90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0663 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0663  HupE/UreJ protein  100 
 
 		 190 aa  358  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.32608  normal  0.0353183 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0560  HupE/UreJ protein  73.02 
 
 		 190 aa  251  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4912  urease accessory protein, putative  72.49 
 
 		 190 aa  229  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5617  hypothetical protein  75 
 
 		 190 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64680  hypothetical protein  76.47 
 
 		 190 aa  218  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0396536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4454  HupE/UreJ protein  70 
 
 		 190 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2876  HupE/UreJ protein  56.7 
 
 		 194 aa  179  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0960  HupE/UreJ protein  48.11 
 
 		 194 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0395  HupE/UreJ protein  46.82 
 
 		 192 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347304  normal  0.406165 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0396  HupE/UreJ protein  46.82 
 
 		 192 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1164  HupE/UreJ protein  47.7 
 
 		 194 aa  138  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1763  HupE/UreJ protein  45.31 
 
 		 188 aa  138  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.353058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3578  HupE/UreJ protein  46.82 
 
 		 192 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.567629  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3629  HupE/UreJ protein  46.24 
 
 		 192 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0223294  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4304  hypothetical protein  46.24 
 
 		 191 aa  137  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4085  HupE/UreJ protein  45.56 
 
 		 192 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00450512 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3892  HupE/UreJ protein  45.56 
 
 		 192 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430028 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3969  HupE/UreJ protein  45.56 
 
 		 192 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3991  HupE/UreJ protein  45 
 
 		 192 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50400  HupE/UreJ protein  50.3 
 
 		 187 aa  132  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4125  urease accessory protein UreJ  43.53 
 
 		 192 aa  132  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.4167 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0830  urease accessory protein  45.56 
 
 		 202 aa  131  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768034  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0886  HupE/UreJ protein  42.47 
 
 		 194 aa  130  9e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.219262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1158  HupE/UreJ protein  50 
 
 		 197 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160824  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3268  urease accessory protein  47.56 
 
 		 192 aa  126  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232463  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1210  HupE/UreJ protein  48.26 
 
 		 186 aa  125  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0327  HupE/UreJ protein  43.16 
 
 		 191 aa  124  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.994931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2281  HupE/UreJ protein  45.79 
 
 		 203 aa  124  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6538  HupE/UreJ protein  43.75 
 
 		 199 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.436397  normal  0.193844 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0959  HupE/UreJ protein  46.83 
 
 		 211 aa  121  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.355166  normal  0.073414 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3799  HupE/UreJ protein  42.31 
 
 		 198 aa  121  7e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.414571  normal  0.346057 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2989  HupE/UreJ protein  44.16 
 
 		 191 aa  118  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.231706  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1166  HupE/UreJ protein  48.45 
 
 		 194 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.232797  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0164  nickel-iron hydrogenase, accessory protein  45.6 
 
 		 192 aa  118  6e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3272  urease accessory protein UreJ  43.59 
 
 		 194 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5823  HupE/UreJ protein  50.76 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0479  hydrogenase/urease accessory protein  45.12 
 
 		 166 aa  114  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230165  normal  0.16849 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1863  HupE/UreJ protein  45.26 
 
 		 205 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.867351  normal  0.454948 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2034  urease accessory UREJ transmembrane protein  45.26 
 
 		 205 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.159278  normal  0.357302 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5001  HupE/UreJ protein  46.34 
 
 		 192 aa  113  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.66529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6126  HupE/UreJ protein  45.35 
 
 		 199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549865  normal  0.331316 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5085  HupE/UreJ protein  49.23 
 
 		 202 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.893105  normal  0.0304442 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2123  HupE/UreJ protein  46.11 
 
 		 203 aa  108  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3943  HupE/UreJ protein  56.46 
 
 		 193 aa  108  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.788882  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5110  HupE/UreJ protein  47.06 
 
 		 199 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.774333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4241  HupE/UreJ protein  46.7 
 
 		 199 aa  107  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2290  HupE/UreJ protein  44.21 
 
 		 192 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202641  normal  0.223499 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2188  HupE/UreJ protein  47.73 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.382919 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3099  HupE/UreJ protein  45.81 
 
 		 194 aa  105  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0993  HupE/UreJ protein  45.05 
 
 		 203 aa  106  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614894  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2682  HupE/UreJ protein  43.75 
 
 		 194 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.669277  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3747  HupE/UreJ protein  46.07 
 
 		 199 aa  102  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4087  HupE/UreJ protein  38.97 
 
 		 200 aa  101  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.248426  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2186  HupE/UreJ protein  45.26 
 
 		 205 aa  99.8  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.114509 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3374  hypothetical protein  45.09 
 
 		 193 aa  99.8  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.215673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1290  hypothetical protein  45.57 
 
 		 197 aa  98.6  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0362901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2301  HupE/UreJ protein  44.38 
 
 		 201 aa  98.2  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2148  HupE/UreJ protein  41.67 
 
 		 191 aa  98.2  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.140678  normal  0.213077 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0497  HupE/UreJ accessory protein  41.15 
 
 		 191 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1265  urease accessory protein UreJ  42.61 
 
 		 189 aa  95.9  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3100  HupE/UreJ protein  41.61 
 
 		 199 aa  95.1  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1296  HupE/UreJ protein  46.81 
 
 		 245 aa  94.7  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00297181  normal  0.49975 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2825  HupE/UreJ protein  43.27 
 
 		 196 aa  94.7  8e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.324254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1184  HupE/UreJ protein  42.35 
 
 		 203 aa  94.4  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2438  HupE/UreJ protein  41.62 
 
 		 195 aa  93.2  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3245  urease accessory protein UreJ  36.69 
 
 		 195 aa  92.8  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0829  urease accessory protein  41.36 
 
 		 222 aa  92.4  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1973  HupE/UreJ protein  43.12 
 
 		 196 aa  92  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.374971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3527  HupE/UreJ protein  45.57 
 
 		 197 aa  90.1  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1195  HupE/UreJ protein  34.04 
 
 		 210 aa  85.9  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.108904  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0333  HupE/UreJ protein  39.49 
 
 		 195 aa  83.6  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.836087  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3803  HupE/UreJ protein  52.52 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0577478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0180  HupE/UreJ protein  45.18 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.683623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0976  HupE/UreJ protein  43.96 
 
 		 197 aa  77.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1374  membrane-bound hydrogenase component hupE  47.02 
 
 		 194 aa  77.8  0.00000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00671086  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1218  hypothetical protein  34.07 
 
 		 208 aa  73.9  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2580  HupE/UreJ protein  43.85 
 
 		 195 aa  68.9  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2842  HupE/UreJ protein  40.54 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2847  HupE/UreJ protein  40.54 
 
 		 181 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1373  hydrogenase accessory protein  36.56 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.695906  normal  0.247708 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2933  HupE/UreJ protein  38.78 
 
 		 181 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.629521  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04450  nickel transporter for carbon monoxide dehydrogenase, HupE/UreJ family  57.52 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0761175  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1026  HupE/UreJ protein  29.14 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2419  HupE/UreJ protein  39.87 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00415524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2139  HupE/UreJ protein  28.57 
 
 		 221 aa  55.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2095  HupE/UreJ protein  29.06 
 
 		 221 aa  55.1  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4228  HupE/UreJ protein  37.5 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5052  HupE/UreJ protein  32.04 
 
 		 211 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.864731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3141  hypothetical protein  37.4 
 
 		 210 aa  42.4  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0344917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1728  HupE/UreJ protein  40.14 
 
 		 208 aa  41.6  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>