101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3089 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3089  uroporphyrinogen III synthase  100 
 
 
287 aa  559  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.479559  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2891  uroporphyrinogen-III synthase  50 
 
 
272 aa  228  6e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.328432  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2378  uroporphyrinogen-III synthase  49.3 
 
 
272 aa  228  8e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1998  uroporphyrinogen III synthase  47.7 
 
 
279 aa  190  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000649837 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1716  uroporphyrinogen III synthase  45.32 
 
 
273 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2231  uroporphyrinogen III synthase HEM4  46.02 
 
 
269 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41378  hitchhiker  0.0093403 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1039  uroporphyrinogen III synthase  46.13 
 
 
282 aa  177  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1375  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  46.67 
 
 
257 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.297632  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3001  uroporphyrinogen-III synthase  44.52 
 
 
275 aa  152  8e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00619435  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2178  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.88 
 
 
686 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.280216  hitchhiker  0.000563849 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0765  uroporphyrinogen III synthase HEM4  39.42 
 
 
267 aa  109  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000129403 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1070  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.41 
 
 
672 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3410  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.33 
 
 
672 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0701  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.19 
 
 
689 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2748  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.3 
 
 
693 aa  92.8  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2570  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.96 
 
 
702 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.866591 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2467  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.33 
 
 
655 aa  89  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0873  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.28 
 
 
659 aa  88.6  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0731  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.16 
 
 
659 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1231  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.16 
 
 
659 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2283  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.16 
 
 
659 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3001  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.16 
 
 
659 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1072  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.16 
 
 
659 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1078  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.16 
 
 
659 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1596  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.16 
 
 
659 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447843  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2333  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.8 
 
 
655 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.623737 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5751  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.33 
 
 
656 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2356  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.21 
 
 
695 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.134951  normal  0.286784 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2165  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.68 
 
 
665 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.255779 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1199  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.77 
 
 
274 aa  77.8  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.843372  normal  0.534703 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2669  uroporphyrinogen-III synthase  33.22 
 
 
261 aa  74.3  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000490526 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1438  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.52 
 
 
267 aa  74.3  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880003  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1812  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.21 
 
 
656 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.681171  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2424  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.21 
 
 
656 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0870  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  33.7 
 
 
656 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.787739 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2428  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.85 
 
 
656 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.475486  normal  0.299485 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69440  uroporphyrinogen-III synthase  27.24 
 
 
251 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3673  uroporphyrinogen-III synthase  29.03 
 
 
260 aa  67.4  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0028  Uroporphyrinogen-III synthase  29.12 
 
 
272 aa  67.4  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3592  uroporphyrinogen III synthase HEM4  22.52 
 
 
250 aa  67  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0034  uroporphyrinogen-III synthase  25.96 
 
 
256 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6005  uroporphyrinogen-III synthase  26.88 
 
 
251 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201687  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0657  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.39 
 
 
274 aa  63.2  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0281  uroporphyrinogen-III synthase  27.54 
 
 
257 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3666  Na+/H+ antiporter NhaA  28.4 
 
 
290 aa  62.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.232778  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1977  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  29.18 
 
 
513 aa  61.2  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0017868  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.52 
 
 
511 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0387  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.06 
 
 
238 aa  60.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0212  uroporphyrinogen-III synthase  26.91 
 
 
255 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.475879  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5486  uroporphyrinogen-III synthase  26.84 
 
 
255 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.41 
 
 
510 aa  59.3  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2689  uroporphyrinogen-III synthase  25.83 
 
 
260 aa  58.5  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1341  Uroporphyrinogen-III synthase  25.75 
 
 
266 aa  56.2  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3061  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.74 
 
 
672 aa  54.3  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0011  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.14 
 
 
271 aa  52.4  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.458741 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3476  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.96 
 
 
270 aa  52  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47590  uroporphyrinogen-III synthase  26.88 
 
 
262 aa  51.6  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3062  uroporphyrinogen-III methylase  26.35 
 
 
513 aa  50.8  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.03 
 
 
503 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0257  uroporphyrinogen-III synthase  26.92 
 
 
255 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.884296  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0501  Uroporphyrinogen-III synthase  26.87 
 
 
276 aa  51.6  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000190734  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0219  uroporphyrinogen III synthase HemD  23.26 
 
 
248 aa  51.2  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3641  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.17 
 
 
244 aa  50.4  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0486  uroporphyrinogen III synthase HEM4  23.64 
 
 
270 aa  50.1  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0372  uroporphyrinogen III synthase HEM4  23.05 
 
 
243 aa  50.1  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0187  uroporphyrinogen-III synthase  25.82 
 
 
255 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0209  uroporphyrinogen-III synthase  25.82 
 
 
255 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1258  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.84 
 
 
508 aa  49.3  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323904  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2661  uroporphyrinogen-III synthetase  22.39 
 
 
250 aa  48.9  0.00009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0358  uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.48 
 
 
510 aa  48.5  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0061  uroporphyrinogen-III synthase  26.47 
 
 
257 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4134  uroporphyrinogen III synthase HEM4  22.76 
 
 
244 aa  47  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0736  uroporphyrinogen-III synthase  27.35 
 
 
259 aa  46.6  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.512163 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3988  uroporphyrinogen-III synthase  26.72 
 
 
246 aa  46.6  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0385  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.37 
 
 
232 aa  46.2  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.108763  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0227  uroporphyrinogen-III synthase  25 
 
 
246 aa  45.4  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0129  uroporphyrinogen-III synthetase  26.26 
 
 
258 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0090  uroporphyrinogen-III synthase  25.98 
 
 
327 aa  44.7  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0317  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.07 
 
 
243 aa  44.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0482  uroporphyrinogen III synthase HEM4  22.39 
 
 
243 aa  44.3  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0131  uroporphyrinogen-III synthase  36.67 
 
 
269 aa  44.3  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.239326 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0252  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.09 
 
 
511 aa  44.7  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0387  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.37 
 
 
232 aa  43.9  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0439  uroporphyrinogen III synthase HEM4  24.58 
 
 
239 aa  43.9  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3201  uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.78 
 
 
519 aa  43.9  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4001  uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.17 
 
 
232 aa  43.9  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.655634  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3639  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.37 
 
 
232 aa  43.5  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.23023  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2399  uroporphyrinogen-III synthase  27.34 
 
 
260 aa  43.5  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.659823  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4024  uroporphyrinogen-III synthase  26.62 
 
 
246 aa  43.5  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00563247  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4263  uroporphyrinogen-III synthase  27.2 
 
 
246 aa  43.5  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5242  uroporphyrinogen-III synthase  26.62 
 
 
246 aa  43.5  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1026  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.07 
 
 
264 aa  43.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.928762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4203  uroporphyrinogen-III synthase  26.62 
 
 
246 aa  43.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.110892  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4169  uroporphyrinogen-III synthase  27.2 
 
 
246 aa  43.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.534441 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4319  uroporphyrinogen-III synthase  26.62 
 
 
246 aa  43.1  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0995416  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03679  uroporphyrinogen-III synthetase  26.62 
 
 
246 aa  42.7  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.398858  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0177  uroporphyrinogen-III synthase  25.09 
 
 
246 aa  42.7  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.033755  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4095  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.81 
 
 
246 aa  42.7  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.56612 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03628  hypothetical protein  26.62 
 
 
246 aa  42.7  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0045  uroporphyrinogen-III synthase  27.63 
 
 
222 aa  42.7  0.008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>