167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2162 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2162  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  100 
 
 
321 aa  664    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.15406 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1023  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  85.93 
 
 
309 aa  486  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2299  CbiX protein  64.39 
 
 
283 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.66626  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0439  sirohydrochlorin cobaltochelatase  66.53 
 
 
298 aa  350  2e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.30181  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0474  sirohydrochlorin cobaltochelatase  66.53 
 
 
298 aa  350  2e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2778  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  65.48 
 
 
298 aa  341  8e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617519  normal  0.0351721 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1692  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  54.73 
 
 
303 aa  328  8e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.303188 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3738  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  52.65 
 
 
304 aa  323  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3135  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  57.62 
 
 
279 aa  323  3e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.740034 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1350  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  55.6 
 
 
274 aa  293  2e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2615  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  38.78 
 
 
275 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1550  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  38.93 
 
 
277 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000233242  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0646  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  36.04 
 
 
297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00275078  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4741  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.6 
 
 
347 aa  153  5e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12211  hypothetical protein  32.4 
 
 
359 aa  149  7e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0646  hypothetical protein  28.82 
 
 
379 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06731  hypothetical protein  28.82 
 
 
401 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07571  hypothetical protein  30.77 
 
 
349 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.746447  hitchhiker  0.00609734 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2641  hypothetical protein  29.57 
 
 
443 aa  142  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.597647  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07021  hypothetical protein  27.35 
 
 
400 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07121  hypothetical protein  27.97 
 
 
375 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1197  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.97 
 
 
365 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4496  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.85 
 
 
329 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1271  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.59 
 
 
465 aa  139  4.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0086  hypothetical protein  30.23 
 
 
337 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.639157  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0644  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.3 
 
 
472 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1812  hypothetical protein  29.97 
 
 
365 aa  137  2e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07101  hypothetical protein  30.23 
 
 
337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.129916  normal  0.330282 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.57 
 
 
330 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0314282 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6031  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.91 
 
 
288 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0843  hypothetical protein  30.1 
 
 
368 aa  135  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3840  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.57 
 
 
333 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0565  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.9 
 
 
471 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2699  uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.46 
 
 
550 aa  132  6e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.2804  hitchhiker  0.000140912 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0171  sirohydrochlorin cobaltochelatase  31.6 
 
 
416 aa  132  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.189717  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2517  uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.46 
 
 
553 aa  129  7.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.459561  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0988  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.89 
 
 
410 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4163  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.14 
 
 
357 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.108946  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1866  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.39 
 
 
410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.156211  normal  0.343639 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4473  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.39 
 
 
309 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0278734 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1378  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.69 
 
 
418 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149908  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_003296  RS03744  putative transmembrane protein  31.7 
 
 
534 aa  122  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3470  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32.23 
 
 
408 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1289  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.23 
 
 
248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2360  precorrin-8X methylmutase CbiC/CobH  30.88 
 
 
520 aa  113  4.0000000000000004e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1320  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.96 
 
 
326 aa  108  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0423235  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0799  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.8 
 
 
395 aa  108  1e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0406  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.82 
 
 
248 aa  102  8e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1588  cbiX domain protein  28.23 
 
 
251 aa  100  5e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00133885  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1550  CbiX domain-containing protein  27.13 
 
 
251 aa  99  9e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.215105  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1309  cbiX protein  25.91 
 
 
251 aa  96.7  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1310  cbiX protein  25.91 
 
 
251 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.84622  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1518  cbiX domain protein  25.91 
 
 
251 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.91734e-20 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1336  CbiX domain-containing protein  25.91 
 
 
251 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1446  CbiX domain-containing protein  25.91 
 
 
251 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.340778  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1482  cbiX domain protein  25.51 
 
 
251 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0833138  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3862  cbiX domain protein  26.32 
 
 
250 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.417558  hitchhiker  0.00000756549 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1149  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.27 
 
 
250 aa  91.7  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.427856  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2563  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.35 
 
 
304 aa  87.4  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523631  normal  0.848204 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1987  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.78 
 
 
236 aa  86.7  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1350  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  24.29 
 
 
250 aa  86.3  7e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145066  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2149  cbiX domain protein  28.71 
 
 
236 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2290  cbiX domain protein  27.67 
 
 
236 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1946  hypothetical protein  27.67 
 
 
236 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1967  hypothetical protein  27.67 
 
 
236 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.203988  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2174  cbiX domain protein  27.18 
 
 
236 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3165  cbiX domain protein  28.71 
 
 
236 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1994  CbiX domain-containing protein  27.18 
 
 
236 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2143  CbiX domain-containing protein  27.18 
 
 
236 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.458667  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0205  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.09 
 
 
247 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7366  putative transmembrane protein  24.9 
 
 
275 aa  76.6  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0247614  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2421  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.73 
 
 
258 aa  73.6  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1096  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.77 
 
 
127 aa  69.7  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1890  putative secreted protein  29.32 
 
 
255 aa  68.9  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.813593  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6698  sirohydrochlorin cobaltochelatase  27.67 
 
 
253 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.99079  normal  0.371849 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2338  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  23.58 
 
 
234 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2287  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  23.58 
 
 
234 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7383  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.84 
 
 
253 aa  67  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.882429 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2707  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.17 
 
 
127 aa  66.6  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.079743  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2348  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.91 
 
 
247 aa  65.9  0.0000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511172  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5921  hypothetical protein  28.69 
 
 
250 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.173399  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3859  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.69 
 
 
234 aa  63.9  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.72846  normal  0.0769538 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3493  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  23.58 
 
 
245 aa  62.8  0.000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1615  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.05 
 
 
248 aa  61.2  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.767556  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2923  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.2 
 
 
233 aa  61.2  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0365477  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1785  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.69 
 
 
255 aa  60.5  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0615189  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12421  hypothetical protein  28.5 
 
 
281 aa  60.5  0.00000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2247  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.94 
 
 
258 aa  60.1  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.681802  normal  0.0131126 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3476  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.23 
 
 
234 aa  59.7  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3539  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.23 
 
 
234 aa  59.7  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.226804  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3558  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.75 
 
 
250 aa  59.7  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807173  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10263  hypothetical protein  27.75 
 
 
247 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.826629  normal  0.120754 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2921  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  22.73 
 
 
237 aa  59.3  0.00000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.03619  normal  0.0371299 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3170  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  25.93 
 
 
242 aa  58.9  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.803624  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1086  sirohydrochlorin cobaltochelatase  33.08 
 
 
135 aa  58.5  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1945  hypothetical protein  34.55 
 
 
127 aa  58.2  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.982544  normal  0.0685142 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0518  sirohydrochlorin cobaltochelatase  32.61 
 
 
143 aa  58.2  0.0000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.176481  normal  0.663742 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1857  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.95 
 
 
159 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2684  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.57 
 
 
234 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.55876  normal  0.318359 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12790  hypothetical protein  26.03 
 
 
259 aa  57.4  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>