57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3936 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3936  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 		 420 aa  829    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6102  hypothetical protein  46.63 
 
 		 425 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.723216  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70310  hypothetical protein  46.13 
 
 		 402 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2495  alanine racemase-like  43.86 
 
 		 427 aa  311  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.453866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0093  alanine racemase domain-containing protein  42.72 
 
 		 434 aa  292  8e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5224  hypothetical protein  38.87 
 
 		 388 aa  247  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13130  predicted amino acid aldolase or racemase  28.57 
 
 		 403 aa  87  5e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.709051  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0956  alanine racemase domain-containing protein  29.46 
 
 		 391 aa  86.7  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0569  hypothetical protein  22.55 
 
 		 390 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.913627  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0593  hypothetical protein  23.93 
 
 		 390 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0743387  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0746  hypothetical protein  24.81 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111021  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4627  hypothetical protein  26.21 
 
 		 390 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.155569  hitchhiker  0.000000000168185 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3855  alanine racemase domain protein  27.96 
 
 		 397 aa  74.3  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.842068  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0806  hypothetical protein  23.06 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0948809  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2357  hypothetical protein  27.72 
 
 		 401 aa  72.8  0.000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0734  hypothetical protein  24.04 
 
 		 390 aa  73.2  0.000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.02207e-31 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0679  hypothetical protein  23.79 
 
 		 390 aa  72  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.155622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0589  hypothetical protein  23.79 
 
 		 390 aa  72  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0190436  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0645  hypothetical protein  23.79 
 
 		 390 aa  72  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0590  hypothetical protein  23.53 
 
 		 390 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0709  hypothetical protein  26.21 
 
 		 390 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0410  alanine racemase domain protein  26.82 
 
 		 415 aa  66.6  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.844153 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4702  alanine racemase domain protein  26.23 
 
 		 444 aa  67  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.76254  normal  0.570586 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2456  hypothetical protein  26.85 
 
 		 411 aa  66.6  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.146397  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1751  amino acid aldolase or racemase-like protein  28.1 
 
 		 397 aa  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.606556  normal  0.292148 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00520  predicted amino acid aldolase or racemase  25.93 
 
 		 393 aa  65.1  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5489  alanine racemase domain protein  23.72 
 
 		 407 aa  64.7  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.525884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0031  alanine racemase domain protein  26.4 
 
 		 395 aa  61.6  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11797  hypothetical protein  27.78 
 
 		 411 aa  61.2  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000169265  hitchhiker  0.000017581 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0670  alanine racemase domain protein  26.06 
 
 		 411 aa  61.2  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000868268 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1282  alanine racemase domain protein  25.33 
 
 		 419 aa  61.2  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3007  amino acid aldolase or racemase-like  25 
 
 		 408 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.176851 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1083  amino acid aldolase or racemase-like protein  22.41 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.225982 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4405  hypothetical protein  26.18 
 
 		 402 aa  55.5  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.443829  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2914  alanine racemase domain protein  28 
 
 		 374 aa  51.6  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  22.44 
 
 		 387 aa  51.6  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  21.65 
 
 		 384 aa  51.2  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2590  hypothetical protein  23.5 
 
 		 376 aa  51.2  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  21.65 
 
 		 383 aa  50.8  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2444  hypothetical protein  22.58 
 
 		 376 aa  50.4  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1898  alanine racemase domain protein  27.54 
 
 		 407 aa  48.9  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.107111  decreased coverage  0.00000153427 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  29.17 
 
 		 386 aa  48.5  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2737  alanine racemase  30.88 
 
 		 382 aa  48.9  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.115785  hitchhiker  0.00850953 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2954  alanine racemase domain protein  26.85 
 
 		 400 aa  48.5  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2554  alanine racemase  24.21 
 
 		 365 aa  48.5  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1635  alanine racemase region  26.04 
 
 		 366 aa  48.9  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31760  predicted amino acid aldolase or racemase  26.6 
 
 		 402 aa  47.8  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.316259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6070  amino acid aldolase or racemase-like  25.68 
 
 		 426 aa  47.8  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2416  alanine racemase  25.11 
 
 		 399 aa  47  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000187252  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  25.51 
 
 		 392 aa  47  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2011  alanine racemase  32.52 
 
 		 368 aa  45.8  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.146422  normal  0.0449726 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4060  putative D-serine deaminase (d- serine dehydratase) protein  24.59 
 
 		 425 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166728  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0639  putative D-serine deaminase (d-serine dehydratase) protein  24.59 
 
 		 425 aa  45.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.209216 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0845  alanine racemase domain-containing protein  23.46 
 
 		 403 aa  45.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0557  amino acid aldolase or racemase-like protein  24.37 
 
 		 426 aa  45.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0203  alanine racemase  35.9 
 
 		 365 aa  43.5  0.007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0255  alanine racemase  30.77 
 
 		 375 aa  43.5  0.008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000231066  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>