More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3742 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3742  AsnC family transcriptional regulator  100 
 
 
159 aa  322  9e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.768367 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12570  transcription regulator AsnC  89.94 
 
 
169 aa  293  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1144  putative transcriptional regulator  89.94 
 
 
159 aa  292  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4776  AsnC family transcriptional regulator  86.08 
 
 
158 aa  279  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524712  hitchhiker  0.00402147 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0644  AsnC family transcriptional regulator  86.08 
 
 
158 aa  279  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.315347  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4830  AsnC family transcriptional regulator  86.08 
 
 
158 aa  279  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4652  AsnC family transcriptional regulator  86.08 
 
 
158 aa  279  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4793  transcriptional regulator, AsnC family  84.18 
 
 
159 aa  277  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4335  regulatory proteins, AsnC/Lrp  83.65 
 
 
163 aa  277  5e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0627745  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4939  AsnC family transcriptional regulator  84.81 
 
 
159 aa  273  6e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09960  transcriptional regulator, AsnC/Lrp family  84.81 
 
 
159 aa  272  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.130646  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1733  AsnC family transcriptional regulator  62.58 
 
 
165 aa  202  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.017814  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1990  transcriptional regulator, AsnC family  62.75 
 
 
161 aa  198  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.141708  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1659  transcriptional regulator, AsnC family  62.75 
 
 
161 aa  198  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.31019  normal  0.273663 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1709  transcriptional regulator, AsnC family  60.76 
 
 
172 aa  193  8.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.741571  normal  0.587028 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0193  transcriptional regulator, AsnC family  62.5 
 
 
161 aa  190  8e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.740343  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0165  transcriptional regulator, AsnC family  60.93 
 
 
155 aa  188  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2022  AsnC family transcriptional regulator  60.53 
 
 
157 aa  187  5e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0512  AsnC family transcriptional regulator  61.84 
 
 
158 aa  187  5.999999999999999e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.981269 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2516  AsnC family transcriptional regulator  60.67 
 
 
169 aa  183  6e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3352  transcriptional regulator of AsnC/Lrp family protein  57.24 
 
 
158 aa  179  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.868338  normal  0.404848 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2025  AsnC family transcriptional regulator  57.14 
 
 
157 aa  178  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.742298  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2299  AsnC family transcriptional regulator  57.52 
 
 
156 aa  176  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00073028 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1480  AsnC family transcriptional regulator  55.92 
 
 
153 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2439  hypothetical protein  53.9 
 
 
157 aa  171  5e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1877  AsnC family transcriptional regulator  55.92 
 
 
157 aa  171  5e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2585  hypothetical protein  53.25 
 
 
157 aa  170  7.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0353  AsnC family transcriptional regulator  52.63 
 
 
162 aa  164  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0461  AsnC family transcriptional regulator  51.32 
 
 
161 aa  157  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4155  AsnC family transcriptional regulator  52.63 
 
 
159 aa  156  9e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4559  AsnC family transcriptional regulator  49.34 
 
 
156 aa  153  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.137777  normal  0.0927691 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4115  AsnC family transcriptional regulator  49.03 
 
 
166 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3922  transcriptional regulator, AsnC family  49.03 
 
 
166 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4022  AsnC family transcriptional regulator  49.03 
 
 
166 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3999  AsnC family transcriptional regulator  49.03 
 
 
166 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4337  AsnC family transcriptional regulator  49.03 
 
 
166 aa  150  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0301  AsnC family transcriptional regulator  49.03 
 
 
166 aa  149  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0505  AsnC family transcriptional regulator  50.97 
 
 
181 aa  149  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.287922  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58510  AsnC family transcriptional regulator  50.32 
 
 
157 aa  147  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5122  putative transcriptional regulator  50.32 
 
 
157 aa  147  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3655  AsnC family transcriptional regulator  49.68 
 
 
156 aa  144  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.182716 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0213  AsnC family transcriptional regulator  48.68 
 
 
153 aa  142  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5614  AsnC family transcriptional regulator  48.7 
 
 
162 aa  142  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.41474  normal  0.0388981 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1018  AsnC family transcriptional regulator  46.9 
 
 
162 aa  141  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336802  hitchhiker  0.00248451 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1230  AsnC family transcriptional regulator  46.31 
 
 
162 aa  141  5e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.261915 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5672  AsnC family transcriptional regulator  47.1 
 
 
157 aa  140  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0251  regulatory proteins, AsnC/Lrp  44.74 
 
 
156 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6217  AsnC family transcriptional regulator  44.81 
 
 
158 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.662862  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2323  AsnC family transcriptional regulator  46.05 
 
 
202 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1736  bkd operon transcriptional regulator  46.05 
 
 
175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00397839  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0782  bkd operon transcriptional regulator  46.05 
 
 
229 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000164018  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0513  bkd operon transcriptional regulator  46.05 
 
 
175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000000170709  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2461  AsnC family transcriptional regulator  46.05 
 
 
202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000130465  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1064  AsnC family transcriptional regulator  44.74 
 
 
175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1161  AsnC family transcriptional regulator  44.97 
 
 
162 aa  139  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.012634 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1635  bkd operon transcriptional regulator  46.05 
 
 
175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000232797  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1843  bkd operon transcriptional regulator  46.05 
 
 
175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00082559  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1293  AsnC family transcriptional regulator  44.74 
 
 
164 aa  137  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0671  bkd operon transcriptional regulator  45.39 
 
 
229 aa  137  7e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000013017  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3904  AsnC family transcriptional regulator  45.81 
 
 
186 aa  137  7.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0974584 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0449  AsnC family transcriptional regulator  48.03 
 
 
156 aa  136  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1553  AsnC family transcriptional regulator  47.37 
 
 
154 aa  136  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0410589  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0275  AsnC family transcriptional regulator  43.79 
 
 
156 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3904  AsnC family transcriptional regulator  44.74 
 
 
153 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.674127 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3973  AsnC family transcriptional regulator  44.76 
 
 
154 aa  135  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.918788  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3462  AsnC family transcriptional regulator  42.21 
 
 
162 aa  135  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5248  AsnC family transcriptional regulator  43.14 
 
 
156 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.58536  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4595  AsnC family transcriptional regulator  44.08 
 
 
164 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5095  AsnC family transcriptional regulator  43.14 
 
 
156 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3971  transcriptional regulator, AsnC family  42.11 
 
 
175 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5188  transcriptional regulator BkdR, putative  43.14 
 
 
156 aa  134  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354058  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0321  transcriptional regulator, AsnC family  43.71 
 
 
159 aa  134  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4125  AsnC family transcriptional regulator  44.08 
 
 
153 aa  134  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1986  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64528  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1718  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  5e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.159084  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2261  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0124412  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2361  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.84534  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0772  AsnC family transcriptional regulator  47.71 
 
 
156 aa  134  5e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.148197  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1682  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.94162  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1849  AsnC family transcriptional regulator  44.22 
 
 
213 aa  134  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00276747  hitchhiker  0.0000000161296 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00893  DNA-binding transcriptional dual regulator, leucine-binding  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2754  transcriptional regulator, AsnC family  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000328569  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2439  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000889772  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2231  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000028804  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1058  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000658641  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1051  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000229844  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1413  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000135875  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1073  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000166195  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2707  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000640359  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0993  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000182939  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0376  transcriptional regulator, AsnC family  46.36 
 
 
161 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.24101  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1024  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000719526  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0964  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000969196  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00900  hypothetical protein  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0994  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000266294  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0964  leucine-responsive transcriptional regulator  46.71 
 
 
164 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000271902  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3311  AsnC family transcriptional regulator  43.42 
 
 
175 aa  133  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.944983  normal  0.0543443 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4648  AsnC family transcriptional regulator  40.76 
 
 
163 aa  133  8e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841161  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2829  AsnC family transcriptional regulator  44.81 
 
 
153 aa  132  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7497  AsnC family transcriptional regulator  43.31 
 
 
169 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000799666  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>