45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1197 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4871  hypothetical protein  71.31 
 
 
617 aa  907    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.398747  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1197  hypothetical protein  100 
 
 
617 aa  1249    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168598  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0709  hypothetical protein  71.14 
 
 
617 aa  889    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.740824  normal  0.0355501 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60580  hypothetical protein  74.03 
 
 
618 aa  923    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.73851 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5220  hypothetical protein  74.19 
 
 
618 aa  925    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0710  hypothetical protein  72.03 
 
 
617 aa  889    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0398425  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4507  hypothetical protein  71.15 
 
 
617 aa  903    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766692  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40880  hypothetical protein  70.97 
 
 
620 aa  880    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.276542  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4261  hypothetical protein  70.87 
 
 
617 aa  911    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.965638  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4587  hypothetical protein  71.2 
 
 
617 aa  904    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.279648  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0678  hypothetical protein  71.48 
 
 
620 aa  894    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760375  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2797  hypothetical protein  40.73 
 
 
619 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3342  hypothetical protein  39.71 
 
 
622 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2201  hypothetical protein  38.4 
 
 
629 aa  369  1e-101  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2920  hypothetical protein  38.02 
 
 
648 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000352229 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1333  hypothetical protein  36.96 
 
 
625 aa  325  1e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00123258 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0538  hypothetical protein  34.27 
 
 
631 aa  310  4e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0544605  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1998  hypothetical protein  33.33 
 
 
600 aa  307  5.0000000000000004e-82  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000836402  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0551  hypothetical protein  34.4 
 
 
630 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000916398 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2382  hypothetical protein  34.9 
 
 
642 aa  272  2e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000248399  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2012  hypothetical protein  35.41 
 
 
678 aa  265  2e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0062  hypothetical protein  35.93 
 
 
668 aa  250  6e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.554758  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0046  hypothetical protein  35.02 
 
 
664 aa  249  9e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0050  hypothetical protein  35.57 
 
 
665 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0248559  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0047  hypothetical protein  35.98 
 
 
645 aa  241  4e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.384755 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2037  hypothetical protein  27.12 
 
 
718 aa  202  9.999999999999999e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1756  hypothetical protein  26.43 
 
 
720 aa  200  7e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0513  hypothetical protein  26.49 
 
 
670 aa  194  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.975602 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3811  hypothetical protein  26.19 
 
 
636 aa  177  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0654806  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3805  hypothetical protein  26.03 
 
 
615 aa  157  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1465  hypothetical protein  26.58 
 
 
618 aa  143  9.999999999999999e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1790  hypothetical protein  27.36 
 
 
598 aa  63.5  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.460878 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0106  hypothetical protein  27.83 
 
 
653 aa  61.2  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00855  hypothetical protein  26.29 
 
 
623 aa  59.7  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00443533  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06072  hypothetical protein  26.29 
 
 
623 aa  59.7  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00242349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5024  hypothetical protein  24.38 
 
 
653 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.551196 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5469  hypothetical protein  28.74 
 
 
653 aa  57.4  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01810  hypothetical protein  29.76 
 
 
664 aa  56.2  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.925728  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6262  hypothetical protein  29.33 
 
 
652 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72110  hypothetical protein  29.33 
 
 
652 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0201799  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4438  hypothetical protein  25.26 
 
 
651 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0165  hypothetical protein  28.12 
 
 
648 aa  53.9  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5078  hypothetical protein  26.61 
 
 
652 aa  53.9  0.000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00574905 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0167  hypothetical protein  25.14 
 
 
648 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.753668 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0149  hypothetical protein  25.14 
 
 
651 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0399959 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>