More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3996 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3996  3-dehydroquinate dehydratase  100 
 
 
148 aa  305  1.0000000000000001e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.588334  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4497  3-dehydroquinate dehydratase  86.9 
 
 
149 aa  269  8.000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81741  normal  0.381959 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1559  3-dehydroquinate dehydratase  86.39 
 
 
148 aa  266  8.999999999999999e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0672163  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5818  3-dehydroquinate dehydratase  79.41 
 
 
146 aa  236  6.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.546847 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6025  3-dehydroquinate dehydratase  77.24 
 
 
147 aa  235  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212804  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0417  3-dehydroquinate dehydratase  75.51 
 
 
149 aa  234  3e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3003  3-dehydroquinate dehydratase  76.43 
 
 
145 aa  232  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216438  normal  0.0434236 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5767  3-dehydroquinate dehydratase  75.18 
 
 
145 aa  232  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.533207  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2690  3-dehydroquinate dehydratase  75 
 
 
145 aa  228  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4434  3-dehydroquinate dehydratase  74.47 
 
 
145 aa  228  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.433738 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2178  3-dehydroquinate dehydratase  69.57 
 
 
148 aa  201  4e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2097  3-dehydroquinate dehydratase  64.96 
 
 
153 aa  194  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2360  3-dehydroquinate dehydratase  68.7 
 
 
149 aa  193  6e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.896861  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0662  3-dehydroquinate dehydratase  56.25 
 
 
147 aa  168  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1050  3-dehydroquinate dehydratase  54.42 
 
 
147 aa  168  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000995076  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2695  3-dehydroquinate dehydratase, type II  53.96 
 
 
145 aa  163  9e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.800528 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4099  3-dehydroquinate dehydratase  76 
 
 
120 aa  161  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0790869  normal  0.677158 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0981  3-dehydroquinate dehydratase  55.8 
 
 
150 aa  161  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00261283  normal  0.0932644 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2022  3-dehydroquinate dehydratase  54.73 
 
 
150 aa  159  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1595  3-dehydroquinate dehydratase, type II  55.07 
 
 
144 aa  158  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1003  3-dehydroquinate dehydratase  51.35 
 
 
150 aa  154  3e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0915  3-dehydroquinate dehydratase  53.79 
 
 
149 aa  152  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.249833  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1823  3-dehydroquinate dehydratase  52.9 
 
 
144 aa  152  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000527848  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2657  3-dehydroquinate dehydratase  53.62 
 
 
149 aa  148  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000254633 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1164  3-dehydroquinate dehydratase  46.85 
 
 
207 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3692  3-dehydroquinate dehydratase  48.57 
 
 
150 aa  144  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.526895  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1559  3-dehydroquinate dehydratase  52.9 
 
 
149 aa  144  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.897026  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1698  3-dehydroquinate dehydratase, type II  46.72 
 
 
145 aa  144  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3940  3-dehydroquinate dehydratase  48.85 
 
 
141 aa  143  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000739911  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3499  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
207 aa  143  9e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0421  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
207 aa  143  9e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2500  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
150 aa  142  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.263847  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0183  3-dehydroquinate dehydratase  48.61 
 
 
172 aa  143  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0858965 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3464  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
150 aa  142  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3502  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
150 aa  142  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.248237  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1280  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
150 aa  142  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3284  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
150 aa  142  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0715  3-dehydroquinate dehydratase  50 
 
 
153 aa  141  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2228  3-dehydroquinate dehydratase, type II  50.72 
 
 
149 aa  141  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0744  3-dehydroquinate dehydratase  50 
 
 
153 aa  141  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00682582  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3063  3-dehydroquinate dehydratase  46.85 
 
 
162 aa  141  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1044  3-dehydroquinate dehydratase  48.55 
 
 
148 aa  140  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.983383  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2283  3-dehydroquinate dehydratase  46.76 
 
 
145 aa  140  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0813  3-dehydroquinate dehydratase  46.76 
 
 
146 aa  140  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2778  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
150 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03924  3-dehydroquinate dehydratase (3-dehydroquinase) (Type II DHQase)  45.58 
 
 
146 aa  139  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.252405  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1721  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 
145 aa  138  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0532  3-dehydroquinate dehydratase  46.48 
 
 
150 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.68766  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3469  3-dehydroquinate dehydratase, type II  50.36 
 
 
152 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.411498 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0508  3-dehydroquinate dehydratase  46.48 
 
 
150 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04381  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 
145 aa  138  3e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0561971  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3205  3-dehydroquinate dehydratase  47.14 
 
 
148 aa  138  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0087334 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1474  3-dehydroquinate dehydratase, type II  46.53 
 
 
152 aa  137  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00136549  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3443  3-dehydroquinate dehydratase, type II  46.76 
 
 
146 aa  137  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2864  3-dehydroquinate dehydratase  45.14 
 
 
162 aa  137  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0032  3-dehydroquinate dehydratase  48.23 
 
 
149 aa  137  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0211  3-dehydroquinate dehydratase  44.76 
 
 
149 aa  137  6e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.324309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0715  3-dehydroquinate dehydratase  46.04 
 
 
148 aa  137  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583785  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4859  3-dehydroquinate dehydratase, type II  46.76 
 
 
150 aa  136  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3520  3-dehydroquinate dehydratase  47.52 
 
 
145 aa  137  7e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000267198  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4399  3-dehydroquinate dehydratase  46.76 
 
 
150 aa  136  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0123  3-dehydroquinate dehydratase  45.77 
 
 
150 aa  137  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0606  3-dehydroquinate dehydratase  45.77 
 
 
150 aa  137  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3731  3-dehydroquinate dehydratase  47.79 
 
 
157 aa  136  7.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.318206  hitchhiker  0.00144149 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0575  3-dehydroquinate dehydratase  45.77 
 
 
150 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000460325 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2754  3-dehydroquinate dehydratase  46.67 
 
 
151 aa  136  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2664  3-dehydroquinate dehydratase  46.1 
 
 
150 aa  136  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03007  3-dehydroquinate dehydratase  46.43 
 
 
148 aa  135  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1119  3-dehydroquinate dehydratase  45.64 
 
 
153 aa  135  3.0000000000000003e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1210  3-dehydroquinate dehydratase  50.36 
 
 
151 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4605  3-dehydroquinate dehydratase  44.93 
 
 
150 aa  134  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.853087  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1924  3-dehydroquinate dehydratase  47.52 
 
 
142 aa  134  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.132739  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0570  3-dehydroquinate dehydratase  44.93 
 
 
150 aa  134  5e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1369  3-dehydroquinate dehydratase, type II  47.86 
 
 
159 aa  134  6.0000000000000005e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1540  3-dehydroquinate dehydratase  47.62 
 
 
156 aa  133  9e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0606879 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0255  3-dehydroquinate dehydratase, type II  49.65 
 
 
184 aa  133  9e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06130  3-dehydroquinate dehydratase, type II  43.06 
 
 
148 aa  132  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0605  3-dehydroquinate dehydratase  43.48 
 
 
151 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0678891 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2531  3-dehydroquinate dehydratase  43.97 
 
 
145 aa  132  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0599  3-dehydroquinate dehydratase  43.48 
 
 
151 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2190  3-dehydroquinate dehydratase, type II  44.59 
 
 
150 aa  132  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.369696  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5566  3-dehydroquinate dehydratase  43.36 
 
 
147 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64090  3-dehydroquinate dehydratase  43.36 
 
 
147 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3243  3-dehydroquinate dehydratase  47.73 
 
 
144 aa  132  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.414343 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3425  3-dehydroquinate dehydratase  43.75 
 
 
151 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.112625  normal  0.0823 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3059  3-dehydroquinate dehydratase  47.69 
 
 
157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00663855  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0620  3-dehydroquinate dehydratase  44.29 
 
 
151 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0159708  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0026  3-dehydroquinate dehydratase  44.2 
 
 
152 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2391  3-dehydroquinate dehydratase  48.18 
 
 
147 aa  131  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1732  3-dehydroquinate dehydratase  48.53 
 
 
145 aa  131  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.676815  normal  0.0717581 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0533  3-dehydroquinate dehydratase  43.75 
 
 
151 aa  131  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2337  3-dehydroquinate dehydratase, type II  44.6 
 
 
148 aa  131  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.672257  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1456  3-dehydroquinate dehydratase  46.38 
 
 
145 aa  131  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.903143  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0560  3-dehydroquinate dehydratase  43.48 
 
 
151 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2620  3-dehydroquinate dehydratase  44.29 
 
 
155 aa  131  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.535696 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3030  3-dehydroquinate dehydratase  44.29 
 
 
155 aa  131  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3646  3-dehydroquinate dehydratase  42.86 
 
 
149 aa  130  5e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.231395 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0231  3-dehydroquinate dehydratase  43.57 
 
 
149 aa  130  5e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.447722  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1551  3-dehydroquinate dehydratase  44.67 
 
 
150 aa  130  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.961806  normal  0.25542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3500  3-dehydroquinate dehydratase  48.18 
 
 
155 aa  130  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.651593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>