29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4490 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4490  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
744 aa  1523    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474839  normal 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_38  putative cell wall degradation protein  27.6 
 
 
814 aa  223  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.145908  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2149  peptidoglycan-binding LysM  29.23 
 
 
709 aa  117  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2629  hypothetical protein  34.59 
 
 
1101 aa  73.9  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04701  DNA repair ATPase  26.23 
 
 
975 aa  68.6  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04252  LysM domain protein  37.84 
 
 
424 aa  57.4  0.0000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1070  endolysin, putative  47.83 
 
 
491 aa  52.8  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.898366  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0704  peptidoglycan-binding LysM  48.94 
 
 
411 aa  53.5  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0508  spore coat assembly protein SafA  43.4 
 
 
203 aa  51.2  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0920  spore coat assembly protein SafA  48.94 
 
 
538 aa  51.2  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0648  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 
1225 aa  51.2  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.323072  normal  0.0929491 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1306  CHAP domain-containing protein  54.17 
 
 
372 aa  50.8  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.387302  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1331  CHAP domain-containing protein  54.17 
 
 
372 aa  50.8  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.745429  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0797  peptidoglycan-binding LysM  52.38 
 
 
579 aa  48.9  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  33.33 
 
 
338 aa  48.9  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  46.94 
 
 
341 aa  48.5  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2528  spore coat assembly protein SafA  39.66 
 
 
432 aa  47.8  0.0007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  42.86 
 
 
307 aa  47.8  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4425  cell wall hydrolase SleB  36.71 
 
 
286 aa  47.8  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2479  lysM domain-containing protein  44 
 
 
520 aa  47  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1982  LysM domain-containing protein  33.68 
 
 
184 aa  45.8  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  46 
 
 
555 aa  45.8  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0300  Allergen V5/Tpx-1 related  37.25 
 
 
205 aa  45.4  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.022059  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.43 
 
 
327 aa  45.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2148  LysM domain-containing protein  44.26 
 
 
179 aa  44.7  0.006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.321456  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0082  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 
567 aa  44.7  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  40.62 
 
 
301 aa  44.7  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1247  putative cell-wall associated endopeptidase  36.67 
 
 
257 aa  44.3  0.009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2901  glycoside hydrolase family 18  45.65 
 
 
420 aa  44.3  0.009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>