More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1438 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4328  transporter  81.26 
 
 
452 aa  689    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0110161  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2713  gluconate transporter  72.58 
 
 
452 aa  640    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1438  gluconate transporter  100 
 
 
455 aa  885    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50770  transporter  81.26 
 
 
452 aa  674    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0115941 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2533  gluconate transporter  72.93 
 
 
452 aa  631  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2772  Gluconate transporter  72.97 
 
 
452 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000382691 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1605  gluconate transporter  73.19 
 
 
452 aa  624  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1571  gluconate transporter  73.19 
 
 
452 aa  624  1e-178  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486424  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2641  gluconate transporter  72.97 
 
 
452 aa  627  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1576  gluconate transporter  73.19 
 
 
452 aa  624  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1771  GntP family permease  71.87 
 
 
452 aa  623  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1471  gluconate transporter  71.21 
 
 
452 aa  622  1e-177  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2778  gluconate transporter  69.67 
 
 
452 aa  620  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.111665 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3133  gluconate transporter  69.96 
 
 
452 aa  615  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517541 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000883  D-glycerate transporter (predicted)  72.21 
 
 
450 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2518  gluconate transporter  72.53 
 
 
452 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.76105  normal  0.0441759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2586  gluconate transporter  72.53 
 
 
452 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0333  permease  73.26 
 
 
450 aa  600  1e-170  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2684  gluconate transporter  72.31 
 
 
452 aa  593  1e-168  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.391578 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1025  gluconate transporter  63.66 
 
 
452 aa  557  1e-157  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1371  gluconate transporter  63.96 
 
 
452 aa  543  1e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.012481 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0464  Gluconate transporter  58.07 
 
 
446 aa  483  1e-135  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26270  H+/gluconate symporter family protein  59.69 
 
 
455 aa  476  1e-133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.830373  normal  0.0576275 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1596  Gluconate transporter  60.04 
 
 
453 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.713961 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0535  gluconate transporter  50.22 
 
 
447 aa  419  1e-116  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.15777  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0895  gluconate transporter  50.44 
 
 
461 aa  404  1e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000913428  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1895  gluconate transporter  52.32 
 
 
447 aa  399  9.999999999999999e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.513788  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1252  gluconate transporter  47.31 
 
 
447 aa  382  1e-105  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00700727  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1137  Gluconate transporter  47.71 
 
 
446 aa  372  1e-102  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0611  GntT protein  44.96 
 
 
462 aa  355  6.999999999999999e-97  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0207  GntP family permease  44.19 
 
 
451 aa  354  2e-96  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000342719  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2104  gluconate transporter  42.63 
 
 
455 aa  345  1e-93  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2187  gluconate transporter  43.99 
 
 
460 aa  335  1e-90  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.432881 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0146  Gluconate transporter  41.22 
 
 
460 aa  332  1e-89  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.000250826  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2739  Gluconate transporter  40.91 
 
 
444 aa  309  5.9999999999999995e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.319275  normal  0.585746 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0790  Gluconate transporter  40.96 
 
 
452 aa  283  4.0000000000000003e-75  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.65446e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3044  Gluconate transporter  39.56 
 
 
444 aa  271  2e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0184086 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3175  gluconate transporter  36.13 
 
 
462 aa  240  5e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0728  gluconate transporter  37.71 
 
 
461 aa  232  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.0000000000179796  normal  0.654044 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3262  Gluconate transporter  36.5 
 
 
482 aa  228  1e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230559  normal  0.0187026 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2455  Gluconate transporter  34.99 
 
 
468 aa  210  4e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.490712  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3102  gluconate transporter GntP  36.11 
 
 
498 aa  207  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3063  GntP  36.11 
 
 
498 aa  207  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.284861 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3034  GntP  36.11 
 
 
498 aa  207  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3118  hypothetical protein  36.11 
 
 
498 aa  207  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.632537  normal  0.0276886 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3222  hypothetical protein  36.11 
 
 
498 aa  207  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0212  gluconate permease  33.79 
 
 
487 aa  198  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1488  inner membrane permease YgbN  34.31 
 
 
456 aa  198  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04754  H+/gluconate symporter  36.1 
 
 
485 aa  195  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1717  permease DsdX  33.55 
 
 
445 aa  195  2e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.761378  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2515  permease DsdX  34.13 
 
 
445 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.873662  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3004  gluconate transporter  35.73 
 
 
464 aa  194  3e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4081  permease DsdX  34.57 
 
 
445 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.657677  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02275  predicted transporter  33.91 
 
 
445 aa  193  5e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1292  gluconate transporter  33.91 
 
 
445 aa  193  5e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2502  permease DsdX  33.91 
 
 
445 aa  193  5e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.667372  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02236  hypothetical protein  33.91 
 
 
445 aa  193  5e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1304  permease DsdX  33.91 
 
 
445 aa  193  5e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.478606  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0556  gluconate transporter  35.43 
 
 
446 aa  192  8e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4026  permease DsdX  34.35 
 
 
445 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4010  permease DsdX  34.35 
 
 
445 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4189  permease DsdX  34.35 
 
 
445 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4131  permease DsdX  34.35 
 
 
445 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0918369  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1996  gluconate transporter  35.68 
 
 
452 aa  192  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3642  gluconate transporter  32.82 
 
 
458 aa  192  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.566289 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5482  gluconate transporter  35.14 
 
 
464 aa  187  4e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0017  GntP family permease  35.63 
 
 
490 aa  186  7e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3111  gluconate transporter  31.63 
 
 
447 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3450  permease DsdX  32.75 
 
 
445 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0925  gluconate transporter  33.33 
 
 
448 aa  184  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5300  gluconate transporter  33.41 
 
 
461 aa  182  7e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2523  gluconate transporter  34.72 
 
 
450 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.365618  normal  0.0854776 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2345  gluconate transporter  34.72 
 
 
450 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0948  gluconate transporter  32.53 
 
 
454 aa  182  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.611813  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3417  gluconate transporter  34.72 
 
 
450 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.442053  normal  0.234684 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3069  gluconate transporter  32.89 
 
 
467 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.384324  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0114  inner membrane permease YgbN  31 
 
 
452 aa  182  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0785  gluconate transporter  33.18 
 
 
460 aa  181  2e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.870466  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3037  inner membrane permease YgbN  32.02 
 
 
454 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4040  gluconate transporter  32.56 
 
 
477 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0972  inner membrane permease YgbN  32.31 
 
 
454 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.177045  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02590  predicted transporter  32.31 
 
 
454 aa  180  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02555  hypothetical protein  32.31 
 
 
454 aa  180  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2554  gluconate transporter  34.32 
 
 
494 aa  180  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00434171  hitchhiker  0.00292422 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2878  inner membrane permease YgbN  32.31 
 
 
454 aa  180  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4774  gluconate transporter  31.96 
 
 
453 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0172668  normal  0.610861 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4018  gluconate transporter  31.39 
 
 
453 aa  179  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.566968  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1892  high-affinity H+/gluconate symporter  31.19 
 
 
437 aa  179  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.328259  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3894  gluconate transporter  31.91 
 
 
487 aa  178  2e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320954  normal  0.0364426 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0108  inner membrane permease YgbN  32.53 
 
 
452 aa  178  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3565  gluconate permease  34.35 
 
 
450 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0134143  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3134  inner membrane permease YgbN  31.87 
 
 
454 aa  177  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26850  gluconate transporter  31.64 
 
 
459 aa  176  6e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2333  Gluconate transporter  31.9 
 
 
468 aa  176  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.626027  normal  0.197447 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0667  gluconate transporter  30.35 
 
 
439 aa  174  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0463  gluconate transporter  31.06 
 
 
485 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308169  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3338  gluconate transporter  34.07 
 
 
450 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.622488  hitchhiker  0.000717013 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5063  gluconate transporter family protein  31.73 
 
 
485 aa  173  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0378  gluconate permease  29.17 
 
 
444 aa  173  5.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00016138  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2786  gluconate transporter  33.12 
 
 
450 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>