More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3137 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2467  extracellular solute-binding protein  78.24 
 
 		 523 aa  832    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000299001 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3137  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 524 aa  1062    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  36.01 
 
 		 366 aa  237  3e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  37.17 
 
 		 364 aa  237  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  38.24 
 
 		 371 aa  234  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 366 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  37.58 
 
 		 369 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  34.9 
 
 		 367 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  34.9 
 
 		 367 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 		 366 aa  231  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  37.61 
 
 		 365 aa  231  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  37.24 
 
 		 371 aa  229  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  35.87 
 
 		 369 aa  228  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  38.61 
 
 		 366 aa  229  1e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  35.25 
 
 		 364 aa  228  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  35.36 
 
 		 366 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  35.36 
 
 		 366 aa  228  3e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  35.41 
 
 		 387 aa  228  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 387 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 387 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.73 
 
 		 369 aa  226  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  35.89 
 
 		 366 aa  225  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  37.06 
 
 		 374 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  35.79 
 
 		 366 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  37.62 
 
 		 362 aa  225  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  35.36 
 
 		 366 aa  225  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  36.72 
 
 		 401 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  36.8 
 
 		 366 aa  225  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 		 366 aa  225  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  36.42 
 
 		 365 aa  224  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  36.42 
 
 		 362 aa  224  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  34.17 
 
 		 367 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0935  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 		 375 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.458503  normal  0.516167 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  36.18 
 
 		 366 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  36.58 
 
 		 364 aa  223  8e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.99 
 
 		 369 aa  223  8e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  37.58 
 
 		 362 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  34.83 
 
 		 365 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0375  extracellular solute-binding protein family 1  38.14 
 
 		 365 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00751674  decreased coverage  0.000421612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  35.36 
 
 		 367 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  36.61 
 
 		 364 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  35.01 
 
 		 365 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  36.61 
 
 		 364 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  36.8 
 
 		 364 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.89 
 
 		 367 aa  221  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.69 
 
 		 370 aa  221  3.9999999999999997e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  36.5 
 
 		 365 aa  220  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  33.89 
 
 		 367 aa  219  7e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  34.88 
 
 		 365 aa  219  7e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  35.08 
 
 		 366 aa  219  7.999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4388  extracellular solute-binding protein family 1  33.43 
 
 		 367 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.926126  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.36 
 
 		 369 aa  219  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 		 368 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 		 365 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.16 
 
 		 369 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.43 
 
 		 369 aa  218  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.99 
 
 		 369 aa  218  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4019  extracellular solute-binding protein  33.14 
 
 		 367 aa  218  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.612389 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1367  transcription factor jumonji, jmjC  39.19 
 
 		 365 aa  218  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.16 
 
 		 369 aa  218  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.16 
 
 		 369 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  34.44 
 
 		 367 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1501  extracellular solute-binding protein  36.39 
 
 		 371 aa  216  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  33.14 
 
 		 366 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  33.13 
 
 		 365 aa  213  9e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  33.13 
 
 		 365 aa  213  9e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.58 
 
 		 370 aa  212  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  35.96 
 
 		 363 aa  212  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.56 
 
 		 370 aa  212  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.56 
 
 		 370 aa  212  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.56 
 
 		 370 aa  212  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  35.56 
 
 		 370 aa  212  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4922  extracellular solute-binding protein  34.42 
 
 		 365 aa  212  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.56 
 
 		 370 aa  212  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 370 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.56 
 
 		 370 aa  212  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  35.56 
 
 		 370 aa  212  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.56 
 
 		 370 aa  212  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  34.45 
 
 		 361 aa  211  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.24 
 
 		 371 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.24 
 
 		 371 aa  210  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.24 
 
 		 371 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.24 
 
 		 371 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  34.92 
 
 		 371 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5632  extracellular solute-binding protein  33.82 
 
 		 366 aa  208  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0464998  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 		 365 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  34.71 
 
 		 371 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0340  extracellular solute-binding protein  35.24 
 
 		 352 aa  207  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.988078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  33.63 
 
 		 367 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 		 365 aa  207  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 		 362 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  36.2 
 
 		 362 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3516  putrescine ABC transporter, periplasmic binding protein  33.97 
 
 		 368 aa  207  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0677178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  36.31 
 
 		 362 aa  207  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.43 
 
 		 363 aa  207  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.23 
 
 		 363 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2105  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 371 aa  206  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.681994 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.23 
 
 		 363 aa  206  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  31.71 
 
 		 365 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>