47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4302 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4302  hypothetical protein  100 
 
 
226 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3377  hypothetical protein  59.72 
 
 
237 aa  256  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41200  hypothetical protein  64.77 
 
 
236 aa  255  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.29772  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1201  hypothetical protein  57.14 
 
 
247 aa  242  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00176822  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00823  hypothetical protein  58.95 
 
 
243 aa  219  3e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00889031  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0981  hypothetical protein  54.12 
 
 
241 aa  196  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0750198 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4792  hypothetical protein  50.84 
 
 
245 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54820  hypothetical protein  50.28 
 
 
245 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000122092  hitchhiker  1.1630299999999999e-20 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1780  hypothetical protein  48.6 
 
 
238 aa  177  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2070  hypothetical protein  48.13 
 
 
241 aa  176  2e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00317264  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1896  hypothetical protein  44.74 
 
 
242 aa  174  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00275112  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1662  hypothetical protein  44.86 
 
 
225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1656  hypothetical protein  44.62 
 
 
225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2096  hypothetical protein  47.06 
 
 
226 aa  169  4e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.565676 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2143  hypothetical protein  45.56 
 
 
242 aa  167  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00274406  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2471  hypothetical protein  45.31 
 
 
241 aa  167  1e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.328033  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0312  hypothetical protein  53.9 
 
 
235 aa  167  1e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000068515 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1766  hypothetical protein  40.64 
 
 
241 aa  166  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3138  hypothetical protein  51.32 
 
 
255 aa  165  5e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1416  hypothetical protein  40.7 
 
 
222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.154846  normal  0.0419171 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1090  hypothetical protein  34.3 
 
 
414 aa  159  2e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.448834  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0983  hypothetical protein  34.3 
 
 
414 aa  159  5e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2371  hypothetical protein  42.49 
 
 
237 aa  156  2e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.034488 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06151  hypothetical protein  46.76 
 
 
212 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000344  hypothetical protein  42.42 
 
 
174 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1401  hypothetical protein  46.45 
 
 
240 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.779374 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3936  hypothetical protein  38.95 
 
 
251 aa  148  7e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.186569  normal  0.167118 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2251  hypothetical protein  38.67 
 
 
244 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000279763  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2158  hypothetical protein  31.58 
 
 
407 aa  145  4.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2132  hypothetical protein  31.58 
 
 
407 aa  145  5e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1340  hypothetical protein  38.54 
 
 
215 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.025258  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1279  hypothetical protein  38.54 
 
 
215 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.164553  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1457  hypothetical protein  31.75 
 
 
248 aa  133  3e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0681  hypothetical protein  40.11 
 
 
208 aa  122  5e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.785477  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0554  hypothetical protein  39.08 
 
 
210 aa  114  8.999999999999998e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2211  hypothetical protein  39.11 
 
 
208 aa  108  9.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000104143  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1362  hypothetical protein  40.94 
 
 
212 aa  101  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0870549  normal  0.163707 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1799  hypothetical protein  40.13 
 
 
239 aa  98.2  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4407  hypothetical protein  39.44 
 
 
202 aa  98.2  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.386078  normal  0.797798 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1647  twin-arginine translocation pathway signal  39.88 
 
 
211 aa  95.1  8e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0865  hypothetical protein  38.42 
 
 
213 aa  94.7  9e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175184  normal  0.0645858 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1827  twin-arginine translocation pathway signal  36.47 
 
 
245 aa  89.4  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.145016  normal  0.195503 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0428  twin-arginine translocation pathway signal  38.73 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.149561  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3199  hypothetical protein  27.93 
 
 
200 aa  73.6  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.705304  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3982  hypothetical protein  28.66 
 
 
230 aa  69.7  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.496896  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3600  hypothetical protein  33.09 
 
 
240 aa  61.6  0.000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1704  hypothetical protein  26.88 
 
 
217 aa  55.5  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.179942  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>