More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3437 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3437  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 310 aa  636    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0930984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5676  dihydrodipicolinate synthetase  78.14 
 
 		 312 aa  470  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.727841  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1393  dihydrodipicolinate synthetase  77.02 
 
 		 312 aa  464  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3342  dihydrodipicolinate synthetase  76.21 
 
 		 312 aa  459  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0058629  normal  0.508652 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1167  putative dihydrodipicolinate synthetase  68.81 
 
 		 314 aa  415  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0631  dihydrodipicolinate synthetase  41.5 
 
 		 314 aa  258  7e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000301226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0071  dihydrodipicolinate synthase  37.7 
 
 		 315 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3161  dihydrodipicolinate synthetase  37.05 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0466092 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5282  dihydrodipicolinate synthetase  36.3 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4933  dihydrodipicolinate synthetase  36.3 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3227  dihydrodipicolinate synthetase  36.3 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.535768 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6740  dihydrodipicolinate synthetase  36.3 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1566  dihydrodipicolinate synthetase  36.3 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6264  dihydrodipicolinate synthetase  36.3 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3377  dihydrodipicolinate synthetase  35.74 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2683  dihydrodipicolinate synthetase  33.66 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.728371  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02728  dihydrodipicolinate synthetase family protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00110)  34.43 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.753115  normal  1 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02600  dihydrodipicolinate synthase DapA, putative  35.43 
 
 		 383 aa  162  6e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.474557  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0601  dihydrodipicolinate synthetase  32.01 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0687  dihydrodipicolinate synthetase  33.9 
 
 		 311 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0101529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1603  dihydrodipicolinate synthetase  31.79 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6215  dihydrodipicolinate synthetase  33.33 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6384  dihydrodipicolinate synthetase  32.99 
 
 		 318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6617  dihydrodipicolinate synthetase  32.99 
 
 		 318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.242372 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0929  dihydrodipicolinate synthetase  28.52 
 
 		 315 aa  106  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.626944 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3705  dihydrodipicolinate synthetase  25.57 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0168037  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2548  Dihydrodipicolinate synthase  27.27 
 
 		 371 aa  102  6e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0415  N-acetylneuraminate lyase  24.04 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.275578  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3702  dihydrodipicolinate synthetase  23.43 
 
 		 301 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6523  dihydrodipicolinate synthetase  26.94 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107378 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3337  dihydrodipicolinate synthetase  26.16 
 
 		 302 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.426658  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0178  N-acetylneuraminate lyase  27.38 
 
 		 288 aa  95.9  7e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0175  N-acetylneuraminate lyase  27.38 
 
 		 288 aa  95.9  7e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5966  dihydrodipicolinate synthase  25.3 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3520  N-acetylneuraminate lyase  26.41 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0303093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03036  hypothetical protein  26.06 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03085  N-acetylneuraminate lyase  26.06 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.616118  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0481  N-acetylneuraminate lyase  26.06 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4542  N-acetylneuraminate lyase  26.06 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3707  N-acetylneuraminate lyase  26.06 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0487465  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0481  N-acetylneuraminate lyase  26.06 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3413  N-acetylneuraminate lyase  26.06 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0759607  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3551  N-acetylneuraminate lyase  26.06 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.35374  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0454  dihydrodipicolinate synthetase  25.45 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0330317 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4271  dihydrodipicolinate synthetase  25.96 
 
 		 310 aa  92.8  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2097  dihydrodipicolinate synthase  27.8 
 
 		 297 aa  92.4  8e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.143233  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1666  dihydrodipicolinate synthase  26.47 
 
 		 301 aa  92.4  8e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.458011  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0695  N-acetylneuraminate lyase  24.08 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1479  dihydrodipicolinate synthetase  24.13 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1435  dihydrodipicolinate synthetase  26.45 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.655893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3219  dihydrodipicolinate synthase  30.66 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3530  N-acetylneuraminate lyase  26.33 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.224809  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3532  N-acetylneuraminate lyase  26.33 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3602  N-acetylneuraminate lyase  26.33 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3637  N-acetylneuraminate lyase  26.33 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3699  N-acetylneuraminate lyase  26.33 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2258  dihydrodipicolinate synthase  28.57 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.269277  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3661  N-acetylneuraminate lyase  26.33 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.529009  normal  0.169481 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0494  dihydrodipicolinate synthetase  27.81 
 
 		 305 aa  89.7  6e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.78772  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0566  dihydrodipicolinate synthase  24.6 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427592 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  27.82 
 
 		 298 aa  89  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1537  dihydrodipicolinate synthase  23.83 
 
 		 298 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6292  dihydrodipicolinate synthase  23.83 
 
 		 298 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.454745 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5586  dihydrodipicolinate synthetase  24.6 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.285938  normal  0.789314 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1929  dihydrodipicolinate synthase  29.41 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2579  dihydrodipicolinate synthase  27.04 
 
 		 303 aa  86.7  4e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6951  dihydrodipicolinate synthase  24.19 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  27.54 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1281  dihydrodipicolinate synthetase  23.55 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.168862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1068  dihydrodipicolinate synthase  27.87 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.740256 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0033  dihydrodipicolinate synthase  27.36 
 
 		 291 aa  85.9  8e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  26.23 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0924  dihydrodipicolinate synthase  27.42 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2368  dihydrodipicolinate synthetase  24.83 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  28.1 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1010  dihydrodipicolinate synthase  27.42 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1296  dihydrodipicolinate synthase  25.82 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000060181  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3170  dihydrodipicolinate synthase  26.8 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0819147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  28.62 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2156  dihydrodipicolinate synthetase  26.88 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.157479  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5089  dihydrodipicolinate synthase  27.45 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00525746 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0147  dihydrodipicolinate synthase  25.55 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4192  dihydrodipicolinate synthase  28.69 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1731  dihydrodipicolinate synthase  27.27 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.527965 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5472  dihydrodipicolinate synthetase  24.41 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0090  Dihydrodipicolinate synthase  22.55 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2563  dihydrodipicolinate synthase  25.74 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.122823  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0039  N-acetylneuraminate lyase, putative  24.52 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1104  dihydrodipicolinate synthase  26.23 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2640  dihydrodipicolinate synthase  30.38 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311988 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0103  dihydrodipicolinate synthase  27.03 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.278132 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01439  dihydrodipicolinate synthetase  27.09 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2602  dihydrodipicolinate synthase  30.27 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  25.61 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4069  dihydrodipicolinate synthase  28.28 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2262  dihydrodipicolinate synthase  29.73 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1337  dihydrodipicolinate synthase  26.45 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.642823 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2036  dihydrodipicolinate synthetase  29.04 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3432  dihydrodipicolinate synthase  27.93 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4217  dihydrodipicolinate synthase  28.28 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00266238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>