126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3973 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3973  phage terminase  100 
 
 
568 aa  1174    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.230918 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0870  phage terminase  36.88 
 
 
556 aa  368  1e-100  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7140  terminase  37.05 
 
 
564 aa  335  9e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516304 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0464  phage terminase, large subunit  35.68 
 
 
581 aa  326  8.000000000000001e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.281704 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4250  Terminase  33.94 
 
 
557 aa  315  1.9999999999999998e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1658  Terminase  33.99 
 
 
565 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1186  putative phage terminase, large subunit  35.74 
 
 
585 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.619537  hitchhiker  0.0000000060413 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7332  Terminase  36.7 
 
 
581 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.959431  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2602  phage terminase  34.76 
 
 
573 aa  312  7.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.015208 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1699  Terminase  32.44 
 
 
590 aa  306  9.000000000000001e-82  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2275  Terminase  32.44 
 
 
590 aa  306  9.000000000000001e-82  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1315  Terminase  32.44 
 
 
590 aa  306  9.000000000000001e-82  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2271  putative phage terminase, large subunit  34.51 
 
 
577 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.441488  hitchhiker  0.000000000000278373 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1679  phage terminase, large subunit, putative  34.65 
 
 
574 aa  299  8e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606248  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1289  terminase  35.36 
 
 
521 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283283  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4385  putative phage terminase, large subunit  34.34 
 
 
565 aa  296  6e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2267  putative phage terminase, large subunit  34.51 
 
 
577 aa  296  7e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0632699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1335  terminase  34.53 
 
 
569 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.21157 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1563  phage terminase, large subunit, putative  34.35 
 
 
561 aa  290  7e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.446284  hitchhiker  0.000374969 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08190  phage terminase-like protein, large subunit  32.9 
 
 
546 aa  280  5e-74  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.038355  hitchhiker  0.000322264 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1650  hypothetical protein  31.39 
 
 
552 aa  269  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1251  phage terminase  33.33 
 
 
535 aa  262  1e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2596  Terminase  31.56 
 
 
581 aa  260  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.737156  normal  0.0814833 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3397  terminase  33.04 
 
 
581 aa  257  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105114  hitchhiker  0.000000152047 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0397  phage terminase, large subunit, putative  32.76 
 
 
534 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2967  phage terminase large subunit  31.76 
 
 
581 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0957  putative phage terminase, large subunit  31.52 
 
 
553 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1088  terminase, large subunit, putative  33.33 
 
 
535 aa  255  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2837  Terminase  32.56 
 
 
534 aa  254  4.0000000000000004e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0645  phage terminase  33.28 
 
 
583 aa  250  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709389  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4462  putative phage terminase, large subunit  32.22 
 
 
558 aa  249  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000365476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1631  terminase  32.49 
 
 
586 aa  246  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2621  putative phage terminase, large subunit  29.73 
 
 
564 aa  244  3e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0247304  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1059  phage terminase  31.91 
 
 
563 aa  243  7e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1079  phage terminase  31.91 
 
 
563 aa  243  7e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3510  prophage LambdaBa01, terminase, large subunit  33.91 
 
 
562 aa  242  2e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3787  prophage lambdaba01, terminase, large subunit  33.91 
 
 
562 aa  242  2e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.26855  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0623  Terminase  30.63 
 
 
566 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3431  terminase  32.65 
 
 
562 aa  239  1e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.511695  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1471  phage terminase, large subunit, putative  30.69 
 
 
541 aa  236  6e-61  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0443  prophage LambdaBa04, terminase, large subunit  33.01 
 
 
562 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0465  prophage lambdaba04, terminase, large subunit  33.01 
 
 
562 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4094  prophage LambdaBa02, terminase, large subunit  30.56 
 
 
562 aa  233  7.000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0654332  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2237  putative prophage LambdaBa02, terminase, large subunit  30.37 
 
 
591 aa  233  7.000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0731538  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3806  prophage LambdaBa02, terminase, large subunit  30.56 
 
 
590 aa  233  8.000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0560358  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0015  putative phage terminase, large subunit  30.63 
 
 
581 aa  229  7e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1455  Terminase  28.93 
 
 
572 aa  226  9e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1587  putative phage terminase, large subunit  30.18 
 
 
579 aa  223  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0773483  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5505  Terminase  28.65 
 
 
574 aa  222  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010183  BcerKBAB4_5836  prophage LambdaBa01, terminase, large subunit, putative  31.64 
 
 
561 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0867  phage terminase, large subunit, putative  28.93 
 
 
543 aa  222  1.9999999999999999e-56  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000215214  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0563  Terminase  29.89 
 
 
584 aa  221  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.126065  hitchhiker  0.00000000000223198 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1722  phage terminase  32.54 
 
 
849 aa  216  9e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.879362  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1545  phage terminase  29.48 
 
 
588 aa  214  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.512611  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2596  phage terminase  30.2 
 
 
565 aa  211  2e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3881  phage terminase, large subunit, putative  29.67 
 
 
602 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00551839 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2497  Terminase  31.33 
 
 
455 aa  204  5e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0224039  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2480  phage terminase  27.88 
 
 
545 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2503  Terminase  28.4 
 
 
602 aa  202  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.052257  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2471  Terminase  28.7 
 
 
550 aa  196  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4005  putative phage terminase, large subunit  28.87 
 
 
571 aa  196  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0872  Phage terminase-like protein  27.86 
 
 
530 aa  184  4.0000000000000006e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0866597  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1616  phage terminase  28.39 
 
 
563 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.332385  normal  0.451204 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2689  Terminase  28.52 
 
 
629 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1967  Phage terminase protein  27.72 
 
 
604 aa  172  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1472  phage terminase  27.03 
 
 
537 aa  167  5e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.528761  normal  0.245307 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1616  phage terminase  26.83 
 
 
537 aa  166  9e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.869159  normal  0.498871 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1302  Terminase  27.13 
 
 
556 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4281  Terminase  27.18 
 
 
606 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0670  phage terminase  23.65 
 
 
569 aa  161  3e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2614  Terminase  26.67 
 
 
606 aa  159  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2352  putative terminase large subunit / phage terminase  26.96 
 
 
510 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.769747  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3264  Terminase  27.5 
 
 
546 aa  158  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.727886  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1671  phage terminase  25.93 
 
 
593 aa  158  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2020  phage terminase  26.16 
 
 
542 aa  155  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0333  phage terminase  25.29 
 
 
542 aa  155  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1994  Terminase  26.94 
 
 
611 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.447036  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1370  phage terminase  26.45 
 
 
535 aa  147  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1885  phage terminase  26.71 
 
 
561 aa  146  8.000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.421412  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0287  phage terminase  25.3 
 
 
535 aa  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3989  Terminase  24.25 
 
 
540 aa  143  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3429  terminase large subunit, N-terminal region  48.73 
 
 
215 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2063  phage terminase large subunit  51.47 
 
 
163 aa  141  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00150685 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1642  phage terminase, large subunit, putative  25.83 
 
 
529 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.458906  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1726  phage terminase  25.05 
 
 
540 aa  139  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.18547  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5155  phage terminase, large subunit  26.08 
 
 
498 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6182  phage terminase-like protein large subunit  22.16 
 
 
580 aa  128  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0535933  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1855  prophage LambdaSa2, terminase large subunit, putative  23.99 
 
 
570 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.526141  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0584  putative phage terminase, large subunit  24.55 
 
 
534 aa  117  5e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2960  Terminase  24.81 
 
 
555 aa  116  8.999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1337  phage terminase  24.15 
 
 
491 aa  114  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1376  putative phage terminase, large subunit  24.49 
 
 
555 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0389174 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2023  phage terminase  22.87 
 
 
553 aa  110  5e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2059  phage terminase  22.87 
 
 
553 aa  110  5e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2998  putative terminase large subunit  24.64 
 
 
528 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353099  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2607  phage terminase  24.9 
 
 
558 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3592  terminase  23.89 
 
 
555 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.156762  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0658  putative phage terminase, large subunit  24.44 
 
 
555 aa  109  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3427  terminase large subunit, C-terminal region  26.32 
 
 
356 aa  100  9e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1768  phage terminase  23.38 
 
 
503 aa  99.4  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>