39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0566 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0566  appr-1-p processing domain-containing protein  100 
 
 		 360 aa  739    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00315958  decreased coverage  0.00000000000000126999 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5129  hypothetical protein  77.78 
 
 		 362 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0910  appr-1-p processing domain-containing protein  73.45 
 
 		 356 aa  534  1e-150  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.998324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0862  Appr-1-p processing domain protein  63.74 
 
 		 355 aa  463  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0503  appr-1-p processing domain-containing protein  60.91 
 
 		 362 aa  429  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3529  appr-1-p processing domain-containing protein  41.53 
 
 		 346 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3594  Appr-1-p processing domain protein  41.1 
 
 		 351 aa  249  7e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000210462  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0936  Appr-1-p processing domain protein  38.69 
 
 		 349 aa  245  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1715  appr-1-p processing domain-containing protein  41.54 
 
 		 397 aa  240  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00091392  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2099  Appr-1-p processing domain protein  42.42 
 
 		 345 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000167345  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2929  appr-1-p processing domain-containing protein  38.12 
 
 		 345 aa  236  5.0000000000000005e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000529825  hitchhiker  0.000428474 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0161  appr-1-p processing domain-containing protein  37.74 
 
 		 353 aa  232  9e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.133487  decreased coverage  0.000000361839 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0297  appr-1-p processing domain-containing protein  43.44 
 
 		 354 aa  232  1e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114927  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2198  Appr-1-p processing domain protein  37.88 
 
 		 351 aa  231  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10059  hypothetical protein  37.16 
 
 		 352 aa  231  2e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  5.2281899999999994e-51  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5541  Appr-1-p processing domain protein  39.14 
 
 		 357 aa  228  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0616045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1489  Appr-1-p processing protein  39.89 
 
 		 331 aa  224  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000625886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1468  hypothetical protein  34.33 
 
 		 353 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0391  hypothetical protein, ADP-ribose binding protein  31.72 
 
 		 341 aa  157  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2355  appr-1-p processing domain-containing protein  49.24 
 
 		 150 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1660  Appr-1-p processing domain protein  45.53 
 
 		 242 aa  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000103868  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1300  hypothetical protein  44.54 
 
 		 136 aa  94.7  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1810  Appr-1-p processing enzyme  33.17 
 
 		 254 aa  83.6  0.000000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.12645  normal  0.175893 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1158  hypothetical protein  32.12 
 
 		 392 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0073  hypothetical protein  29.75 
 
 		 393 aa  79  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000146563  unclonable  0.00000000120063 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2730  Appr-1-p processing domain protein  29.73 
 
 		 163 aa  65.5  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000300309  hitchhiker  0.00298668 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0142  hypothetical protein  27.63 
 
 		 158 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4398  Appr-1-p processing domain protein  28.67 
 
 		 146 aa  60.5  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41970  hypothetical protein  27.74 
 
 		 168 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3562  hypothetical protein  27.1 
 
 		 168 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4411  Appr-1-p processing domain protein  29.23 
 
 		 152 aa  48.1  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0191  Appr-1-p processing domain protein  29.66 
 
 		 341 aa  48.1  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_49619  predicted protein  32.22 
 
 		 173 aa  46.6  0.0006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.624995  normal  0.141248 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1160  appr-1-p processing domain-containing protein  28.1 
 
 		 167 aa  46.2  0.0009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.429654  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0960  Appr-1-p processing  24.19 
 
 		 179 aa  46.2  0.0009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0081  hypothetical protein  24.77 
 
 		 190 aa  45.4  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.71142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3357  Appr-1-p processing domain protein  27.46 
 
 		 162 aa  45.4  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0749  appr-1-p processing domain-containing protein  24.36 
 
 		 156 aa  43.9  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.470987  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3492  Appr-1-p processing domain protein  26.43 
 
 		 179 aa  43.1  0.007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>