53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2334 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2334  hypothetical protein  100 
 
 
370 aa  756    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00524729  normal  0.0110062 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0171  hypothetical protein  70.11 
 
 
370 aa  529  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01180  hypothetical protein  69.57 
 
 
399 aa  529  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.176675  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0538  hypothetical protein  48.87 
 
 
373 aa  327  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2439  hypothetical protein  38.81 
 
 
366 aa  246  4.9999999999999997e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.646599  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3112  hypothetical protein  41.94 
 
 
340 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.192331  normal  0.139244 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3467  hypothetical protein  41.06 
 
 
340 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.103474  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3186  hypothetical protein  30.56 
 
 
335 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3869  hypothetical protein  28.77 
 
 
438 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0106797  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2759  hypothetical protein  33.75 
 
 
357 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0291  hypothetical protein  29.59 
 
 
337 aa  139  7e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1192  hypothetical protein  29.4 
 
 
447 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2128  hypothetical protein  30.49 
 
 
438 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.469876 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2438  Protein of unknown function DUF2169  30.95 
 
 
383 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7055  hypothetical protein  29.61 
 
 
356 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0582367  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1160  hypothetical protein  31.19 
 
 
356 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.860855 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000445  pentapeptide repeat family protein  28.43 
 
 
330 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05867  hypothetical protein  28.75 
 
 
330 aa  116  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7560  hypothetical protein  30.79 
 
 
348 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4073  hypothetical protein  30.12 
 
 
373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000125532 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4428  hypothetical protein  27.08 
 
 
445 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3484  hypothetical protein  29.01 
 
 
330 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.341689 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3387  hypothetical protein  26.93 
 
 
338 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.128743  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6142  hypothetical protein  40.48 
 
 
192 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0029  pentapeptide repeat-containing protein  28.27 
 
 
976 aa  87.4  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.271954 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0024  pentapeptide repeat-containing protein  30.05 
 
 
949 aa  83.6  0.000000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2738  hypothetical protein  30.18 
 
 
383 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.109672  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2443  Protein of unknown function DUF2169  28.8 
 
 
846 aa  79  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4191  pentapeptide repeat-containing protein  30.98 
 
 
844 aa  79.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2827  hypothetical protein  25.15 
 
 
352 aa  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1704  pentapeptide repeat-containing protein  30.21 
 
 
862 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1900  pentapeptide repeat-containing protein  30.21 
 
 
825 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2173  pentapeptide repeat-containing protein  30.21 
 
 
825 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0252  pentapeptide repeat-containing protein  30.21 
 
 
825 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0343  pentapeptide repeat-containing protein  30.21 
 
 
825 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.1938  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1198  pentapeptide repeat-containing protein  30.21 
 
 
825 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0911  pentapeptide repeat-containing protein  30.21 
 
 
825 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0532  pentapeptide repeat protein  30.04 
 
 
870 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26580  Pentapeptide repeat protein  30.73 
 
 
872 aa  66.6  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3780  pentapeptide repeat protein  30.27 
 
 
866 aa  66.2  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2867  pentapeptide repeat protein  28.57 
 
 
881 aa  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.113451  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3016  hypothetical protein  32.59 
 
 
320 aa  64.7  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.935221 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0203  pentapeptide repeat protein  27.57 
 
 
886 aa  53.5  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.713128  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3428  pentapeptide repeat-containing protein  29.02 
 
 
739 aa  48.9  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2958  pentapeptide repeat-containing protein  29.02 
 
 
739 aa  48.9  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0161296 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3557  pentapeptide repeat-containing protein  29.02 
 
 
739 aa  48.9  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3786  hypothetical protein  25.29 
 
 
343 aa  46.2  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0542  hypothetical protein  39.66 
 
 
880 aa  42.7  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0612  pentapeptide repeat-containing protein  39.66 
 
 
880 aa  42.7  0.01  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.65281  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0723  pentapeptide repeat-containing protein  39.66 
 
 
880 aa  42.7  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2131  pentapeptide repeat-containing protein  39.66 
 
 
880 aa  42.7  0.01  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2033  pentapeptide repeat-containing protein  39.66 
 
 
877 aa  42.7  0.01  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1681  pentapeptide repeat-containing protein  39.66 
 
 
880 aa  42.7  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>