53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0566 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0566  formate dehydrogenase, gamma subunit  100 
 
 		 172 aa  347  5e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1395  formate dehydrogenase, gamma subunit  81.87 
 
 		 353 aa  293  7e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.798928  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2758  formate dehydrogenase subunit gamma  47.46 
 
 		 397 aa  114  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.073023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0685  formate dehydrogenase gamma subunit  47.66 
 
 		 398 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.368293  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2179  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.11 
 
 		 387 aa  107  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.364942  normal  0.0604921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2583  formate dehydrogenase, gamma subunit  47.11 
 
 		 387 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2370  hypothetical protein  44.86 
 
 		 384 aa  102  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00536493 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3706  formate dehydrogenase, gamma subunit  40 
 
 		 340 aa  90.5  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3258  formate dehydrogenase, gamma subunit  35.16 
 
 		 396 aa  74.7  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.263075  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02280  formate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  33.07 
 
 		 350 aa  70.9  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1455  putative formate dehydrogenase  33.59 
 
 		 339 aa  69.3  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1173  formate dehydrogenase gamma subunit  33.86 
 
 		 388 aa  69.7  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.601281  normal  0.202143 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3725  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.51 
 
 		 384 aa  69.3  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.455366 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003492  formate dehydrogenase -O gamma subunit  33.33 
 
 		 350 aa  69.3  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0837  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.03 
 
 		 390 aa  65.1  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3128  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.84 
 
 		 336 aa  65.1  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1289  formate dehydrogenase gamma subunit  32.69 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.60343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4059  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.94 
 
 		 408 aa  63.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0506  formate dehydrogenase, gamma subunit  33.61 
 
 		 342 aa  63.2  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.579311 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1118  formate dehydrogenase, cytochrome B556 subunit  33.33 
 
 		 357 aa  63.5  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3089  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.56 
 
 		 339 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.971342  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0940  formate dehydrogenase gamma subunit  32.03 
 
 		 401 aa  62.4  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2451  formate dehydrogenase gamma subunit  31.47 
 
 		 339 aa  62  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0779662  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5280  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.41 
 
 		 339 aa  60.8  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3611  formate dehydrogenase, C subunit, putative  31.25 
 
 		 338 aa  60.5  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3205  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.89 
 
 		 345 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4511  formate dehydrogenase, C subunit, putative  34.26 
 
 		 342 aa  58.9  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2788  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.01 
 
 		 401 aa  58.5  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0675337  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3461  formate dehydrogenase gamma subunit  31.01 
 
 		 401 aa  58.5  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.293351 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5489  formate dehydrogenase, gamma subunit  34.09 
 
 		 341 aa  58.2  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0459  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.77 
 
 		 345 aa  58.2  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0423  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.77 
 
 		 345 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0391  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.77 
 
 		 345 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0061  formate dehydrogenase, gamma subunit  31.34 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3722  formate dehydrogenase gamma subunit  32.41 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.973901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4135  formate dehydrogenase, gamma subunit  27.86 
 
 		 335 aa  56.2  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3793  formate dehydrogenase gamma subunit  32.41 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3918  formate dehydrogenase gamma subunit  32.41 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.524619 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0335  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.41 
 
 		 342 aa  55.8  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4811  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.32 
 
 		 337 aa  54.7  0.0000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4108  formate dehydrogenase, gamma subunit  36.17 
 
 		 342 aa  54.3  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0059  formate dehydrogenase, gamma subunit  29.82 
 
 		 338 aa  53.9  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0231  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.56 
 
 		 342 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.148451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4226  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.56 
 
 		 342 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278212 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4138  formate dehydrogenase, gamma subunit  30.56 
 
 		 342 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4419  formate dehydrogenase, gamma subunit  32.58 
 
 		 335 aa  52.4  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0403  formate dehydrogenase gamma subunit  25.57 
 
 		 404 aa  52.4  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0151738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  35.71 
 
 		 369 aa  51.2  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1917  formate dehydrogenase gamma subunit  32.29 
 
 		 347 aa  47.8  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3797  formate dehydrogenase gamma subunit  40 
 
 		 327 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3922  formate dehydrogenase gamma subunit  40 
 
 		 327 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3726  formate dehydrogenase gamma subunit  40 
 
 		 327 aa  43.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.497698 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0807  cytochrome c family protein  60.71 
 
 		 688 aa  40.8  0.009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>