60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0370 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0370  hypothetical protein  100 
 
 
199 aa  393  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04750  hypothetical protein  53 
 
 
205 aa  204  7e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5088  hypothetical protein  52.46 
 
 
207 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.33903  normal  0.0631023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0040  putative lipoprotein  48.24 
 
 
208 aa  187  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236399  normal  0.184271 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1912  putative lipoprotein  47.74 
 
 
214 aa  187  9e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0157  ABC-type uncharacterized transport system auxiliary component-like protein  50 
 
 
211 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0155  lipoprotein  50.82 
 
 
211 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.941075 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22650  putative ABC-type uncharacterized transport system  49.72 
 
 
214 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00248211 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0139  putative lipoprotein  50.83 
 
 
211 aa  180  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.646492 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1157  protein of unknown function DUF330  43.78 
 
 
247 aa  177  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1609  hypothetical protein  37.1 
 
 
220 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0521  protein of unknown function DUF330  36.87 
 
 
213 aa  125  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.67807  normal  0.409639 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1842  putative ABC-type uncharacterized transport system  40.33 
 
 
208 aa  124  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03180  lipoprotein, putative  36.23 
 
 
211 aa  123  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.3551  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0625  hypothetical protein  33.5 
 
 
213 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.289104  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0576  putative secreted protein  33.5 
 
 
213 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1194  ABC-type uncharacterized transport system auxiliary component-like  32.11 
 
 
202 aa  100  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.907024  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2001  hypothetical protein  32.49 
 
 
209 aa  95.1  6e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1543  ABC-type uncharacterized transport system auxiliary component-like  30.16 
 
 
228 aa  92  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0904417  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2515  ABC-type uncharacterized transport system auxiliary component-like protein  29.06 
 
 
228 aa  91.3  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0198377  normal  0.0124768 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1502  protein of unknown function DUF330  31.46 
 
 
247 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4116  hypothetical protein  26.46 
 
 
213 aa  79.3  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0330836  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1896  hypothetical protein  26.2 
 
 
204 aa  79  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2110  lipoprotein  25.13 
 
 
209 aa  76.3  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.214262  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0989  putative lipoprotein  25.26 
 
 
200 aa  74.7  0.0000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1022  putative lipoprotein  25.26 
 
 
200 aa  74.3  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2047  hypothetical protein  29.31 
 
 
208 aa  73.6  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1955  hypothetical protein  27.42 
 
 
192 aa  71.6  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109853  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2192  protein of unknown function DUF330  25 
 
 
203 aa  71.6  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0373997  normal  0.146853 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1981  putative ABC transporter protein  21.69 
 
 
203 aa  69.3  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00566413  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3498  hypothetical protein  22.99 
 
 
378 aa  68.2  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.252503 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2804  protein of unknown function DUF330  32.17 
 
 
207 aa  65.5  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1355  hypothetical protein  24.39 
 
 
390 aa  65.5  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4715  Mammalian cell entry related domain protein  28.14 
 
 
398 aa  64.7  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324726  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1717  ABC-type uncharacterized transport system auxiliary component-like protein  26.87 
 
 
201 aa  62.8  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.230459  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1486  hypothetical protein  27.72 
 
 
201 aa  59.7  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.287305 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1375  hypothetical protein  24.39 
 
 
390 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2812  hypothetical protein  27.72 
 
 
201 aa  59.7  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.882153  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1678  ABC-type uncharacterized transport system auxiliary component-like protein  26.53 
 
 
200 aa  59.3  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2314  hypothetical protein  27.84 
 
 
208 aa  58.5  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.21644 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4041  hypothetical protein  27.11 
 
 
367 aa  57.8  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.474065  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5748  ABC transporter substrate-binding protein  28.76 
 
 
367 aa  57.4  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.588091  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1551  hypothetical protein  22.87 
 
 
204 aa  57.4  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0315787  normal  0.155463 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3671  hypothetical protein  28.34 
 
 
198 aa  53.5  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.228354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0820  protein of unknown function DUF330  25.9 
 
 
207 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.24879 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0854  protein of unknown function DUF330  26.36 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.251206  normal  0.0973906 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0894  hypothetical protein  26.36 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.749992 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3567  hypothetical protein  21.81 
 
 
217 aa  51.2  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.690462  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2345  putative lipoprotein  28.93 
 
 
211 aa  50.8  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.623027  normal  0.0122599 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4936  hypothetical protein  24.18 
 
 
198 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2009  putative lipoprotein  21.97 
 
 
199 aa  48.5  0.00006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1640  putative lipoprotein  22.73 
 
 
199 aa  47.8  0.0001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1923  hypothetical protein  25.17 
 
 
369 aa  47.8  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.743497  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1821  putative lipoprotein  21.97 
 
 
199 aa  46.6  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0099  protein of unknown function DUF330  25.4 
 
 
198 aa  45.8  0.0004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4964  protein of unknown function DUF330  24.78 
 
 
200 aa  44.7  0.0009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0120  conserved hypothetical lipoprotein  21.54 
 
 
197 aa  43.5  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.77236  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0375  ABC-type uncharacterized transport system auxiliary component-like protein  23.38 
 
 
220 aa  41.6  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.270986  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1984  putative lipoprotein  25.71 
 
 
217 aa  41.6  0.008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2369  putative lipoprotein  23.68 
 
 
198 aa  41.2  0.009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.561875  normal  0.727171 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>