More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1307 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4542  ABC transporter permease/ATP-binding protein  70.05 
 
 
610 aa  893    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1348  ABC transporter related  70.05 
 
 
610 aa  895    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.416951  normal  0.150129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2821  ABC transporter related  52.37 
 
 
609 aa  661    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.061143  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2801  ABC transporter related  52.7 
 
 
609 aa  645    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0386861  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3128  ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  52.78 
 
 
609 aa  647    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4091  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  68.09 
 
 
610 aa  890    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0803284  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1451  ABC transporter-related protein  54.17 
 
 
609 aa  660    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.296009  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4049  ABC transporter related  70.05 
 
 
610 aa  897    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2206  ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  53.11 
 
 
612 aa  648    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.52947  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1556  ABC transporter related  52.54 
 
 
609 aa  644    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00693987  normal  0.0222029 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0907  ABC transporter related  71.85 
 
 
610 aa  890    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.657123  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0671  ABC-type multidrug efflux pump, ATP-binding component  52.47 
 
 
607 aa  671    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.123836  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2782  ABC transporter related  52.39 
 
 
618 aa  643    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.292223 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3827  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter  67.59 
 
 
610 aa  882    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal  0.0157718 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1621  ABC transporter related  53.19 
 
 
618 aa  645    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0907741  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0836  ABC transporter related  72.01 
 
 
610 aa  893    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.181434  normal  0.584452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1427  ABC transporter-like  69.23 
 
 
610 aa  870    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.582294  normal  0.104251 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0739  ABC transporter related  54.63 
 
 
613 aa  637    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.327273  normal  0.0543304 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1419  ABC transporter related  53.27 
 
 
609 aa  645    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00302849  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3836  ABC transporter related  70.21 
 
 
610 aa  898    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.643944 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00688  multidrug resistance ABC transporter ATP-binding and permease protein  52.28 
 
 
613 aa  647    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0450616  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1674  ABC transporter related  58.59 
 
 
610 aa  758    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0526  TonB-dependent receptor  53.78 
 
 
608 aa  651    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1494  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  53.44 
 
 
630 aa  637    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.283216  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0242  ABC transporter, ATP-binding protein  53.1 
 
 
706 aa  654    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0942  ABC transporter related  54.62 
 
 
622 aa  659    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2532  ABC transporter related  51.8 
 
 
609 aa  644    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00690658  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1307  ABC transporter related  100 
 
 
611 aa  1230    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.556896 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2516  ABC transporter-related protein  71.19 
 
 
610 aa  896    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.584837  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2498  ABC transporter related  52.37 
 
 
609 aa  656    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.896627  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3046  ABC transporter related  51.89 
 
 
618 aa  640    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.752635 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2941  ABC transporter related  52.7 
 
 
609 aa  644    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.417973  normal  0.0292535 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2905  ABC transporter-related protein  53.52 
 
 
609 aa  677    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.564374  normal  0.291067 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1898  putative ABC transporter ATP-binding protein/permease  72.01 
 
 
610 aa  907    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0761429  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0591  ABC transporter related  52.77 
 
 
613 aa  657    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0415751  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1457  ABC transporter related  52.13 
 
 
609 aa  639    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.162011  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2173  ABC transporter related  54.5 
 
 
616 aa  643    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001027  ABC transporter ATP-binding protein  52.79 
 
 
616 aa  664    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1366  ABC transporter related  53.1 
 
 
609 aa  650    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00434177  normal  0.0240824 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1431  ABC transporter related  52.78 
 
 
609 aa  663    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1742  ABC transporter related  53.19 
 
 
609 aa  662    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.394506 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2713  ABC transporter related  51.15 
 
 
609 aa  639    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00697822  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1235  ABC transporter related  68.03 
 
 
610 aa  827    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0197069  normal  0.341484 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07111  hypothetical protein  53.28 
 
 
612 aa  674    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22440  putative ATP-binding/permease fusion ABC transporter  71.19 
 
 
610 aa  899    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000108745 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04842  ABC transporter ATP-binding protein  67.05 
 
 
610 aa  828    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1768  ABC transporter related  51.64 
 
 
622 aa  635    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7080  ABC transporter related  54.08 
 
 
621 aa  630  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.161763  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1543  ABC transporter related  52.79 
 
 
617 aa  631  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.103422 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0113  ABC transporter related  54.2 
 
 
619 aa  629  1e-179  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0691  ABC transporter ATP-binding protein  50.9 
 
 
609 aa  622  1e-177  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3213  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  50.41 
 
 
619 aa  620  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2185  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  52.46 
 
 
617 aa  618  1e-176  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0907357 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2579  putative hemolysin secretion ATP-binding protein  50.49 
 
 
611 aa  609  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000689381  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6225  ABC transporter related  52.81 
 
 
624 aa  611  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.942723  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1204  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  50.41 
 
 
614 aa  601  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494984  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2865  ABC transporter related  50.08 
 
 
614 aa  598  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.148905  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0462  ABC transporter related  51.97 
 
 
621 aa  592  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.482953  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0860  ABC transporter related  48.22 
 
 
621 aa  595  1e-168  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000519067  hitchhiker  0.000174676 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3490  ATPase  48.36 
 
 
614 aa  591  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3044  ABC transporter related  50.49 
 
 
637 aa  590  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.989361  normal  0.444628 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2642  ABC transporter related  49.26 
 
 
614 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.988853  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0677  ABC transporter related  51.72 
 
 
618 aa  585  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.021842  normal  0.0281361 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2780  ABC transporter related  50.16 
 
 
637 aa  586  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.808568 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001285  putative hemolysin secretion ATP-binding protein  49.15 
 
 
603 aa  585  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000363731  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1666  ABC transporter related  50.74 
 
 
613 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.66549  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0665  ABC transporter related  51.72 
 
 
646 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.308501 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2135  ABC transporter-related protein  50.08 
 
 
630 aa  584  1.0000000000000001e-165  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180328 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0644  ABC transporter related  51.23 
 
 
646 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.601366 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3611  ABC transporter related  51.46 
 
 
626 aa  578  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2721  ABC transporter related  49.92 
 
 
615 aa  581  1e-164  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.244444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2892  ABC transporter related  49.26 
 
 
612 aa  580  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2089  ABC transporter related  50.74 
 
 
613 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.240835  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2928  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter  49.67 
 
 
617 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.398164  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1487  ABC transporter related  49.76 
 
 
609 aa  576  1.0000000000000001e-163  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3071  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  49.59 
 
 
619 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0688673  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1740  ABC transporter related  50.33 
 
 
609 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0539083  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1542  ABC transporter related  49.43 
 
 
621 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.264596  normal  0.178862 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1622  ABC transporter related  48.46 
 
 
621 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.327918  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1214  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  51.64 
 
 
609 aa  569  1e-161  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.346057  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2848  ABC transporter-related protein  49.84 
 
 
611 aa  569  1e-161  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.934041  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2245  ABC transporter, transmembrane region  49.75 
 
 
619 aa  571  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.20584  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6620  ABC transporter related  48.77 
 
 
617 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.349027  normal  0.153247 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5775  ABC transporter related  48.93 
 
 
617 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.832359  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1588  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  47.95 
 
 
612 aa  568  1e-160  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6140  ABC transporter related  48.93 
 
 
617 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.660679 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1441  ABC transporter related  49.43 
 
 
618 aa  565  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.73054 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2169  ABC transporter related  49.75 
 
 
617 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3223  ABC transporter related  51.3 
 
 
620 aa  562  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2628  ABC transporter ATP-binding protein  49.51 
 
 
658 aa  561  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2598  ABC transporter related  45.85 
 
 
618 aa  560  1e-158  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2985  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  45.85 
 
 
618 aa  560  1e-158  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.720786  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7674  ABC efflux pump, ATPase subunit  48.6 
 
 
617 aa  561  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.22456  normal  0.131905 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2131  ABC transporter related  49.34 
 
 
617 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3203  ABC transporter related  49.17 
 
 
617 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3208  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  49.27 
 
 
625 aa  557  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333533  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1493  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  47.64 
 
 
621 aa  557  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.246296  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0108  ABC transporter related  46.67 
 
 
636 aa  553  1e-156  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.366198  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0082  ABC transporter related  47.95 
 
 
614 aa  546  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6066  ABC transporter related  48.44 
 
 
617 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0549196  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>