23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3424 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2859  hypothetical protein  55.88 
 
 
866 aa  870    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0638681  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4431  hypothetical protein  66.2 
 
 
954 aa  953    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3424  hypothetical protein  100 
 
 
828 aa  1681    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.827282  normal  0.753977 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28820  hypothetical protein  79.62 
 
 
832 aa  1330    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000778693  decreased coverage  0.00000000161145 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5143  hypothetical protein  44.91 
 
 
798 aa  587  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.09812 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0139  hypothetical protein  39.95 
 
 
812 aa  549  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1169  hypothetical protein  40.08 
 
 
782 aa  521  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1245  hypothetical protein  37.25 
 
 
820 aa  499  1e-140  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.162309999999999e-20 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1836  hypothetical protein  37.23 
 
 
798 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2290  hypothetical protein  37.35 
 
 
798 aa  488  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.947469 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1947  hypothetical protein  40.9 
 
 
777 aa  485  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.231119  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0191  Sel1 domain protein repeat-containing protein  38.86 
 
 
1344 aa  460  9.999999999999999e-129  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0221  plasma membrane H+-transporting two-sector ATPase, C subunit  34.34 
 
 
845 aa  336  9e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.927678  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2000  hypothetical protein  33.05 
 
 
797 aa  319  1e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2541  hypothetical protein  31.18 
 
 
750 aa  311  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4980  hypothetical protein  33.19 
 
 
1123 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5416  hypothetical protein  30.82 
 
 
747 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0328  hypothetical protein  32.12 
 
 
726 aa  263  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8550  hypothetical protein  31.17 
 
 
728 aa  258  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128819  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4154  hypothetical protein  34.07 
 
 
643 aa  242  2e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1078  hypothetical protein  27.85 
 
 
735 aa  171  4e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0495245  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2561  hypothetical protein  30.11 
 
 
867 aa  169  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00089878  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0063  hypothetical protein  35.39 
 
 
1356 aa  128  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.80787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>