More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0787 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0787  1-phosphofructokinase  100 
 
 
306 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.347436  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12200  1-phosphofructokinase  75.33 
 
 
308 aa  444  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.378131  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0794  PfkB  61.22 
 
 
313 aa  368  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0909395  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4399  1-phosphofructokinase  61.86 
 
 
315 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0828  1-phosphofructokinase  60.9 
 
 
315 aa  358  6e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.904747 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0817  1-phosphofructokinase  59.94 
 
 
315 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0794  1-phosphofructokinase  59.62 
 
 
315 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0702264  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0955  1-phosphofructokinase  58.65 
 
 
313 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0822  1-phosphofructokinase  58.97 
 
 
313 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.866329  normal  0.0627299 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18260  1-phosphofructokinase  57.69 
 
 
314 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00550374  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1584  1-phosphofructokinase  57.69 
 
 
315 aa  331  1e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0450  1-phosphofructokinase  44.52 
 
 
317 aa  257  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05959  1-phosphofructokinase  43.55 
 
 
324 aa  252  6e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000223  1-phosphofructokinase  42.95 
 
 
323 aa  249  4e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3552  1-phosphofructokinase  41.64 
 
 
313 aa  241  1e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0091  1-phosphofructokinase  42.68 
 
 
325 aa  239  4e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.720236  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2647  PfkB  47.15 
 
 
322 aa  239  5.999999999999999e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150018  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1925  1-phosphofructokinase  44.01 
 
 
312 aa  238  8e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0601047  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1653  1-phosphofructokinase  43.69 
 
 
312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000747305  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3229  1-phosphofructokinase  44.84 
 
 
313 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000483919 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2328  1-phosphofructokinase  44.34 
 
 
312 aa  219  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0795  1-phosphofructokinase  44.48 
 
 
312 aa  219  6e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000412726  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02097  1-phosphofructokinase  44.48 
 
 
312 aa  219  7e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00508947  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1490  1-phosphofructokinase  44.48 
 
 
312 aa  219  7e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119891  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2315  1-phosphofructokinase  44.48 
 
 
312 aa  219  7e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000477642  hitchhiker  0.000599069 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02056  hypothetical protein  44.48 
 
 
312 aa  219  7e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1480  1-phosphofructokinase  44.48 
 
 
312 aa  219  7e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00345053  unclonable  0.000000014871 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3304  1-phosphofructokinase  44.48 
 
 
312 aa  219  7e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000243379  normal  0.0139965 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2305  1-phosphofructokinase  44.48 
 
 
312 aa  219  7e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000269227  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2353  1-phosphofructokinase  44.34 
 
 
312 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000249505  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2444  1-phosphofructokinase  44.34 
 
 
312 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00105747  normal  0.37193 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2397  1-phosphofructokinase  44.34 
 
 
312 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.296088  hitchhiker  0.000165824 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2555  1-phosphofructokinase  44.34 
 
 
312 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0672567  hitchhiker  0.000484792 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1525  1-phosphofructokinase  44.01 
 
 
312 aa  218  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0144942  normal  0.0682972 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2763  1-phosphofructokinase  44.01 
 
 
312 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0176318  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2425  1-phosphofructokinase  44.01 
 
 
312 aa  218  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2441  1-phosphofructokinase  44.34 
 
 
312 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.151265  hitchhiker  0.00000493552 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2682  1-phosphofructokinase  44.01 
 
 
312 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000785688  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2762  1-phosphofructokinase  44.16 
 
 
312 aa  217  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2465  1-phosphofructokinase  44.34 
 
 
312 aa  217  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000474355  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0576  1-phosphofructokinase  33.98 
 
 
310 aa  186  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000336585  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0188  1-phosphofructokinase  40.84 
 
 
317 aa  185  7e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1971  PfkB  40.13 
 
 
327 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.808112  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4713  1-phosphofructokinase  36.69 
 
 
330 aa  179  7e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2174  1-phosphofructokinase  38.66 
 
 
326 aa  176  4e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0641  1-phosphofructokinase  34.31 
 
 
311 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.021814  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2896  1-phosphofructokinase  37.42 
 
 
322 aa  169  5e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.931372  hitchhiker  0.00747036 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0012  1-phosphofructokinase  37.36 
 
 
308 aa  169  6e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00179205  unclonable  0.0000000067569 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2744  1-phosphofructokinase  37.18 
 
 
318 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656221  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1188  1-phosphofructokinase  39.55 
 
 
315 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.95293  normal  0.994697 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0434  1-phosphofructokinase  42.28 
 
 
328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.89166  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1787  1-phosphofructokinase  41.7 
 
 
328 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.661815  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00488  1-phosphofructokinase  39.22 
 
 
318 aa  161  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1252  1-phosphofructokinase  34.95 
 
 
312 aa  160  3e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3109  1-phosphofructokinase  35.24 
 
 
318 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2862  1-phosphofructokinase protein  35.46 
 
 
316 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.558464  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0147  1-phosphofructokinase  36.26 
 
 
315 aa  155  9e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110184  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1715  1-phosphofructokinase  38.06 
 
 
310 aa  154  1e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0124399  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0611  1-phosphofructokinase  41.26 
 
 
328 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1956  tagatose-6-phosphate kinase  30.23 
 
 
310 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000247641  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2031  1-phosphofructokinase  40.74 
 
 
318 aa  153  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.832407  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1793  tagatose-6-phosphate kinase  31.54 
 
 
310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.354584  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1268  1-phosphofructokinase  36.3 
 
 
314 aa  152  8e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.955109  normal  0.500032 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0650  1-phosphofructokinase  28.9 
 
 
307 aa  152  8.999999999999999e-36  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0175  1-phosphofructokinase  29.93 
 
 
306 aa  151  2e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2395  1-phosphofructokinase  33.46 
 
 
303 aa  150  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.378006  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1788  1-phosphofructokinase  30 
 
 
311 aa  149  8e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.468548  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2650  1-phosphofructokinase  35.54 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1069  1-phosphofructokinase  29.55 
 
 
311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1834  ribokinase-like domain-containing protein  32.04 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0686  1-phosphofructokinase  31.21 
 
 
316 aa  146  3e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.020594  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22720  tagatose-6-phosphate kinase, phosphofructokinase I  33.12 
 
 
315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.727681  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0138  1-phosphofructokinase  33.22 
 
 
318 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3564  1-phosphofructokinase  31.9 
 
 
303 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0892785  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3463  1-phosphofructokinase  31.54 
 
 
303 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00127204  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3847  1-phosphofructokinase  31.9 
 
 
303 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000858241  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3727  1-phosphofructokinase  31.9 
 
 
303 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5453300000000002e-26 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3477  1-phosphofructokinase  30.79 
 
 
303 aa  143  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000168948  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3817  1-phosphofructokinase  31.9 
 
 
303 aa  143  4e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00128432  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3768  1-phosphofructokinase  30.79 
 
 
303 aa  143  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3183  ribokinase-like domain-containing protein  38.97 
 
 
318 aa  142  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1485  1-phosphofructokinase  31.9 
 
 
303 aa  142  7e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.211736  normal  0.0136163 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1511  1-phosphofructokinase  31.52 
 
 
303 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000166616  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3483  1-phosphofructokinase  30.82 
 
 
303 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.622893  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1715  1-phosphofructokinase  32.26 
 
 
324 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0907  1-phosphofructokinase  36.12 
 
 
349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.364327  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3745  1-phosphofructokinase  31.02 
 
 
303 aa  140  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0550156  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0611  tagatose-6-phosphate kinase  30.19 
 
 
311 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0078  1-phosphofructokinase  30.91 
 
 
308 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1873  1-phosphofructokinase  30.99 
 
 
320 aa  139  6e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00509321 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1776  1-phosphofructokinase  28.25 
 
 
308 aa  139  6e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2664  1-phosphofructokinase  35.14 
 
 
321 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.877221  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1351  ribokinase-like domain-containing protein  30.1 
 
 
309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1128  carbohydrate kinase, PfkB family  30.41 
 
 
310 aa  136  4e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2218  1-phosphofructokinase  38.06 
 
 
321 aa  136  5e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.023683  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3759  1-phosphofructokinase  29.08 
 
 
304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0739  1-phosphofructokinase  26.62 
 
 
306 aa  135  8e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0723  1-phosphofructokinase  26.62 
 
 
306 aa  135  8e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2110  1-phosphofructokinase  25.72 
 
 
311 aa  135  8e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1907  tagatose-6-phosphate kinase  28.12 
 
 
307 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.961969  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>