176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2613 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2613  hypothetical protein  100 
 
 		 158 aa  320  5e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.846153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2854  hypothetical protein  85.44 
 
 		 157 aa  275  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2009  hypothetical protein  77.07 
 
 		 157 aa  245  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.712889  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2385  hypothetical protein  75.32 
 
 		 157 aa  238  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.300442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1473  protein of unknown function UPF0044  75.32 
 
 		 157 aa  238  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2622  protein of unknown function UPF0044  72.61 
 
 		 159 aa  231  4.0000000000000004e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596131  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2615  hypothetical protein  70.89 
 
 		 158 aa  228  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.53221  normal  0.655008 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4927  hypothetical protein  70.89 
 
 		 157 aa  228  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.24195 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0213  hypothetical protein  67.72 
 
 		 158 aa  212  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1266  hypothetical protein  65.99 
 
 		 156 aa  189  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1723  protein of unknown function UPF0044  50.92 
 
 		 166 aa  148  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2031  protein of unknown function UPF0044  50.92 
 
 		 166 aa  149  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1524  hypothetical protein  50.62 
 
 		 165 aa  145  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.91908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2172  hypothetical protein  49.4 
 
 		 166 aa  144  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2819  hypothetical protein  58.65 
 
 		 135 aa  143  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2190  hypothetical protein  46.99 
 
 		 169 aa  138  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0303198  normal  0.0370255 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4437  hypothetical protein  43.43 
 
 		 175 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1184  hypothetical protein  45.71 
 
 		 175 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.233994 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1172  hypothetical protein  45.71 
 
 		 175 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2778  CRS1/YhbY domain-contain protein  43.41 
 
 		 181 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.383882  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0775  hypothetical protein  43.72 
 
 		 184 aa  127  6e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.487091  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1613  CRS1/YhbY domain-contain protein  43.72 
 
 		 184 aa  127  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1286  hypothetical protein  43.72 
 
 		 184 aa  127  6e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.215764  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0582  hypothetical protein  43.72 
 
 		 184 aa  127  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.532131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1480  putative RNA-binding protein  43.72 
 
 		 184 aa  127  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.243093  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1510  putative RNA-binding protein  43.72 
 
 		 184 aa  127  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.745158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0569  hypothetical protein  43.72 
 
 		 184 aa  127  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.606782  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2025  hypothetical protein  43.18 
 
 		 176 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0814  hypothetical protein  43.68 
 
 		 174 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1295  hypothetical protein  43.68 
 
 		 174 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1266  hypothetical protein  43.68 
 
 		 174 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23965 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1260  hypothetical protein  40.85 
 
 		 175 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2864  protein of unknown function UPF0044  40.23 
 
 		 175 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0666776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0877  hypothetical protein  38.07 
 
 		 187 aa  117  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.932104  normal  0.0405734 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0852  protein of unknown function UPF0044  58.89 
 
 		 208 aa  116  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.221554 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1015  hypothetical protein  56.67 
 
 		 208 aa  113  8.999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0942  hypothetical protein  56.18 
 
 		 120 aa  107  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1734  protein of unknown function UPF0044  44.64 
 
 		 150 aa  101  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.971373  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0481  hypothetical protein  48.35 
 
 		 95 aa  88.6  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0235201  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1001  hypothetical protein  43.68 
 
 		 98 aa  85.1  4e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.330419  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3356  hypothetical protein  45.35 
 
 		 102 aa  84.7  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.60842  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1974  protein of unknown function UPF0044  44.44 
 
 		 106 aa  84.3  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343693  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3614  RNA-binding protein YhbY  42.42 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000635626  normal  0.233722 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3557  RNA-binding protein YhbY  42.42 
 
 		 110 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0252085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3594  RNA-binding protein YhbY  42.42 
 
 		 110 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0222253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3487  RNA-binding protein YhbY  42.42 
 
 		 110 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000291277  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3488  RNA-binding protein YhbY  42.42 
 
 		 110 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3656  RNA-binding protein YhbY  42.42 
 
 		 110 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0001228  normal  0.404761 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03045  predicted RNA-binding protein  41.41 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000412792  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0527  protein of unknown function UPF0044  41.41 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112279  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0520  RNA-binding protein YhbY  41.41 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000013717  hitchhiker  0.00377232 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1850  hypothetical protein  44.68 
 
 		 96 aa  79.3  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.597502  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02996  hypothetical protein  41.41 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000287646  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3476  RNA-binding protein YhbY  41.41 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000313113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3590  RNA-binding protein YhbY  41.41 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  6.48683e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4502  RNA-binding protein YhbY  41.41 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000031754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3372  RNA-binding protein YhbY  41.41 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.8642399999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3665  RNA-binding protein YhbY  41.41 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138412  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0590  putative RNA-binding protein  42.53 
 
 		 98 aa  78.6  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00320322  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1021  hypothetical protein  42.22 
 
 		 99 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000882281  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1195  hypothetical protein  42.22 
 
 		 99 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1017  hypothetical protein  42.22 
 
 		 99 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00654366  hitchhiker  0.00428084 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1082  hypothetical protein  42.22 
 
 		 99 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0287307  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2836  hypothetical protein  43.01 
 
 		 102 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00231858  normal  0.0108243 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1131  hypothetical protein  48.24 
 
 		 98 aa  77.8  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0952  RNA-binding protein  42.39 
 
 		 99 aa  77.8  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000959457  normal  0.423674 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3570  hypothetical protein  45.35 
 
 		 99 aa  77.4  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000605463  hitchhiker  0.000369263 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002601  RNA binding protein  40.66 
 
 		 98 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00022914  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1018  hypothetical protein  43.02 
 
 		 100 aa  77  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000228436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3398  hypothetical protein  44.19 
 
 		 99 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00127683  decreased coverage  0.0000205489 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3248  hypothetical protein  42.22 
 
 		 99 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000511442  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3426  hypothetical protein  42.22 
 
 		 99 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000346407  decreased coverage  0.0000900538 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2843  hypothetical protein  42.22 
 
 		 99 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000290881  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0799  protein of unknown function UPF0044  41.05 
 
 		 97 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000186202  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3290  hypothetical protein  42.22 
 
 		 99 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000365798  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1119  protein of unknown function UPF0044  42.22 
 
 		 99 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0127613  hitchhiker  0.0000000000583133 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0998  hypothetical protein  42.22 
 
 		 99 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000139607  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0809  hypothetical protein  39.56 
 
 		 110 aa  75.1  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  normal  0.0131963 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0564  hypothetical protein  41.05 
 
 		 97 aa  74.7  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00222762  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3069  hypothetical protein  44.19 
 
 		 99 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00393169  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0481  hypothetical protein  39.39 
 
 		 97 aa  73.9  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000159675  normal  0.788742 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0981  hypothetical protein  41.11 
 
 		 99 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000254887  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03406  hypothetical protein  38.46 
 
 		 98 aa  73.6  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2737  hypothetical protein  39.77 
 
 		 94 aa  72.4  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.438343  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2713  hypothetical protein  44 
 
 		 88 aa  72.4  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2358  protein of unknown function UPF0044  39.77 
 
 		 94 aa  72.4  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.496102  hitchhiker  0.000000000651126 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3083  hypothetical protein  39.58 
 
 		 108 aa  72.8  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0164  hypothetical protein  40.7 
 
 		 98 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000162983  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2844  hypothetical protein  44 
 
 		 88 aa  72  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3617  hypothetical protein  38.3 
 
 		 103 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3454  hypothetical protein  40.7 
 
 		 98 aa  71.2  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01665  RNA binding protein; ancient RNA-binding IF3-C fold  41.86 
 
 		 97 aa  71.2  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00348819  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3738  hypothetical protein  37.89 
 
 		 97 aa  70.9  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0371297  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3983  hypothetical protein  37.89 
 
 		 97 aa  70.9  0.000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3604  hypothetical protein  37.89 
 
 		 97 aa  70.9  0.000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000221446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4189  hypothetical protein  37.23 
 
 		 103 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.384209  normal  0.811113 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2722  RNA-binding protein  39.29 
 
 		 123 aa  70.1  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.94902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62880  hypothetical protein  35.92 
 
 		 104 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5473  hypothetical protein  35.92 
 
 		 104 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4499  conserved hypothetical protein TIGR00253  37.23 
 
 		 103 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>