185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3868 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3868  TonB family protein  100 
 
 
227 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1150  tonB2 protein  32.71 
 
 
206 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.595511  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72970  TonB protein  41.59 
 
 
342 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.953349  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6333  TonB protein  44.25 
 
 
305 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.981899  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2986  TonB family protein  32.31 
 
 
204 aa  94.7  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.328592  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0610  TonB-like protein  30 
 
 
217 aa  92  7e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00121909  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06756  hypothetical protein  29.44 
 
 
206 aa  86.3  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0115  TonB protein  32.09 
 
 
206 aa  86.7  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3752  putative TonB protein  29.19 
 
 
203 aa  85.5  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0245  TonB family protein  37.72 
 
 
203 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1575  TonB family protein  32.39 
 
 
206 aa  81.6  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00700508  normal  0.018049 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03431  putative TonB2 protein  28.76 
 
 
202 aa  80.5  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2474  TonB family protein  31.25 
 
 
205 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.945787  hitchhiker  0.0000507957 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3539  TonB family protein  27.88 
 
 
219 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000844  ferric siderophore transport system binding protein TonB  36.44 
 
 
206 aa  79.7  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4564  TonB2 protein, putative  44.16 
 
 
203 aa  79  0.00000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2648  TonB family protein  35.24 
 
 
206 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0343675  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3075  TonB family protein  32.46 
 
 
206 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000181204 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0901  TonB3 protein  27.31 
 
 
207 aa  77.8  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.686601  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0186  TonB family protein  29.28 
 
 
203 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02810  TonB2 protein  42.86 
 
 
131 aa  77  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2421  TonB-like protein  28.44 
 
 
207 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00537232  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4148  TonB family protein  38.3 
 
 
203 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3957  TonB family protein  38.3 
 
 
203 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3759  TonB family protein  42.31 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3832  TonB family protein  42.31 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3457  TonB2 protein, putative  36.08 
 
 
202 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1828  TonB2 protein  25.94 
 
 
207 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2055  transport protein TonB  43.37 
 
 
256 aa  75.1  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2185  transport protein TonB  36.89 
 
 
249 aa  75.1  0.0000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.150473  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2147  transport protein TonB  43.37 
 
 
252 aa  75.1  0.0000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.380081  normal  0.047468 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1619  TonB-like protein  50 
 
 
260 aa  75.1  0.0000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.338582  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1946  transport protein TonB  43.37 
 
 
256 aa  75.1  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.940635  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3972  putative TonB protein  27.11 
 
 
223 aa  73.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1521  TonB family protein  30.63 
 
 
206 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0439  TonB domain-containing protein  34.39 
 
 
215 aa  72.4  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.31739  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1258  TonB-like protein  34.51 
 
 
206 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.973667  hitchhiker  0.0001567 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2295  transport protein TonB  34.82 
 
 
251 aa  72.4  0.000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1666  TonB family protein  30.63 
 
 
206 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.13034 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2714  TonB family protein  30.63 
 
 
206 aa  72  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0362691  decreased coverage  0.0000000109888 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3146  TonB family protein  43.04 
 
 
223 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00104452  normal  0.89985 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2622  TonB family protein  29.46 
 
 
206 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.083203  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1995  transport protein TonB  34.82 
 
 
252 aa  70.9  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1644  TonB family protein  29.73 
 
 
206 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.219382  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1629  TonB family protein  29.73 
 
 
206 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.589143  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2622  TonB family protein  29.73 
 
 
207 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.052579  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2460  TonB family protein  28.83 
 
 
207 aa  68.2  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.43169  hitchhiker  0.0000000910497 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2530  TonB family protein  28.83 
 
 
207 aa  68.2  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0930867  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1064  TonB family protein  33.02 
 
 
202 aa  67.8  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1657  TonB family protein  33.55 
 
 
237 aa  67.8  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.107478  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2219  TonB family protein  54.24 
 
 
115 aa  68.2  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0449939 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0905  TonB-like protein  29.94 
 
 
203 aa  67  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1944  transport protein TonB  39.29 
 
 
238 aa  66.6  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2614  TonB-like periplasmic protein  41.46 
 
 
209 aa  66.6  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.496859  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3705  tonB protein  40 
 
 
277 aa  66.2  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.252589  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  40.3 
 
 
417 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  34.21 
 
 
404 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  42.31 
 
 
397 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1735  TonB family protein  30 
 
 
228 aa  63.2  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.298977  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0845  TonB domain-containing protein  26.84 
 
 
259 aa  63.2  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.286568  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1421  transport protein TonB  38.46 
 
 
239 aa  62  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.117229  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2946  TonB-like protein  37.18 
 
 
242 aa  62  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1591  transport protein TonB  39.76 
 
 
242 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.796983 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1409  transport protein TonB  39.76 
 
 
242 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.382523  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1927  transport protein TonB  39.76 
 
 
240 aa  61.6  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664696 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1870  transport protein TonB  39.76 
 
 
242 aa  61.6  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.875088 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01226  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  42.65 
 
 
239 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2396  TonB family protein  42.65 
 
 
244 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.010558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1880  transport protein TonB  42.65 
 
 
243 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000508248 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0571  TonB family protein  35.23 
 
 
370 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.480586 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01236  hypothetical protein  42.65 
 
 
239 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2375  transport protein TonB  42.65 
 
 
244 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.131569  hitchhiker  0.00000150062 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1361  transport protein TonB  42.65 
 
 
239 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000400843  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1864  transport protein TonB  39.76 
 
 
240 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.680203  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2682  transport protein TonB  42.47 
 
 
248 aa  60.5  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.258362  hitchhiker  0.00112593 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1410  transport protein TonB  42.65 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.981029  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1739  transport protein TonB  41.67 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000184106  hitchhiker  0.00504823 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0632  TonB family protein  35.16 
 
 
370 aa  60.5  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0547  TonB family protein  38.67 
 
 
369 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3763  TonB family protein  39.19 
 
 
373 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0576  TonB family protein  34.09 
 
 
370 aa  59.7  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0575  TonB family protein  35.06 
 
 
270 aa  59.3  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1093  TonB family protein  33.33 
 
 
134 aa  58.9  0.00000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4762  TonB domain-containing protein  38.37 
 
 
367 aa  58.9  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0873  TonB family protein  39.29 
 
 
205 aa  58.9  0.00000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0148  TonB-like protein  32.77 
 
 
244 aa  58.5  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000978892  hitchhiker  0.00708657 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3288  TonB family protein  38.46 
 
 
194 aa  58.5  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.634309  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001860  ferric siderophore transport system binding protein TonB  30.66 
 
 
210 aa  58.5  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  35.29 
 
 
405 aa  58.2  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4043  TonB domain-containing protein  36 
 
 
369 aa  57.8  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2615  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like  26.72 
 
 
467 aa  57.8  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0810  TonB-like protein  37.5 
 
 
614 aa  57.8  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904031  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0356  periplasmic protein TonB  31.11 
 
 
199 aa  57.4  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0245094  normal  0.451591 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2863  TonB family protein  41.79 
 
 
390 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2444  TonB domain-containing protein  35.23 
 
 
361 aa  56.6  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0960107  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1499  TonB protein  42.11 
 
 
371 aa  55.5  0.0000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2922  TonB family protein  39.68 
 
 
458 aa  55.5  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.947626 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3868  TonB family protein  49.12 
 
 
334 aa  55.5  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.983758  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3561  TonB family protein  32.91 
 
 
308 aa  55.5  0.0000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3342  antirepressor regulating drug resistance protein  30.86 
 
 
403 aa  55.5  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>