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  50.82 
 
 		 355 aa  369  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  52.09 
 
 		 354 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  52.22 
 
 		 354 aa  370  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  51.25 
 
 		 364 aa  368  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  52.34 
 
 		 354 aa  368  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  52.07 
 
 		 354 aa  369  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0124917 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  52.07 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  52.07 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  52.07 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  51.53 
 
 		 354 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  52.07 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  50.97 
 
 		 351 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  51.53 
 
 		 357 aa  367  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  51.94 
 
 		 355 aa  365  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  52.34 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  52.34 
 
 		 354 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1118  uroporphyrinogen decarboxylase  51.79 
 
 		 366 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  52.07 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  52.07 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  52.07 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  52.65 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  52.07 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  52.2 
 
 		 365 aa  367  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  52.07 
 
 		 354 aa  367  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  51.92 
 
 		 354 aa  364  2e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  52.07 
 
 		 354 aa  363  3e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  51.52 
 
 		 354 aa  363  3e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  50.27 
 
 		 359 aa  361  1e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  51.65 
 
 		 354 aa  361  1e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  51.25 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  50.97 
 
 		 354 aa  360  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  51.81 
 
 		 353 aa  360  2e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  51.39 
 
 		 355 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  49.73 
 
 		 355 aa  360  2e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  51.39 
 
 		 355 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  50.68 
 
 		 355 aa  360  3e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  50.68 
 
 		 355 aa  360  3e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  50.68 
 
 		 355 aa  360  3e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  50.97 
 
 		 354 aa  359  3e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  50.96 
 
 		 354 aa  358  6e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  51.39 
 
 		 355 aa  358  9e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  51.77 
 
 		 354 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000118509 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  50.42 
 
 		 354 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0413  uroporphyrinogen decarboxylase  51.65 
 
 		 354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3920  uroporphyrinogen decarboxylase  51.65 
 
 		 354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  50.7 
 
 		 354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4042  uroporphyrinogen decarboxylase  51.65 
 
 		 354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.984022 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0387  uroporphyrinogen decarboxylase  51.37 
 
 		 354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3406  uroporphyrinogen decarboxylase  51.1 
 
 		 354 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  49.45 
 
 		 355 aa  356  3.9999999999999996e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  50.82 
 
 		 354 aa  355  5e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  51.1 
 
 		 354 aa  355  5e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>