More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3786 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00611  leucyl-tRNA synthetase  58.46 
 
 
860 aa  1050    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.197817  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2984  leucyl-tRNA synthetase  58.46 
 
 
860 aa  1050    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00147705  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0194  leucyl-tRNA synthetase  41.45 
 
 
813 aa  702    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.159225  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2209  leucyl-tRNA synthetase  48.97 
 
 
824 aa  850    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4794  leucyl-tRNA synthetase  83.33 
 
 
868 aa  1528    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.232287 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2339  leucyl-tRNA synthetase  42.05 
 
 
858 aa  685    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000153257  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1318  leucyl-tRNA synthetase  41.95 
 
 
804 aa  707    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1453  leucyl-tRNA synthetase  63.88 
 
 
887 aa  1154    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.721273  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0060  leucyl-tRNA synthetase  45.08 
 
 
838 aa  749    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2744  leucyl-tRNA synthetase  61.31 
 
 
877 aa  1076    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.775327 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4882  leucyl-tRNA synthetase  43.81 
 
 
802 aa  716    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1722  leucyl-tRNA synthetase  59.68 
 
 
863 aa  1079    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1234  leucyl-tRNA synthetase  44.89 
 
 
809 aa  715    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2057  leucyl-tRNA synthetase  42.31 
 
 
833 aa  654    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00764641  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1807  leucyl-tRNA synthetase  48.76 
 
 
877 aa  842    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.807702  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1174  leucyl-tRNA synthetase  57.52 
 
 
859 aa  1056    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4812  leucyl-tRNA synthetase  81.15 
 
 
868 aa  1479    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4637  leucyl-tRNA synthetase  43.81 
 
 
802 aa  716    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.802633  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4472  leucyl-tRNA synthetase  43.92 
 
 
802 aa  718    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.947334  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4490  leucyl-tRNA synthetase  43.81 
 
 
802 aa  716    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2453  leucyl-tRNA synthetase  61.94 
 
 
864 aa  1119    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.484774  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1302  leucyl-tRNA synthetase  54.33 
 
 
823 aa  961    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1301  leucyl-tRNA synthetase  54.21 
 
 
823 aa  961    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4352  leucyl-tRNA synthetase  81.03 
 
 
868 aa  1474    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.964178  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0576  leucyl-tRNA synthetase  56.68 
 
 
921 aa  1022    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.931447  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0544  leucyl-tRNA synthetase  64.58 
 
 
876 aa  1159    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.697697  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2156  leucyl-tRNA synthetase  42.37 
 
 
830 aa  695    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0321  leucyl-tRNA synthetase  43.58 
 
 
862 aa  755    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.955307  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2834  leucyl-tRNA synthetase  60.05 
 
 
873 aa  1083    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0282  leucyl-tRNA synthetase  42.42 
 
 
829 aa  699    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2445  leucyl-tRNA synthetase  65.82 
 
 
857 aa  1186    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00377193  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0091  leucyl-tRNA synthetase  48.03 
 
 
883 aa  838    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.124322 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4936  leucyl-tRNA synthetase  48.93 
 
 
872 aa  855    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.130078 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3451  leucyl-tRNA synthetase  62.17 
 
 
913 aa  1124    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2665  leucyl-tRNA synthetase  57.76 
 
 
819 aa  1050    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.364748  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4957  leucyl-tRNA synthetase  83.45 
 
 
868 aa  1513    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0840  leucyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 
847 aa  785    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1413  leucyl-tRNA synthetase  50.52 
 
 
851 aa  880    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000816015  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3740  leucyl-tRNA synthetase  60.69 
 
 
864 aa  1076    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0946299 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1106  leucyl-tRNA synthetase  49.38 
 
 
884 aa  816    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.629487  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1380  leucyl-tRNA synthetase  51.14 
 
 
875 aa  822    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.922349  normal  0.216701 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2300  leucyl-tRNA synthetase  49.37 
 
 
824 aa  862    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.284228  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2439  leucyl-tRNA synthetase  48.98 
 
 
829 aa  852    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0479  leucyl-tRNA synthetase  60.85 
 
 
877 aa  1100    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4991  leucyl-tRNA synthetase  43.81 
 
 
802 aa  716    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1572  leucyl-tRNA synthetase  44.01 
 
 
822 aa  709    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.940806  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0911  leucyl-tRNA synthetase  44.28 
 
 
856 aa  754    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168509  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1920  leucyl-tRNA synthetase  49.66 
 
 
865 aa  833    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0511  leucyl-tRNA synthetase  61.84 
 
 
866 aa  1130    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.711035  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3631  leucyl-tRNA synthetase  48.11 
 
 
862 aa  835    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0568  leucyl-tRNA synthetase  46.81 
 
 
829 aa  816    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1211  leucyl-tRNA synthetase  61.1 
 
 
882 aa  1106    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2727  leucyl-tRNA synthetase  44.19 
 
 
858 aa  723    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.354364  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0385  leucyl-tRNA synthetase  48.46 
 
 
874 aa  824    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.039423  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3215  leucyl-tRNA synthetase  50.17 
 
 
848 aa  845    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0506  leucyl-tRNA synthetase  40.74 
 
 
851 aa  689    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00566899  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0794  leucyl-tRNA synthetase  42 
 
 
829 aa  689    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0411  leucyl-tRNA synthetase  45.37 
 
 
863 aa  759    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0758  leucyl-tRNA synthetase  56.26 
 
 
892 aa  1007    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3308  leucyl-tRNA synthetase  58.03 
 
 
819 aa  1004    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0417159 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0284  leucyl-tRNA synthetase  48.65 
 
 
882 aa  843    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.366179  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2155  leucyl-tRNA synthetase  61.41 
 
 
817 aa  1076    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4605  leucyl-tRNA synthetase  56.81 
 
 
886 aa  988    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.864694  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0576  leucyl-tRNA synthetase  60.8 
 
 
863 aa  1107    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0797  leucyl-tRNA synthetase  57.58 
 
 
872 aa  1043    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.749816  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0436  leucyl-tRNA synthetase  48.24 
 
 
878 aa  829    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2344  leucyl-tRNA synthetase  62.23 
 
 
856 aa  1088    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.633045  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0098  leucyl-tRNA synthetase  50 
 
 
878 aa  859    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0566  leucyl-tRNA synthetase  56.74 
 
 
934 aa  1026    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.632616  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2973  leucyl-tRNA synthetase  60.95 
 
 
873 aa  1101    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0232  leucyl-tRNA synthetase  50.23 
 
 
861 aa  922    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1328  leucyl-tRNA synthetase  45.25 
 
 
856 aa  770    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0567  leucyl-tRNA synthetase  44.68 
 
 
819 aa  712    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0791746  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0045  leucyl-tRNA synthetase  46.79 
 
 
857 aa  777    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.269909 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3020  leucyl-tRNA synthetase  47.97 
 
 
849 aa  765    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.336439  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0171  leucyl-tRNA synthetase  61.37 
 
 
864 aa  1093    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678775  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3202  leucyl-tRNA synthetase  42.37 
 
 
817 aa  687    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1566  leucyl-tRNA synthetase  59.34 
 
 
870 aa  1099    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408978  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3209  leucyl-tRNA synthetase  49.49 
 
 
871 aa  850    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0657  leucyl-tRNA synthetase  42.14 
 
 
816 aa  678    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0645  leucyl-tRNA synthetase  42.94 
 
 
816 aa  696    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1557  leucyl-tRNA synthetase  55.73 
 
 
860 aa  1007    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1704  leucyl-tRNA synthetase  49.14 
 
 
929 aa  712    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0997  leucyl-tRNA synthetase  57.41 
 
 
859 aa  1054    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.248445  normal  0.169991 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1062  leucyl-tRNA synthetase  57.63 
 
 
859 aa  1058    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0109864 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0400  leucyl-tRNA synthetase  62.5 
 
 
864 aa  1121    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.8894  normal  0.692139 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0705  leucyl-tRNA synthetase  57.81 
 
 
872 aa  1048    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.173652  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1599  leucyl-tRNA synthetase  46.97 
 
 
824 aa  828    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000190725  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2957  leucyl-tRNA synthetase  49.09 
 
 
865 aa  834    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0549  leucyl-tRNA synthetase  61.12 
 
 
864 aa  1087    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.924908  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12230  leucyl-tRNA synthetase  83.16 
 
 
873 aa  1512    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.726587  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0635  leucyl-tRNA synthetase  41.22 
 
 
808 aa  677    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.578489  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0268  leucyl-tRNA synthetase  42.53 
 
 
833 aa  656    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2247  leucyl-tRNA synthetase  44.8 
 
 
843 aa  720    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0654  leucyl-tRNA synthetase  61.37 
 
 
864 aa  1093    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2084  leucyl-tRNA synthetase  48.29 
 
 
829 aa  824    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.276133  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0432  leucyl-tRNA synthetase  53.64 
 
 
859 aa  923    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0302206  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1001  leucyl-tRNA synthetase  57.63 
 
 
859 aa  1059    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.355839  normal  0.124376 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0771  leucyl-tRNA synthetase  42.89 
 
 
832 aa  663    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.286234  normal  0.18971 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0731  leucyl-tRNA synthetase  44.61 
 
 
811 aa  724    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.231189  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>