More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0425 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0425  recA protein  100 
 
 		 348 aa  710    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3430  recombinase A  76.79 
 
 		 357 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3117  recombinase A  74.86 
 
 		 355 aa  537  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3126  recombinase A  74.86 
 
 		 355 aa  537  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1125  recombinase A  76.79 
 
 		 357 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1196  recombinase A  76.79 
 
 		 357 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1248  recombinase A  74.86 
 
 		 355 aa  537  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000030102 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2747  recombinase A  76.79 
 
 		 357 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02549  recombinase A  77.71 
 
 		 353 aa  534  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3946  recombinase A  77.71 
 
 		 353 aa  534  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44116  normal  0.835205 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02514  hypothetical protein  77.71 
 
 		 353 aa  534  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0302057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3269  recombinase A  74.86 
 
 		 355 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2835  recombinase A  77.71 
 
 		 353 aa  534  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0246819  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1208  recombinase A  76.42 
 
 		 353 aa  535  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2822  recombinase A  77.71 
 
 		 353 aa  534  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0783343  decreased coverage  0.0000036093 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3178  recombinase A  77.71 
 
 		 353 aa  534  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0943419  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2983  recombinase A  77.71 
 
 		 353 aa  534  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0313902  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1013  recombinase A  77.71 
 
 		 353 aa  534  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.580458  unclonable  0.0000000301114 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0990  recA protein  77.41 
 
 		 353 aa  531  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000616835  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3031  recombinase A  77.41 
 
 		 353 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00473022  hitchhiker  0.000967818 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3213  recombinase A  77.08 
 
 		 357 aa  533  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.996939  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3015  recombinase A  77.41 
 
 		 353 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  decreased coverage  0.0000000499102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2980  recombinase A  77.41 
 
 		 353 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.200628  decreased coverage  0.0000974758 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2948  recombinase A  77.41 
 
 		 353 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1114  recombinase A  75.22 
 
 		 357 aa  532  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1126  recombinase A  77.68 
 
 		 357 aa  532  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3138  recombinase A  77.41 
 
 		 353 aa  531  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000383703 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3375  recombinase A  75.15 
 
 		 356 aa  528  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376283  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3240  recombinase A  75.15 
 
 		 356 aa  529  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.245303  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1195  recombinase A  76.76 
 
 		 355 aa  528  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.111178  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0981  recA protein  77.81 
 
 		 358 aa  528  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1062  recombinase A  74.42 
 
 		 354 aa  530  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1046  recombinase A  77.37 
 
 		 355 aa  530  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.558521 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0901  recombinase A  75.15 
 
 		 356 aa  528  1e-149  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.741416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3015  recombinase A  77.06 
 
 		 347 aa  524  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.514179  hitchhiker  0.000000000000973321 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1378  recombinase A  74.93 
 
 		 354 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0217782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0996  recA protein  76.6 
 
 		 363 aa  525  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.579129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1175  recombinase A  73.93 
 
 		 352 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214888 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3174  recombinase A  73.58 
 
 		 352 aa  527  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0591186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0841  recombinase A  80.71 
 
 		 353 aa  525  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0280148  unclonable  0.0000000182986 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0634  recombinase A  75.91 
 
 		 347 aa  523  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.139362  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4033  recA protein  76.49 
 
 		 354 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0070  recombinase A  73.2 
 
 		 354 aa  524  1e-147  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3340  recombinase A  72.91 
 
 		 353 aa  522  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317597  unclonable  0.0000000139477 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1300  recombinase A  74.48 
 
 		 353 aa  521  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000151962 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1629  recombinase A  76.45 
 
 		 355 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.849206  normal  0.20246 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1231  recombinase A  76.45 
 
 		 355 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000000176903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4088  recombinase A  76.45 
 
 		 355 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1215  recombinase A  73.12 
 
 		 353 aa  520  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1523  recombinase A  73.7 
 
 		 346 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4030  recombinase A  76.45 
 
 		 355 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104307  unclonable  0.0000000000000597568 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03079  recombinase A  74.92 
 
 		 348 aa  518  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.353429  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03513  recombinase A  72.46 
 
 		 354 aa  520  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17530  recombinase A  73.7 
 
 		 346 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4134  recA protein  74.77 
 
 		 345 aa  515  1.0000000000000001e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00773385  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0206  recA protein  72.89 
 
 		 350 aa  517  1.0000000000000001e-145  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.613588  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38560  recombinase A  75.77 
 
 		 349 aa  512  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0623  recA protein  70.35 
 
 		 352 aa  512  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1288  recombinase A  72.84 
 
 		 348 aa  509  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002519  RecA protein  74.38 
 
 		 347 aa  510  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2082  recombinase A  71.13 
 
 		 347 aa  505  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1303  recombinase A  69.5 
 
 		 355 aa  503  1e-141  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  68.88 
 
 		 347 aa  499  1e-140  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3732  recA protein  72.31 
 
 		 358 aa  498  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000212043 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  68.69 
 
 		 348 aa  491  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1765  recombinase A  71.21 
 
 		 348 aa  488  1e-137  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1765  recombinase A  71.21 
 
 		 348 aa  488  1e-137  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0881  recombinase A  71.22 
 
 		 343 aa  490  1e-137  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.115374  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3259  recombinase A  72.86 
 
 		 343 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0988  recombinase A  71.22 
 
 		 343 aa  490  1e-137  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1981  recombinase A  70.57 
 
 		 349 aa  488  1e-137  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00686398 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0387  recA protein  69.19 
 
 		 347 aa  486  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  71.56 
 
 		 384 aa  482  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  70.12 
 
 		 342 aa  483  1e-135  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1610  recA protein  70.77 
 
 		 390 aa  482  1e-135  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651077 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3381  recombination protein RecA  70.03 
 
 		 358 aa  483  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.000000385109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0513  recA protein  70.09 
 
 		 350 aa  474  1e-133  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.213728 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  68.01 
 
 		 345 aa  477  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  68.01 
 
 		 345 aa  477  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0570  recombinase A  72.92 
 
 		 344 aa  475  1e-133  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.244041 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  70.09 
 
 		 343 aa  474  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5453  recombinase A  69.78 
 
 		 362 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.658876  normal  0.17766 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0512  recombinase A  68.17 
 
 		 357 aa  474  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.759794  normal  0.922847 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1732  recombinase A  67.62 
 
 		 352 aa  472  1e-132  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0649106  normal  0.0921204 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1280  recombinase A  67.26 
 
 		 362 aa  474  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.118352  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0019  recombinase A  73.77 
 
 		 339 aa  473  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  67.95 
 
 		 366 aa  472  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1275  recombinase A  66.96 
 
 		 356 aa  471  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138864  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1287  recombinase A  70.66 
 
 		 343 aa  472  1e-132  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.569427  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1725  recombinase A  68.17 
 
 		 360 aa  474  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.971685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4376  recombinase A  70.4 
 
 		 363 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2578  recA protein  68.04 
 
 		 365 aa  471  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3524  recA protein  69.78 
 
 		 355 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00288101 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0711  recombinase A  70.37 
 
 		 345 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3741  recombinase A  68.85 
 
 		 364 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.709907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1567  recombinase A  69.47 
 
 		 363 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000432957 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4685  recA protein  73.4 
 
 		 377 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.0000000254393  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  71.34 
 
 		 364 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1730  recombinase A  69.47 
 
 		 363 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00591118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1616  recombinase A  66.86 
 
 		 362 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>