More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2219 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3257  CopA family copper resistance protein  57.84 
 
 
581 aa  659    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202502  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0272  copper-resistance protein, CopA family  54.32 
 
 
656 aa  679    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0015  CopA family copper resistance protein  82.98 
 
 
671 aa  1114    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.156592  normal  0.0651456 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0017  CopA family copper resistance protein  82.98 
 
 
652 aa  1113    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0816359  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0108  copper resistance protein A precursor  59.83 
 
 
606 aa  731    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2205  CopA family copper resistance protein  70.53 
 
 
574 aa  872    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5380  copper resistance protein A  80.12 
 
 
669 aa  1102    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.537951 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0656  copper resistance transmembrane protein  56.17 
 
 
605 aa  639    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1828  CopA family copper resistance protein  69.87 
 
 
566 aa  872    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.349275  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3914  copper resistance protein A  75.5 
 
 
589 aa  945    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5180  CopA family copper resistance protein  88.34 
 
 
605 aa  1127    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116065  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5336  copper-resistance protein, CopA family  57.19 
 
 
631 aa  679    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1493  twin-arginine translocation pathway signal:copper-resistance protein CopA  73.17 
 
 
606 aa  931    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1571  twin-arginine translocation pathway signal:copper-resistance protein CopA  74.51 
 
 
592 aa  907    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.402228  normal  0.015663 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2489  twin-arginine translocation pathway signal:copper-resistance protein CopA  56.51 
 
 
598 aa  665    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.211197  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1324  copper-resistance protein CopA  57.1 
 
 
561 aa  669    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210638  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1779  copper-resistance protein, CopA family  54.74 
 
 
612 aa  646    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.976781  normal  0.472937 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3105  copper-resistance protein, CopA family  61.12 
 
 
600 aa  741    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.497996  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3810  copper-resistance protein CopA  75.17 
 
 
572 aa  905    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.87992 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1840  copper-resistance protein, CopA family  55.5 
 
 
604 aa  649    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.71414  hitchhiker  0.0000125697 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1573  copper-resistance protein CopA  51.06 
 
 
664 aa  649    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0249  CopA family copper resistance protein  53.66 
 
 
672 aa  671    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2116  copper-resistance protein CopA  50.91 
 
 
666 aa  642    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0450  CopA family copper resistance protein  53.21 
 
 
633 aa  651    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0092  CopA family copper resistance protein  59.97 
 
 
606 aa  731    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1947  putative copper resistance transmembrane protein  55.56 
 
 
627 aa  653    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.809096 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2219  CopA family copper resistance protein  100 
 
 
604 aa  1248    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00411811  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03132  copper resistance protein A  60.5 
 
 
602 aa  724    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3546  copper-resistance protein CopA  54.82 
 
 
664 aa  678    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0666183  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1266  copper-resistance protein, CopA family  56.13 
 
 
594 aa  668    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0392055  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2338  CopA family copper resistance protein  58.32 
 
 
626 aa  717    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3231  copper resistance protein A precursor  80.13 
 
 
607 aa  969    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.100159  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6112  multi-Cu(II) oxidase CopA  57.87 
 
 
614 aa  677    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0215079  normal  0.483267 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5671  copper resistance protein A  56.8 
 
 
605 aa  659    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.561345  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1235  CopA family copper resistance protein  53.85 
 
 
630 aa  659    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0015  CopA family copper resistance protein  82.98 
 
 
652 aa  1113    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275431  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1713  CopA family copper resistance protein  84.44 
 
 
580 aa  1073    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.476004  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3416  CopA family copper resistance protein  72.68 
 
 
605 aa  907    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0574  CopA family copper resistance protein  85.81 
 
 
619 aa  1107    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1719  copper-resistance protein, CopA family  57.19 
 
 
631 aa  679    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421958  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1969  copper-resistance protein, CopA family protein  54.76 
 
 
657 aa  677    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00250  Copper-resistance protein A precursor CopA family  74.4 
 
 
621 aa  959    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0267708  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37790  copper resistance protein A precursor  80.13 
 
 
606 aa  974    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00238596  normal  0.267032 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4287  CopA family copper resistance protein  54.39 
 
 
642 aa  662    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.221422  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2204  copper-resistance protein, CopA family  58.27 
 
 
579 aa  634  1e-180  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1850  copper-resistance protein, CopA family  54.07 
 
 
659 aa  629  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0157941  hitchhiker  0.0000000000246272 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0382  copper-resistance protein, CopA family  50.79 
 
 
638 aa  627  1e-178  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2490  copper-resistance protein, CopA family  49.35 
 
 
601 aa  610  1e-173  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.997351 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1375  copper-resistance protein, CopA family  51.3 
 
 
621 aa  610  1e-173  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.431573  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3623  copper-resistance protein, CopA family  49.18 
 
 
601 aa  606  9.999999999999999e-173  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0201  CopA family copper resistance protein  50.32 
 
 
637 aa  592  1e-168  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.978891  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2456  copper-resistance protein CopA  50.75 
 
 
564 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.441362  normal  0.835222 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00405  Multicopper oxidase  51.45 
 
 
604 aa  569  1e-161  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0126  CopA family copper resistance protein  49.91 
 
 
569 aa  549  1e-155  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0697  copper-resistance protein CopA  48.85 
 
 
568 aa  544  1e-153  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1591  copper-resistance protein CopA  49.2 
 
 
568 aa  540  9.999999999999999e-153  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.336299  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4395  CopA family copper resistance protein  47.39 
 
 
673 aa  539  9.999999999999999e-153  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2422  copper-resistance protein CopA  48.19 
 
 
593 aa  536  1e-151  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0710  CopA family copper resistance protein  47.26 
 
 
568 aa  526  1e-148  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0956103 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2136  copper-resistance protein CopA  46.46 
 
 
584 aa  527  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.296385  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0784  copper-resistance protein CopA  47.02 
 
 
590 aa  523  1e-147  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.44759 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2352  CopA family copper resistance protein  47.78 
 
 
611 aa  512  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0346  CopA family copper resistance protein  47.88 
 
 
599 aa  510  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.513863  normal  0.476726 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2221  CopA family copper resistance protein  46.5 
 
 
563 aa  511  1e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.195638  normal  0.807745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2631  CopA family copper resistance protein  46.89 
 
 
556 aa  510  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.269848  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1707  copper-resistance protein, CopA family  46.73 
 
 
561 aa  506  9.999999999999999e-143  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000264505  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0190  putative copper resistance protein A precursor  43.21 
 
 
680 aa  502  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2929  copper-resistance protein CopA  46 
 
 
594 aa  487  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.466077  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5100  copper-resistance protein, CopA family  60.11 
 
 
640 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0626586 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4267  CopA family copper resistance protein  52.66 
 
 
630 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0548643 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6647  multicopper oxidase type 3  35.94 
 
 
946 aa  352  1e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0481943  normal  0.204114 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11743  copper resistance protein A precursor  36.77 
 
 
809 aa  333  4e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.860806  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6893  multicopper oxidase type 3  34.8 
 
 
941 aa  333  4e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.845063 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0800  copper resistance protein B  33.81 
 
 
803 aa  309  8e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0192  multicopper oxidase, type 3  34.34 
 
 
746 aa  291  2e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.398737  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3078  multicopper oxidase, type 3  33.21 
 
 
871 aa  274  4.0000000000000004e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2345  hypothetical protein  38.26 
 
 
1064 aa  256  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2296  L-ascorbate oxidase  39.46 
 
 
705 aa  205  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000773884  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04900  predicted multicopper oxidase  35.67 
 
 
521 aa  162  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18340  copper-resistance protein, CopA family  35 
 
 
521 aa  161  3e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.612163  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1830  multicopper oxidase, type 3  31.15 
 
 
511 aa  158  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1383  multicopper oxidase type 3  35.74 
 
 
478 aa  155  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.196753  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3169  multicopper oxidase type 3  33.01 
 
 
513 aa  152  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4521  multicopper oxidase, type 2  32.67 
 
 
506 aa  151  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.562505  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10863  oxidase  32.48 
 
 
504 aa  150  6e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00014266 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0310  multicopper oxidase, type 3  32.69 
 
 
489 aa  150  9e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00058954  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2925  multicopper oxidase, type 3  32.01 
 
 
536 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.455185  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5577  multicopper oxidase type 3  29.41 
 
 
498 aa  149  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4490  multicopper oxidase  31.88 
 
 
551 aa  148  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.248277  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3672  multicopper oxidase, type 2  31.63 
 
 
521 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.122206  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3033  multicopper oxidase type 3  32.84 
 
 
477 aa  148  3e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5307  multicopper oxidase, type 2  31.55 
 
 
518 aa  146  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.117713  normal  0.384729 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5702  multicopper oxidase, type 2  31.55 
 
 
518 aa  146  1e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.672954 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1105  multicopper oxidase type 3  32.2 
 
 
565 aa  139  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1696  multicopper oxidase type 3  31.93 
 
 
527 aa  134  5e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0626  multicopper oxidase, type 3  32.23 
 
 
508 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1908  multicopper oxidase family protein  32.78 
 
 
546 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000964148  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0255  multicopper oxidase family protein  30.66 
 
 
554 aa  130  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000165445 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0212  copper resistance protein, putative  30.66 
 
 
554 aa  130  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.603214  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1765  multicopper oxidase type 3  31.86 
 
 
544 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.685844  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>