20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3951 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3951  hypothetical protein  100 
 
 
148 aa  295  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4096  hypothetical protein  75 
 
 
149 aa  216  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3360  hypothetical protein  74.32 
 
 
149 aa  213  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1583  structural protein P5, putative  71.92 
 
 
158 aa  207  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3921  hypothetical protein  70.27 
 
 
145 aa  207  5e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.886022  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1356  hypothetical protein  70.27 
 
 
145 aa  204  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.222936  normal  0.255743 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1787  structural protein P5, putative  48.63 
 
 
138 aa  124  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.122678  normal  0.856291 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1633  hypothetical protein  47.95 
 
 
138 aa  121  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2940  prophage MuMc02, structural protein P5  47.02 
 
 
141 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.98006  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1462  hypothetical protein  46.31 
 
 
142 aa  118  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.214216  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2357  hypothetical protein  46.21 
 
 
140 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187401  unclonable  0.0000000174557 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2757  hypothetical protein  46.31 
 
 
142 aa  117  6e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.434838 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1664  hypothetical protein  49.66 
 
 
135 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2251  putative bacteriophage protein  43.7 
 
 
632 aa  97.1  8e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.194977 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3119  hypothetical protein  36.62 
 
 
648 aa  81.3  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2202  hypothetical protein  36.99 
 
 
207 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0262907  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4009  hypothetical protein  36.84 
 
 
548 aa  72  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1043  hypothetical protein  32.23 
 
 
606 aa  57.4  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.8716 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1113  hypothetical protein  29.85 
 
 
684 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143488  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0573  TP901 family phage tail tape measure protein  33.11 
 
 
1543 aa  50.8  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>