103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4067 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4067  endonuclease I  100 
 
 		 219 aa  460  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0378834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2748  endonuclease I  35.65 
 
 		 211 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5532  Endonuclease I  41.18 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0708603 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4761  Endonuclease I  34.68 
 
 		 341 aa  74.3  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0283458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3021  endonuclease I  33.56 
 
 		 553 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00455766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1682  Endonuclease I  36.81 
 
 		 267 aa  72.8  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497989 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001088  endonuclease I  28.76 
 
 		 538 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1033  endonuclease I  34.29 
 
 		 1503 aa  69.7  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.8795  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2364  endonuclease I  27.27 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170845  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1309  deoxyribonuclease I  35.62 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.122078  normal  0.128017 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3396  endonuclease I  32.14 
 
 		 539 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2148  deoxyribonuclease I  27.73 
 
 		 233 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000000104352  normal  0.178715 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1458  Deoxyribonuclease I  33.57 
 
 		 249 aa  68.6  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.118773  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1877  Endonuclease I  31.65 
 
 		 388 aa  68.2  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2065  deoxyribonuclease I  36.22 
 
 		 243 aa  67  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.014094  normal  0.0314213 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2835  deoxyribonuclease I  35.62 
 
 		 229 aa  67  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.667244 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04827  ribonuclease  28.76 
 
 		 539 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3242  deoxyribonuclease I  26.05 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.187326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2569  deoxyribonuclease I  25.75 
 
 		 321 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0107726  normal  0.160045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3757  deoxyribonuclease I  32.54 
 
 		 323 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.163237  normal  0.488138 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2451  deoxyribonuclease I  25.63 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2580  deoxyribonuclease I  26.21 
 
 		 256 aa  65.5  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.316828 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0022  extracellular deoxyribonuclease  29.37 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0576  deoxyribonuclease I  30.71 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000105466  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3521  deoxyribonuclease I  26.05 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643247  normal  0.271071 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2383  deoxyribonuclease I  26.92 
 
 		 321 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.178356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3709  Deoxyribonuclease I  30.71 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000796266  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002464  endonuclease I precursor  29.02 
 
 		 231 aa  63.9  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5127  Endonuclease I  33.8 
 
 		 378 aa  63.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.745225 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3375  deoxyribonuclease I  26.92 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.205307 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1915  deoxyribonuclease I  27.97 
 
 		 229 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.468697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0504  Deoxyribonuclease I  24.89 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000136601  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3907  Deoxyribonuclease I  30.71 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4133  deoxyribonuclease I  27.23 
 
 		 251 aa  62  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0867821 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02310  Deoxyribonuclease I  32.06 
 
 		 268 aa  62  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2973  deoxyribonuclease I  33.09 
 
 		 269 aa  61.6  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.576725  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26920  endonuclease I  33.81 
 
 		 256 aa  61.6  0.000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2634  extracellular ribonuclease/nuclease fusion protein  31.16 
 
 		 1310 aa  61.2  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03571  endonuclease I  29.46 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0601  deoxyribonuclease I  26.34 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0842  deoxyribonuclease I  25.1 
 
 		 258 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000267909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4577  deoxyribonuclease I  29.22 
 
 		 243 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  3.5492500000000006e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0550  endonuclease I precursor  30.47 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4257  endonuclease I  32.58 
 
 		 558 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1948  endonuclease I  29.25 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0097  endonuclease I  32.58 
 
 		 558 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01224  extracellular ribonuclease/nuclease fusion protein  37.08 
 
 		 1346 aa  60.8  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4415  deoxyribonuclease I  29.68 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  8.69182e-28  decreased coverage  0.000909905 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4599  deoxyribonuclease I  29.68 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.26401e-21  normal  0.918023 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0833  endonuclease I  29.79 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6326  Endonuclease I  27.38 
 
 		 442 aa  58.9  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0544  deoxyribonuclease I  27.13 
 
 		 254 aa  58.9  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.135905  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3349  deoxyribonuclease I  29.29 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000315843  decreased coverage  0.00212113 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3289  endonuclease I  30 
 
 		 542 aa  58.2  0.00000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000363328  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4723  endonuclease I  34.07 
 
 		 614 aa  58.2  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3971  deoxyribonuclease I  26.98 
 
 		 251 aa  58.2  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28570  DNA-specific endonuclease I  31.75 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000174219 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3223  deoxyribonuclease I  30.47 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3160  deoxyribonuclease I  26.77 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000648022  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2493  DNA-specific endonuclease I  31.75 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3628  Endonuclease I  35.96 
 
 		 596 aa  57.8  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1896  Endonuclease I  27.72 
 
 		 272 aa  57.8  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0691  deoxyribonuclease I  23.58 
 
 		 257 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000438774  normal  0.686603 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3331  deoxyribonuclease I  24.6 
 
 		 257 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.801712 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3443  endonuclease I  24.6 
 
 		 257 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000111641  hitchhiker  0.00909149 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0547  Deoxyribonuclease I  26.18 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000480912  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02775  DNA-specific endonuclease I  27.14 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.153052  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4374  deoxyribonuclease I  25.76 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000699204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4721  endonuclease I  34.07 
 
 		 617 aa  56.2  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0810  deoxyribonuclease I  28.57 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000171872  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0839  endonuclease I  31.5 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3103  endonuclease I  27.14 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3288  endonuclease I  27.14 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.961762  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3345  endonuclease I  31.5 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0841  deoxyribonuclease I  31.5 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.0000000000239428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3377  endonuclease I  27.14 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02738  hypothetical protein  27.14 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.252778  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06200  YurI  37.97 
 
 		 657 aa  56.2  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0624  deoxyribonuclease I  25.76 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00856225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0769  deoxyribonuclease I  27.14 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000516595  unclonable  0.0000000197257 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3340  endonuclease I  28.57 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00611255  normal  0.202483 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3332  endonuclease I  28.57 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172543  normal  0.387366 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3436  endonuclease I  28.57 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00127424  hitchhiker  0.00168464 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0835  Deoxyribonuclease I  28.57 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000225063  hitchhiker  0.0000104704 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3525  deoxyribonuclease I  28.57 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000100295  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3087  endonuclease I  27.14 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00686191  hitchhiker  0.0000298257 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3124  ribonuclease  38.46 
 
 		 275 aa  55.1  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0290634  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3370  ribonuclease  38.46 
 
 		 275 aa  55.1  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3049  endonuclease I  38.46 
 
 		 275 aa  55.1  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00672798  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3267  endonuclease I  27.86 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0010351  normal  0.0484419 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3256  endonuclease I  27.86 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000148246  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48915  predicted protein  27.46 
 
 		 516 aa  55.1  0.0000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3323  ribonuclease  38.46 
 
 		 275 aa  55.1  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.934207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0750  Deoxyribonuclease I  26.43 
 
 		 235 aa  55.1  0.0000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00967955  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1350  deoxyribonuclease I  26.41 
 
 		 232 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4248  endonuclease I  27.14 
 
 		 235 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.260828 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1907  ribonuclease  37.36 
 
 		 275 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4024  deoxyribonuclease I  30.51 
 
 		 231 aa  53.1  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000163525  decreased coverage  0.000370071 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10308  putative secreted ribonuclease  25.71 
 
 		 365 aa  50.4  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.659111  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40130  deoxyribonuclease I  28.79 
 
 		 231 aa  50.1  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0550387  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>