More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1631 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1631  4-amino-4-deoxychorismate lyase  100 
 
 
271 aa  540  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3829  4-amino-4-deoxychorismate lyase  65.93 
 
 
271 aa  360  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0203451  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14950  4-amino-4-deoxychorismate lyase  67.53 
 
 
271 aa  357  8e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1650  4-amino-4-deoxychorismate lyase  65.93 
 
 
271 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159709  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2197  4-amino-4-deoxychorismate lyase  67.41 
 
 
271 aa  354  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1917  4-amino-4-deoxychorismate lyase  66.17 
 
 
271 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307364  unclonable  0.000000254306 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1493  4-amino-4-deoxychorismate lyase  65.31 
 
 
271 aa  351  8e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3797  4-amino-4-deoxychorismate lyase  66.54 
 
 
271 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.172255  normal  0.333642 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25710  4-amino-4-deoxychorismate lyase  67.04 
 
 
271 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0077515  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1528  4-amino-4-deoxychorismate lyase  63.47 
 
 
271 aa  348  5e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4154  4-amino-4-deoxychorismate lyase  65.19 
 
 
271 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0929284  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1662  aminotransferase, class IV  52.29 
 
 
273 aa  259  3e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.101925  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1418  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  50 
 
 
285 aa  240  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.711679 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0004  aminotransferase, class IV  49.05 
 
 
288 aa  224  1e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000202983  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1502  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  46.18 
 
 
271 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0156373  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1831  4-amino-4-deoxychorismate lyase  48.46 
 
 
270 aa  218  7e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1998  4-amino-4-deoxychorismate lyase  43.56 
 
 
276 aa  211  7e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2243  4-amino-4-deoxychorismate lyase  40.08 
 
 
268 aa  202  5e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000604374  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1764  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  38.08 
 
 
269 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.073629  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1734  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  38.08 
 
 
269 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0256698  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1577  aminotransferase, class IV  39.39 
 
 
277 aa  178  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02905  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.24 
 
 
271 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1659  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  38.08 
 
 
269 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0501758  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2615  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.08 
 
 
269 aa  176  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1890  aminodeoxychorismate lyase  37.79 
 
 
269 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0235041  normal  0.0459929 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1980  aminodeoxychorismate lyase  36.15 
 
 
271 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0416035  hitchhiker  0.00481294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2454  aminotransferase class IV  37.79 
 
 
269 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00581034  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2500  4-amino-4-deoxychorismate lyase  43.27 
 
 
265 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00140105  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2461  aminotransferase, class IV  37.4 
 
 
269 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000415666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2574  aminodeoxychorismate lyase  37.4 
 
 
269 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.0405986 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1545  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  42.86 
 
 
268 aa  171  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.185803  normal  0.071665 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002999  aminodeoxychorismate lyase  38.06 
 
 
271 aa  169  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0085011  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1092  aminotransferase, class IV  38.58 
 
 
278 aa  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0796265  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2804  4-amino-4-deoxychorismate lyase  43.03 
 
 
265 aa  166  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00411818  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1274  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.78 
 
 
269 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.593552 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1604  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  42.15 
 
 
271 aa  166  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0300662  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1626  4-amino-4-deoxychorismate lyase  39.18 
 
 
267 aa  163  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2216  aminotransferase, class IV  34.62 
 
 
269 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1604  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.88 
 
 
277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120574  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1590  4-amino-4-deoxychorismate lyase  39.92 
 
 
267 aa  162  7e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0229807  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2119  aminotransferase, class IV  37.08 
 
 
271 aa  160  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00194364  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1909  4-amino-4-deoxychorismate lyase  40.23 
 
 
265 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  decreased coverage  0.000000690882 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1475  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.31 
 
 
269 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000862113  hitchhiker  0.00000000000021335 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2650  aminotransferase, class IV  36.6 
 
 
271 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.23684 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2551  aminodeoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  156  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000103186  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01092  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000953076  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1218  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000350688  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2505  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0018668  unclonable  0.0000000105414 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01100  hypothetical protein  38.37 
 
 
269 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000707213  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1217  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  155  9e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222751  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2242  aminotransferase, class IV  34.18 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2031  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.96 
 
 
269 aa  152  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000010849  hitchhiker  0.00000935135 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2045  aminodeoxychorismate lyase  37.45 
 
 
296 aa  151  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2269  aminotransferase class IV  34.81 
 
 
275 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.4966  normal  0.194503 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2228  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.55 
 
 
269 aa  150  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000140571  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1921  aminodeoxychorismate lyase  33.33 
 
 
300 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2053  aminotransferase, class IV  37.3 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0432  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.46 
 
 
267 aa  146  4.0000000000000006e-34  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.217429  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1611  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.11 
 
 
271 aa  145  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000108731  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1689  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.7 
 
 
268 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00992906  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3495  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.7 
 
 
268 aa  145  8.000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000429214  hitchhiker  0.00824664 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2300  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.58 
 
 
268 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187606  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1297  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.92 
 
 
269 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0225014  hitchhiker  1.45704e-16 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2171  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.92 
 
 
269 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.216662  decreased coverage  0.000000000000025967 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0716  aminotransferase, class IV  34.07 
 
 
295 aa  144  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0327665  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1988  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.92 
 
 
269 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000218178  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1581  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.33 
 
 
268 aa  143  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000587393  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1312  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.92 
 
 
269 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.0000000000000833328 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1864  aminodeoxychorismate lyase  38.61 
 
 
272 aa  137  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.358986  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1255  aminodeoxychorismate lyase  36.84 
 
 
269 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.489867  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1911  4-amino-4-deoxychorismate lyase, putative  39 
 
 
277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.129492  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1586  aminodeoxychorismate lyase  39 
 
 
277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0753996 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3544  branched-chain amino acid aminotransferase  33.58 
 
 
288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.08959  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1280  branched-chain amino acid aminotransferase  32.95 
 
 
298 aa  126  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.668596  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1632  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  33.21 
 
 
289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.114958  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1307  branched-chain amino acid aminotransferase  32.95 
 
 
298 aa  125  6e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.898461  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1281  branched-chain amino acid aminotransferase  32.95 
 
 
298 aa  125  6e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00322304  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1487  branched-chain amino acid aminotransferase  32.95 
 
 
298 aa  125  6e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1416  branched-chain amino acid aminotransferase  32.95 
 
 
298 aa  125  6e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.493343  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3895  branched-chain amino acid aminotransferase  32.95 
 
 
298 aa  125  9e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1516  branched-chain amino acid aminotransferase  32.95 
 
 
298 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1555  branched-chain amino acid aminotransferase  32.95 
 
 
298 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.285962  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1449  branched-chain amino acid aminotransferase  32.95 
 
 
298 aa  125  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.43863  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2232  branched-chain amino acid aminotransferase  32.82 
 
 
295 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1318  branched-chain amino acid aminotransferase  32.57 
 
 
298 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0438396  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1545  aminotransferase class IV  33.85 
 
 
298 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1364  branched-chain amino acid aminotransferase  32.97 
 
 
295 aa  121  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000849481  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0664  branched-chain amino acid aminotransferase  30.23 
 
 
293 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000154508  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1654  branched-chain amino acid aminotransferase  31.62 
 
 
287 aa  118  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0760  aminotransferase, class IV  37.02 
 
 
296 aa  117  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00445325  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0525  putative branched-chain amino acid aminotransferase  31.62 
 
 
281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2675  branched-chain amino acid aminotransferase  31.54 
 
 
288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02332  4-amino-4-deoxychorismate lyase  30.61 
 
 
282 aa  116  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.144635  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3057  branched chain amino acid aminotransferase  32.6 
 
 
282 aa  116  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000762588 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1920  aminodeoxychorismate lyase  35.08 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.130955  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2099  branched-chain amino acid aminotransferase  30.15 
 
 
291 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1665  branched-chain amino acid aminotransferase  31.13 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.291613  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1887  branched-chain amino acid aminotransferase  31.13 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1849  branched-chain amino acid aminotransferase  31.13 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.4682  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2109  branched chain amino acid: 2-keto-4-methylthiobutyrate aminotransferase  35.14 
 
 
277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>