33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4807 on replicon NC_008761
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008761  Pnap_4807  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 74 aa  149  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.125806  hitchhiker  0.00510188 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0373  Cro/CI family transcriptional regulator  74.65 
 
 		 71 aa  116  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000000821993  normal  0.249392 
 
 
 
NC_011662  Tmz1t_0251  transcriptional regulator, XRE family  64.62 
 
 		 72 aa  94  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120803  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49660  hypothetical protein  57.14 
 
 		 70 aa  90.5  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000595514  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2316  Cro/CI family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.723017  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3980  transcriptional regulator  60 
 
 		 76 aa  87.8  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4286  Cro/CI family transcriptional regulator  59.7 
 
 		 73 aa  87.4  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4458  putative transcriptional regulator, XRE family  60.32 
 
 		 71 aa  86.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  57.81 
 
 		 68 aa  86.3  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0975  putative transcriptional regulator, XRE family  55.38 
 
 		 68 aa  79.7  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2123  hypothetical protein  43.55 
 
 		 69 aa  65.1  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1995  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 71 aa  59.3  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000194045  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1184  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 71 aa  59.3  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2160  hypothetical protein  35.29 
 
 		 89 aa  57  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.419766  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2649  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 80 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3657  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 79 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.544629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0684  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 89 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0963  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000305628 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5453  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 80 aa  53.5  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.816575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3037  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 80 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.548242 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4838  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 71 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1496  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 75 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00000868778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0066  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 262 aa  52  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1800  Cro/CI family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 75 aa  51.2  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0014  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 73 aa  51.2  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127273  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0305  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 80 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00365078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0764  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 79 aa  47.8  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0359167  normal  0.203575 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5459  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 92 aa  47  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0131549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2262  XRE family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.914675  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0816  transcriptional regulator, XRE family  29.23 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2870  transcriptional regulator, XRE family  29.23 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000158683  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2963  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.364459  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0302  transcriptional regulator  26.98 
 
 		 225 aa  41.2  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.41457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>