More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3928 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3928  resolvase domain-containing protein  100 
 
 
191 aa  388  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.272515  hitchhiker  0.0000753359 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3523  resolvase, N-terminal:resolvase helix-turn-helix region  73.63 
 
 
184 aa  266  8.999999999999999e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000257012  decreased coverage  0.00040401 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1312  resolvase, N-terminal:resolvase helix-turn-helix region  70.49 
 
 
187 aa  259  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.183881 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0053  transposon Tn21 resolvase  65.05 
 
 
186 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4319  resolvase domain-containing protein  65.05 
 
 
186 aa  251  5.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1494  resolvase-like protein  63.78 
 
 
186 aa  245  3e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.493325 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6187  resolvase-like protein  62.37 
 
 
186 aa  243  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0984609  hitchhiker  0.0000107923 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4473  serine-based site-specific recombinase activity TnpR  62.9 
 
 
186 aa  243  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0992302  decreased coverage  0.00348712 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4599  serine-based site-specific recombinase activity TnpR  62.9 
 
 
186 aa  243  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000321893  hitchhiker  0.00456228 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15430  putative resolvase, essential for transposition  62.9 
 
 
186 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  7.34084e-16  unclonable  6.55355e-22 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1206  Resolvase domain protein  63.24 
 
 
186 aa  243  9.999999999999999e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0037  transposon Tn21 resolvase  63.19 
 
 
205 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.335597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2680  resolvase domain-containing protein  63.19 
 
 
185 aa  242  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3829  resolvase domain-containing protein  63.19 
 
 
185 aa  242  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3846  resolvase domain-containing protein  63.19 
 
 
185 aa  242  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.40246  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1914  resolvase domain-containing protein  63.19 
 
 
185 aa  242  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1256  resolvase domain-containing protein  62.64 
 
 
185 aa  240  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.249423  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4764  resolvase domain-containing protein  63.39 
 
 
189 aa  238  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3982  resolvase domain-containing protein  62.16 
 
 
201 aa  238  4e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.364011  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0631  resolvase domain-containing protein  62.16 
 
 
201 aa  238  4e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4352  Resolvase domain protein  62.09 
 
 
186 aa  238  5e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00813261  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1125  resolvase domain-containing protein  60.87 
 
 
184 aa  238  5e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.577602  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4489  Resolvase domain protein  62.09 
 
 
186 aa  238  5e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000146883  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4598  Resolvase domain protein  63.74 
 
 
188 aa  238  5.999999999999999e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2322  resolvase domain-containing protein  61.62 
 
 
186 aa  237  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3464  resolvase domain-containing protein  60.99 
 
 
185 aa  237  8e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0166  Resolvase domain protein  64.29 
 
 
188 aa  236  1e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2351  resolvase-like protein  61.29 
 
 
235 aa  235  4e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.329475 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0043  hypothetical protein  61.08 
 
 
188 aa  230  7.000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2033  resolvase domain-containing protein  59.04 
 
 
192 aa  223  1e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0884  Resolvase domain protein  55.61 
 
 
187 aa  222  2e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000364698  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2264  resolvase-like protein  61.54 
 
 
183 aa  221  4.9999999999999996e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0723164  hitchhiker  0.00531394 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1445  Resolvase domain  57.53 
 
 
188 aa  220  8e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3170  resolvase domain-containing protein  60.33 
 
 
200 aa  217  7.999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00430122 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1325  resolvase domain-containing protein  54.05 
 
 
192 aa  195  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2803  putative resolvase  55.87 
 
 
188 aa  185  3e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.545302  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1735  putative resolvase  55.31 
 
 
188 aa  184  7e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5336  transposon Tn21 resolvase  65.08 
 
 
129 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1811  Resolvase domain protein  46.89 
 
 
183 aa  157  7e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0297206  hitchhiker  0.00833685 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16170  resolvase  42.47 
 
 
207 aa  139  3e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.982528  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2319  resolvase, putative  48.51 
 
 
137 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000512602  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1132  Resolvase domain  42.78 
 
 
184 aa  128  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2582  resolvase domain-containing protein  43.02 
 
 
185 aa  127  7.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1711  integrative genetic element Gsu5, resolvase  39.68 
 
 
190 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0316952  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1006  Resolvase domain protein  39.44 
 
 
189 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0260  resolvase family site-specific recombinase  42.76 
 
 
205 aa  119  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1082  resolvase family site-specific recombinase  42.76 
 
 
205 aa  119  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.271311  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4084  resolvase domain-containing protein  36.84 
 
 
188 aa  118  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.236689  normal  0.0346573 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3678  Resolvase domain  38.59 
 
 
190 aa  117  9e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134045  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4154  resolvase domain-containing protein  40.1 
 
 
199 aa  116  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4685  resolvase domain-containing protein  37.77 
 
 
193 aa  115  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4081  resolvase domain-containing protein  39.8 
 
 
199 aa  114  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0381075 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3680  resolvase domain-containing protein  39.8 
 
 
199 aa  114  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3876  resolvase domain-containing protein  39.8 
 
 
199 aa  114  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.3792 
 
 
-
 
NC_006663  SEA0006  resolvase family site-specific recombinase  38.12 
 
 
192 aa  113  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.105184  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01209  bacteriocin production protein  40.86 
 
 
198 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4091  Resolvase domain  36.7 
 
 
186 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21550  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  38.83 
 
 
218 aa  113  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.850113  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0466  Resolvase domain  36.22 
 
 
205 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.418385  normal  0.0169839 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5628  Resolvase domain  40.98 
 
 
198 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.526216 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  38.42 
 
 
188 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0955  Resolvase domain protein  41.27 
 
 
194 aa  112  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2027  resolvase domain-containing protein  38.92 
 
 
185 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2095  Resolvase domain protein  38.04 
 
 
203 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3670  resolvase domain-containing protein  38.42 
 
 
185 aa  110  9e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6417  resolvase domain-containing protein  39.89 
 
 
196 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2946  resolvase domain-containing protein  44.44 
 
 
188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0986415  normal  0.227448 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2363  resolvase-like protein  38.5 
 
 
228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.379523  normal  0.343568 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2355  Resolvase domain protein  38.92 
 
 
186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  0.6636 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9833  Resolvase Protein  37.7 
 
 
210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2179  resolvase domain-containing protein  44.44 
 
 
188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0190993  hitchhiker  0.0022624 
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2823  resolvase domain-containing protein  38.67 
 
 
197 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2746  resolvase domain-containing protein  38.67 
 
 
197 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3862  resolvase domain-containing protein  39.67 
 
 
194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0506724  unclonable  0.00000235811 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  36.02 
 
 
185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  38.42 
 
 
197 aa  108  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0235  resolvase domain-containing protein  38.71 
 
 
187 aa  108  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010504  Mrad2831_6517  resolvase domain-containing protein  36.7 
 
 
185 aa  108  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002227  resolvase  51.2 
 
 
128 aa  108  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3652  resolvase, N-terminal  40.66 
 
 
192 aa  108  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000770175  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1579  transposon Tn3 resolvase  36.9 
 
 
185 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.159821  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1397  Resolvase domain protein  40.1 
 
 
209 aa  107  7.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.954133  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  34.95 
 
 
185 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  37.7 
 
 
182 aa  107  8.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6388  resolvase domain-containing protein  36.36 
 
 
191 aa  107  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1326  resolvase domain-containing protein  39.46 
 
 
180 aa  107  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5519  Resolvase domain  38.38 
 
 
197 aa  107  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.515657 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  35.68 
 
 
188 aa  107  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5424  Resolvase domain  38.33 
 
 
194 aa  106  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  35.48 
 
 
185 aa  106  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0090  resolvase TnpR  36.26 
 
 
183 aa  106  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.707126  normal  0.345515 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5457  hypothetical protein  38.33 
 
 
194 aa  106  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  39.01 
 
 
188 aa  106  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3124  resolvase domain-containing protein  40.71 
 
 
194 aa  107  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0904767  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0471  resolvase  38.71 
 
 
197 aa  106  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2347  Resolvase domain protein  37.89 
 
 
204 aa  105  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0991  resolvase domain-containing protein  38.27 
 
 
205 aa  105  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0378771  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  36.72 
 
 
184 aa  105  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  40.27 
 
 
191 aa  105  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0409  resolvase domain-containing protein  37.63 
 
 
186 aa  105  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000318958  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>