99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1686 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1686  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  638    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.658717 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4094  hypothetical protein  71.52 
 
 		 319 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1729  hypothetical protein  72.78 
 
 		 320 aa  447  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35536  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3961  hypothetical protein  74.04 
 
 		 324 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.761458  normal  0.0378456 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3663  hypothetical protein  73.42 
 
 		 319 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.164406  normal  0.158891 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1345  hypothetical protein  72.78 
 
 		 320 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0815858  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1753  hypothetical protein  73.08 
 
 		 324 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1361  hypothetical protein  73.42 
 
 		 320 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00507818  normal  0.397175 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3352  membrane protein  50.33 
 
 		 311 aa  259  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4978  hypothetical protein  46.51 
 
 		 305 aa  241  9e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3975  hypothetical protein  45.72 
 
 		 312 aa  239  4e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3755  hypothetical protein  42.9 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000395481  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3610  integral membrane protein  42.9 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000195591  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3976  hypothetical protein  44.75 
 
 		 312 aa  229  6e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000242668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3620  hypothetical protein  42.17 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000693359  normal  0.291132 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3599  putative transporter  43.38 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0879234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3563  putative transporter  43.38 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0151883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3494  putative transporter  43.38 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00919199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3492  putative transporter  43.38 
 
 		 321 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000543428  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3358  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.97 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00208172  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0795  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.66 
 
 		 320 aa  224  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03000  hypothetical protein  43.09 
 
 		 321 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00567967  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3480  putative transporter  43.09 
 
 		 321 aa  223  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000496501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0516  hypothetical protein  43.09 
 
 		 321 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000278585  hitchhiker  0.00919443 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0560  hypothetical protein  42.66 
 
 		 320 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00477006  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3669  putative transporter  43.09 
 
 		 321 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000521429  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3377  putative transporter  43.09 
 
 		 321 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.82024e-19  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03049  conserved inner membrane protein  43.09 
 
 		 321 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00601022  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0523  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.09 
 
 		 321 aa  223  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000715039  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3586  putative transporter  42.76 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000241  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0475  hypothetical protein  43.88 
 
 		 334 aa  216  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000164528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4506  putative transporter  43.09 
 
 		 321 aa  215  9e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000436684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3477  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.26 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000192809  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0247  hypothetical protein  35.67 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00278162  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4064  hypothetical protein  33.33 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3427  hypothetical protein  33.99 
 
 		 329 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3601  hypothetical protein  33.99 
 
 		 329 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0525  hypothetical protein  33.66 
 
 		 329 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0579  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.33 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4040  integral membrane domain-containing protein  33.66 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0549  hypothetical protein  33.11 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0573  hypothetical protein  33.11 
 
 		 324 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.162626 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3761  hypothetical protein  33.11 
 
 		 324 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0634  hypothetical protein  32.36 
 
 		 339 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0631  hypothetical protein  30.57 
 
 		 320 aa  139  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.789426 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0498  integral membrane domain-containing protein  33.01 
 
 		 316 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0565  hypothetical protein  29.62 
 
 		 325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3715  hypothetical protein  31.27 
 
 		 322 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4503  hypothetical protein  27.7 
 
 		 309 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00148993 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4047  hypothetical protein  27.42 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4168  permeases of the drug/metabolite transporter (DMT)  27.86 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.221065  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4508  integral membrane protein  26.26 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.563212  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4157  DMT family permease  27.34 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000489633  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1193  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.05 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.503688 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1200  hypothetical protein  27.69 
 
 		 311 aa  51.2  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.380417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  27.46 
 
 		 299 aa  50.4  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5288  hypothetical protein  26.64 
 
 		 314 aa  50.1  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2918  hypothetical protein  25.48 
 
 		 315 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.103188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0873  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.16 
 
 		 305 aa  49.3  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0574  hypothetical protein  26.92 
 
 		 308 aa  48.5  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.421422  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1258  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.33 
 
 		 305 aa  48.1  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3424  transporter DMT superfamily protein  29.55 
 
 		 308 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110688  normal  0.0105884 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1029  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.47 
 
 		 304 aa  47.8  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2226  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.46 
 
 		 319 aa  47.4  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00185983  normal  0.51042 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1827  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.74 
 
 		 309 aa  47.4  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0523447  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1343  protein of unknown function DUF6 transmembrane  21.69 
 
 		 294 aa  47  0.0004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1865  hypothetical protein  27.07 
 
 		 328 aa  47  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2739  permease, drug/metabolite transporter superfamily  22.22 
 
 		 303 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000046973  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0216  hypothetical protein  24.26 
 
 		 296 aa  46.2  0.0007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.685922  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2450  drug/metabolite exporter family protein  22.56 
 
 		 303 aa  46.2  0.0008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000213459  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1059  hypothetical protein  20.7 
 
 		 317 aa  45.4  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.999604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2020  hypothetical protein  29.38 
 
 		 321 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.252549 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0806  transporter DMT superfamily protein  31.47 
 
 		 300 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.86594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0444  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.66 
 
 		 324 aa  44.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1828  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.05 
 
 		 310 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000133968  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01492  cysteine and O-acetyl-L-serine efflux system  22.56 
 
 		 299 aa  44.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0660711  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1741  O-acetylserine/cysteine export protein  22.56 
 
 		 299 aa  44.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4000  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.51 
 
 		 306 aa  44.7  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01503  hypothetical protein  22.56 
 
 		 299 aa  44.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0763437  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1631  O-acetylserine/cysteine export protein  22.56 
 
 		 299 aa  44.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0826395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1622  O-acetylserine/cysteine export protein  22.56 
 
 		 299 aa  44.7  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00179242  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2125  O-acetylserine/cysteine export protein  22.56 
 
 		 299 aa  44.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.290399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0904  hypothetical protein  25.32 
 
 		 296 aa  44.7  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1563  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.09 
 
 		 305 aa  45.1  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.324691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2227  hypothetical protein  27.69 
 
 		 296 aa  45.1  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.157307  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02670  predicted permease, DMT superfamily  26.45 
 
 		 319 aa  44.3  0.003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1758  protein of unknown function DUF6 transmembrane  20.93 
 
 		 306 aa  44.3  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000138196  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1696  hypothetical protein  25.32 
 
 		 296 aa  44.3  0.003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2394  hypothetical protein  29.17 
 
 		 281 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.319154  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2113  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22.56 
 
 		 299 aa  43.9  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000340267  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2782  hypothetical protein  28.1 
 
 		 286 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0548906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0781  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.49 
 
 		 302 aa  43.9  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.943556  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15760  DMT(drug/metabolite transporter) superfamily permease  26.49 
 
 		 327 aa  43.5  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.941518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3447  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.68 
 
 		 308 aa  43.5  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000182923 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2634  DMT family permease  24.36 
 
 		 327 aa  43.9  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0644823  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0935  hypothetical protein  25.6 
 
 		 287 aa  42.7  0.008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3886  hypothetical protein  27.36 
 
 		 299 aa  42.7  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.765611  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6147  hypothetical protein  26.9 
 
 		 299 aa  42.4  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.609004 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5782  hypothetical protein  26.9 
 
 		 299 aa  42.4  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>