57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1498 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1498  hypothetical protein  100 
 
 		 300 aa  556  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.378704  normal  0.625555 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2360  hypothetical protein  42.05 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1838  hypothetical protein  41.79 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00402348  normal  0.482647 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3496  membrane protein  40.15 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.166968  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1032  hypothetical protein  34.54 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0528769  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1873  hypothetical protein  36.64 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.593303  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2773  hypothetical protein  39.47 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461161 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1804  hypothetical protein  36.64 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0836595  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1815  hypothetical protein  32.33 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1065  hypothetical protein  35.86 
 
 		 304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253962  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1814  hypothetical protein  31.88 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3384  hypothetical protein  29.82 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0065  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.57 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2767  hypothetical protein  29.11 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.15508 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5366  putative inner membrane transport protein of unknown function  33.33 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00165583 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0049  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.8 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0356674 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1070  hypothetical protein  27.73 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2114  hypothetical protein  32.91 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.254514 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6147  hypothetical protein  31.85 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.609004 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0388  hypothetical protein  31 
 
 		 320 aa  58.9  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5782  hypothetical protein  31.85 
 
 		 299 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2912  hypothetical protein  31.39 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1636  hypothetical protein  31.84 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6627  hypothetical protein  31.45 
 
 		 299 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.725322 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1323  hypothetical protein  32.17 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.754634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.09 
 
 		 310 aa  53.9  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1578  hypothetical protein  30.69 
 
 		 311 aa  53.5  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.664968  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2779  hypothetical protein  32.17 
 
 		 296 aa  53.9  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.399846  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2858  hypothetical protein  32.17 
 
 		 296 aa  53.9  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0316  hypothetical protein  38.74 
 
 		 281 aa  53.5  0.000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.238675  normal  0.667988 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2561  hypothetical protein  31.28 
 
 		 314 aa  52.4  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.372127  normal  0.570077 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1099  hypothetical protein  30.2 
 
 		 310 aa  52  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.230747  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.77 
 
 		 310 aa  50.4  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2562  hypothetical protein  30.57 
 
 		 298 aa  50.1  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0693579 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1236  hypothetical protein  29.38 
 
 		 307 aa  49.3  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.935221 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2617  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.12 
 
 		 301 aa  49.3  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3882  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.5 
 
 		 305 aa  48.9  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.412481 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3995  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.5 
 
 		 305 aa  48.9  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.12 
 
 		 301 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.133205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0593  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.91 
 
 		 283 aa  48.9  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1447  hypothetical protein  29.05 
 
 		 301 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.23861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0876  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29 
 
 		 306 aa  47.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2018  hypothetical protein  35.14 
 
 		 312 aa  46.6  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.172167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6058  hypothetical protein  30.77 
 
 		 298 aa  46.6  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0584  SMR family transporter PecM  28.14 
 
 		 313 aa  46.2  0.0006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6765  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.55 
 
 		 320 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0325533  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6931  hypothetical protein  27.42 
 
 		 306 aa  45.8  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.836201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1772  hypothetical protein  35.71 
 
 		 292 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7691  hypothetical protein  30.2 
 
 		 299 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.327195 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2044  ABC transporter membrane spanning protein  29.06 
 
 		 304 aa  45.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1827  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.14 
 
 		 312 aa  45.4  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297612  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3363  hypothetical protein  28.84 
 
 		 304 aa  45.1  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.298579  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2136  hypothetical protein  27.18 
 
 		 297 aa  43.5  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3002  hypothetical protein  28.94 
 
 		 298 aa  43.5  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0243  hypothetical protein  28.14 
 
 		 312 aa  43.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100372  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0392  ABC transporter membrane spanning protein  32.82 
 
 		 301 aa  43.1  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5832  hypothetical protein  29.55 
 
 		 298 aa  42.7  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.684234 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>