70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0996 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0996  hypothetical protein  100 
 
 		 294 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000003663  unclonable  1.3879200000000002e-18 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4684  hypothetical protein  62 
 
 		 294 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139338  unclonable  2.48633e-16 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4550  hypothetical protein  59.33 
 
 		 294 aa  328  9e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000869359  decreased coverage  0.0000000103556 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42580  iron(III) ABC transporter  60.2 
 
 		 308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00000751196  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4686  hypothetical protein  59 
 
 		 294 aa  322  5e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0433823  hitchhiker  0.00020282 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62270  hypothetical protein  56.12 
 
 		 295 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118549  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0748  hypothetical protein  59.29 
 
 		 295 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345483  decreased coverage  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5421  hypothetical protein  57.34 
 
 		 293 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00114595  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4797  hypothetical protein  55.97 
 
 		 283 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000115582  unclonable  0.0000208152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3469  hypothetical protein  53.82 
 
 		 284 aa  261  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0118  CjrA  46.35 
 
 		 283 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0170  TonB-dependent colicin lipoprotein, putative  32.27 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1052  chain X  26.71 
 
 		 282 aa  132  6.999999999999999e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0652  hypothetical protein  37.4 
 
 		 274 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2981  hypothetical protein  33.67 
 
 		 359 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.485349  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3071  protein of unknown function DUF399  33.67 
 
 		 342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4787  protein of unknown function DUF399  33.74 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2390  protein of unknown function DUF399  35.95 
 
 		 266 aa  113  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.898186  normal  0.287732 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0511  protein of unknown function DUF399  33.1 
 
 		 322 aa  109  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3179  protein of unknown function DUF399  34 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0322303  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0610  hypothetical protein  32.3 
 
 		 314 aa  106  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1104  hypothetical protein  34.9 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1999  hypothetical protein  32.81 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000468995 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0298  hypothetical protein  33.88 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0441  hypothetical protein  31.79 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.946293 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3428  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.243183  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3583  hypothetical protein  30.43 
 
 		 278 aa  87.4  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2937  hypothetical protein  30.17 
 
 		 368 aa  82.4  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.302758 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0430  hypothetical protein  31.71 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0421  protein of unknown function DUF399  30.71 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.950596  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2253  hypothetical protein  31.46 
 
 		 275 aa  69.7  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.558397  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0349  hypothetical protein  26.14 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000148498 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3139  hypothetical protein  33.83 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1623  hypothetical protein  27.1 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1760  protein of unknown function DUF399  23.85 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0505659  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0483  hypothetical protein  30.88 
 
 		 275 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0548  protein of unknown function DUF399  26.16 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.79129 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1083  protein of unknown function DUF399  30.24 
 
 		 386 aa  65.9  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0534  protein of unknown function DUF399  25.74 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0011  hypothetical protein  24.64 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.113943  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0907  protein of unknown function DUF399  25.36 
 
 		 426 aa  64.3  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0724996  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0707  hypothetical protein  30.65 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1702  protein of unknown function DUF399  31.21 
 
 		 411 aa  63.9  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0381555  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0600  hypothetical protein  30.52 
 
 		 275 aa  63.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.294866  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2488  protein of unknown function DUF399  24.33 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0117  hypothetical protein  25.9 
 
 		 376 aa  62  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2977  hypothetical protein  27.69 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2382  PDZ/DHR/GLGF  28.25 
 
 		 436 aa  60.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2732  hypothetical protein  27.57 
 
 		 390 aa  60.5  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.196703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3354  protein of unknown function DUF399  27.43 
 
 		 426 aa  58.5  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.331777 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1775  hypothetical protein  25.81 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.331054  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0457  hypothetical protein  29.77 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1114  hypothetical protein  25.32 
 
 		 285 aa  55.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3346  protein of unknown function DUF399  23.99 
 
 		 411 aa  52.4  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.655162  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1587  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  29.91 
 
 		 395 aa  52.4  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.397404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1026  hypothetical protein  25.98 
 
 		 258 aa  50.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.823473  normal  0.048424 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3472  hypothetical protein  27.51 
 
 		 310 aa  51.2  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1357  hypothetical protein  25.4 
 
 		 400 aa  50.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.690238  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1590  hypothetical protein  26.12 
 
 		 325 aa  49.3  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1736  hypothetical protein  25.95 
 
 		 309 aa  48.5  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.317889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1815  protein of unknown function DUF399  26.12 
 
 		 280 aa  46.6  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0316353 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1409  hypothetical protein  25 
 
 		 285 aa  46.2  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776677 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002904  uncharacterized iron-regulated protein  26.79 
 
 		 315 aa  45.8  0.0009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2756  protein of unknown function DUF399  25.95 
 
 		 292 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6096  protein of unknown function DUF399  32.28 
 
 		 297 aa  45.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.939733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0868  putative lipoprotein  24.24 
 
 		 312 aa  43.9  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.295521  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1023  hypothetical protein  27.78 
 
 		 269 aa  43.5  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0135  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  26.44 
 
 		 454 aa  43.5  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0450111 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4646  protein of unknown function DUF399  30.83 
 
 		 400 aa  43.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.342836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03054  hypothetical protein  26.21 
 
 		 315 aa  43.1  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>