More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3543 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3543  ribosomal protein L11 methylase-like protein  100 
 
 		 265 aa  536  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.103113 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4113  putative RNA methylase  55.56 
 
 		 211 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4661  putative RNA methylase  50.57 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0852329  normal  0.0763822 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3910  hypothetical protein  51.55 
 
 		 219 aa  185  7e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2910  putative RNA methylase  52.66 
 
 		 210 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.094641 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3012  Histone methylation DOT1 family protein  51.25 
 
 		 207 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3414  Histone methylation DOT1 family protein  45.4 
 
 		 206 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1609  putative RNA methylase  53.37 
 
 		 206 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0178031  normal  0.513301 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1622  ribosomal protein L11 methyltransferase, putative  49.01 
 
 		 161 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.216797  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1909  hypothetical protein  46.36 
 
 		 165 aa  145  7.0000000000000006e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.566778 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1172  hypothetical protein  40.32 
 
 		 236 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0860  hypothetical protein  37.1 
 
 		 219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.880222 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1971  hypothetical protein  36.02 
 
 		 219 aa  115  6e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0975  hypothetical protein  35.83 
 
 		 220 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.753876 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0271  hypothetical protein  46.21 
 
 		 157 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0365  putative RNA methylase  38.35 
 
 		 161 aa  103  3e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1705  putative RNA methylase  34.21 
 
 		 155 aa  92.8  5e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32792  predicted protein  34.53 
 
 		 252 aa  78.6  0.0000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_92891  predicted protein  38.28 
 
 		 186 aa  76.3  0.0000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.399442  normal  0.0255193 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0089  hypothetical protein  30.22 
 
 		 174 aa  73.2  0.000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_32132  predicted protein  27.15 
 
 		 328 aa  64.7  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0781  hypothetical protein  39.76 
 
 		 121 aa  63.5  0.000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.069115  normal  0.0215827 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0782  hypothetical protein  31.09 
 
 		 155 aa  63.9  0.000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.138786  normal  0.0233104 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1015  ribosomal protein L11 methyltransferase  36 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.89 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0367  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.48 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4553  methyltransferase  29.8 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.749759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1622  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.01 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174777  unclonable  0.000000000413669 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0239  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.46 
 
 		 295 aa  55.5  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0243  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.46 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0573  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  31.48 
 
 		 318 aa  55.5  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_35472  predicted protein  26.21 
 
 		 228 aa  55.1  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.176314  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1055  Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  33.05 
 
 		 413 aa  54.7  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.910912  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.04 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0689  hypothetical protein  32.67 
 
 		 174 aa  54.3  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00351729 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.29 
 
 		 295 aa  53.9  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33223  predicted protein  35.8 
 
 		 229 aa  53.5  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0013315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3619  methyltransferase type 11  27.74 
 
 		 450 aa  53.9  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.264037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_37393  predicted protein  27.93 
 
 		 228 aa  53.9  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.392699  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.56 
 
 		 295 aa  53.5  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1875  HemK family modification methylase  37.21 
 
 		 301 aa  53.5  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.210428  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3687  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.46 
 
 		 295 aa  53.5  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.768619  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.04 
 
 		 293 aa  53.5  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0529  methyltransferase small  33.68 
 
 		 211 aa  53.1  0.000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.118716  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3886  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.05 
 
 		 293 aa  53.5  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.393855  hitchhiker  0.00000257617 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4117  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.05 
 
 		 293 aa  53.1  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0350894  hitchhiker  0.000425949 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0624  ribosomal L11 methyltransferase  33.33 
 
 		 288 aa  53.5  0.000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.404833  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4297  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.89 
 
 		 312 aa  53.1  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000247915  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0972  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.15 
 
 		 315 aa  52.8  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4615  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  32.04 
 
 		 398 aa  52.8  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.455368 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.08 
 
 		 307 aa  52.8  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2494  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.42 
 
 		 308 aa  52.8  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00440175  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1069  putative methylase  29.27 
 
 		 202 aa  52.8  0.000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.08 
 
 		 295 aa  52.8  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0465  ribosomal L11 methyltransferase  27.33 
 
 		 292 aa  52.8  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1732  putative protein methyltransferase  30.53 
 
 		 274 aa  52.4  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.409026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3442  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.02 
 
 		 293 aa  52.4  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116345  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.04 
 
 		 295 aa  52.4  0.000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0306  hypothetical protein  26.87 
 
 		 253 aa  52  0.000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.407855 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2761  Methyltransferase type 12  36.56 
 
 		 248 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2435  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.88 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0183971  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0253  putative RNA methylase  31.3 
 
 		 360 aa  51.6  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3214  methyltransferase of 50S ribosomal subunit protein L11  45.28 
 
 		 311 aa  52  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2687  protein-L-isoaspartate O-methyltransferase  32.2 
 
 		 207 aa  51.6  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.451556  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3938  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.02 
 
 		 293 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000797733  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3963  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.11 
 
 		 293 aa  51.6  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00574631  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3428  ribosomal protein L11 methyltransferase  32 
 
 		 300 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.244966  normal  0.0610073 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0083  UbiE/COQ5 family methlytransferase  31.21 
 
 		 305 aa  50.8  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0388  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.9 
 
 		 293 aa  51.2  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000022526  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0762  arsenite S-adenosylmethyltransferase  36.28 
 
 		 266 aa  50.8  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000040613  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1210  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.9 
 
 		 306 aa  51.2  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000191055  normal  0.886421 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4079  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.02 
 
 		 293 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0139274  normal  0.0416888 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2327  ribosomal L11 methyltransferase  32.67 
 
 		 285 aa  50.8  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3907  methyltransferase  36.9 
 
 		 248 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_994  modification methylase, HemK family  32.63 
 
 		 277 aa  50.8  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0454  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.9 
 
 		 293 aa  51.2  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.34 
 
 		 287 aa  50.4  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4421  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.96 
 
 		 293 aa  50.4  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00260494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2386  Methyltransferase type 11  30.77 
 
 		 301 aa  50.4  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258424  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3169  HemK family modification methylase  43.1 
 
 		 289 aa  50.4  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.34 
 
 		 287 aa  50.4  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0401  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.99 
 
 		 293 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0130632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3624  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.99 
 
 		 293 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000162524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0455  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.98 
 
 		 293 aa  50.1  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000781607  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0400  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.99 
 
 		 293 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0151894  normal  0.0533338 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2436  Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  29.7 
 
 		 658 aa  50.4  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2441  hypothetical protein  36.56 
 
 		 248 aa  49.7  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000635831  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1383  HemK family modification methylase  38.89 
 
 		 289 aa  50.1  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0395  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.99 
 
 		 293 aa  49.7  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2396  peptide release factor-glutamine N5-methyltransferase  39.24 
 
 		 282 aa  49.7  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000357803  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2631  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.96 
 
 		 300 aa  49.3  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1994  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.14 
 
 		 316 aa  49.3  0.00006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.467353  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0391  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.44 
 
 		 293 aa  49.3  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000998179  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  34.02 
 
 		 299 aa  49.3  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_37585  predicted protein  21.79 
 
 		 205 aa  49.3  0.00006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1590  methyltransferase type 11  32.74 
 
 		 267 aa  49.3  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597949 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.73 
 
 		 296 aa  49.3  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4048  methyltransferase type 12  45 
 
 		 248 aa  48.9  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2577  Methyltransferase type 11  36.08 
 
 		 237 aa  48.9  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.602615  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2790  modification methylase, HemK family  32.5 
 
 		 280 aa  48.9  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>