More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0163 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4854  xanthine permease  68.55 
 
 
497 aa  645    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3263  xanthine permease  80.66 
 
 
501 aa  776    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480223  normal  0.169511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4643  xanthine/uracil permease family protein  78.09 
 
 
505 aa  768    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.422723 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0163  uracil-xanthine permease  100 
 
 
503 aa  988    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3209  xanthine permease  72.31 
 
 
501 aa  678    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1871  xanthine/uracil permease  80.52 
 
 
506 aa  775    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168569  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0967  uracil-xanthine permease  74.54 
 
 
496 aa  702    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2224  putative transporter  82.48 
 
 
509 aa  794    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4637  xanthine permease  78.29 
 
 
505 aa  766    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1300  uracil-xanthine permease  77.27 
 
 
493 aa  734    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26050  putative transporter  81.97 
 
 
485 aa  766    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.940504 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4505  uracil-xanthine permease  77.49 
 
 
505 aa  761    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.552965  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3428  uracil-xanthine permease  71.69 
 
 
500 aa  674    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0795  xanthine permease  78.88 
 
 
505 aa  784    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868998  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08240  uracil-xanthine permease  61.93 
 
 
566 aa  579  1e-164  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0249  xanthine permease  53.85 
 
 
487 aa  434  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0717  xanthine permease  50 
 
 
502 aa  424  1e-117  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0266  xanthine permease  50.84 
 
 
489 aa  400  9.999999999999999e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2599  uracil-xanthine permease  50.83 
 
 
459 aa  393  1e-108  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.765117  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1670  xanthine permease  48.63 
 
 
460 aa  392  1e-107  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2840  uracil-xanthine permease  49.77 
 
 
458 aa  384  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2478  uracil-xanthine permease  47.97 
 
 
431 aa  375  1e-102  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000102506  decreased coverage  0.00126456 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0883  uracil-xanthine permease  46.74 
 
 
468 aa  363  3e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244227  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2436  xanthine/uracil permease  46.07 
 
 
482 aa  362  6e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120352  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3824  putative transporter  45.77 
 
 
455 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.208531  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44950  putative transporter  45.54 
 
 
455 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0683  xanthine/uracil permease family protein  45.1 
 
 
457 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.355729  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0858  xanthine permease  44.88 
 
 
457 aa  353  5e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1021  putative permease protein  44.88 
 
 
457 aa  353  5e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0317497  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3941  xanthine permease  41.24 
 
 
495 aa  352  7e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0162348  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5937  xanthine/uracil transporter  45.75 
 
 
458 aa  352  7e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247365  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0863  xanthine permease  45.45 
 
 
479 aa  352  8e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2630  xanthine permease  45.63 
 
 
457 aa  352  8e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3616  xanthine permease  46.96 
 
 
451 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.267738  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1996  uracil-xanthine permease  45.32 
 
 
458 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0659686  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2606  uracil-xanthine permease  45.32 
 
 
458 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.779678  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2653  uracil-xanthine permease  45.75 
 
 
458 aa  351  2e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.139978  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3255  xanthine permease  45.27 
 
 
469 aa  350  4e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2526  xanthine permease  45.53 
 
 
458 aa  350  4e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4290  xanthine/uracil permease family protein  46.73 
 
 
451 aa  349  6e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1701  xanthine/uracil permease  46.73 
 
 
452 aa  348  9e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.226413  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1578  uracil-xanthine permease  46.73 
 
 
451 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0691  xanthine permease  45.45 
 
 
458 aa  348  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298309  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4071  xanthine permease  44.39 
 
 
475 aa  346  5e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4183  xanthine permease  44.39 
 
 
475 aa  346  5e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118543  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3854  xanthine permease  46.26 
 
 
451 aa  345  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00662261  normal  0.542415 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2057  xanthine permease  43.4 
 
 
444 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0614609  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2258  xanthine permease  44.62 
 
 
469 aa  342  7e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2729  xanthine/uracil permease  44.34 
 
 
446 aa  342  1e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.562669  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0711  xanthine/uracil - cation symporter  43 
 
 
469 aa  340  4e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0481  xanthine permease  43.78 
 
 
471 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0273217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2047  purine permease  44.65 
 
 
465 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.679547  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2118  putative xanthine permease transmembrane protein  44.17 
 
 
468 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.261398  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1935  xanthine permease  43.94 
 
 
469 aa  337  3.9999999999999995e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39014  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2911  uracil-xanthine permease  41.26 
 
 
494 aa  335  1e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.295839  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1141  xanthine permease  40 
 
 
490 aa  332  7.000000000000001e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0261  xanthine permease  41.19 
 
 
825 aa  332  9e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0633  xanthine/uracil transporter  40.18 
 
 
457 aa  332  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.757735  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2107  xanthine permease  38.7 
 
 
495 aa  328  2.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.439445  normal  0.198609 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7137  xanthine permease  40.84 
 
 
446 aa  326  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.946612 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1034  xanthine permease  39.58 
 
 
495 aa  324  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.581901  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1277  uracil-xanthine permease  40.21 
 
 
496 aa  324  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0599203  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1113  uracil-xanthine permease  39.58 
 
 
495 aa  322  7e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3606  xanthine permease  41.53 
 
 
457 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.556926  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3917  uracil-xanthine permease  40.26 
 
 
493 aa  321  1.9999999999999998e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51079  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3433  xanthine/uracil permease  42.53 
 
 
451 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1691  xanthine permease  39.22 
 
 
466 aa  319  7.999999999999999e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0626617 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6205  xanthine permease  45.06 
 
 
463 aa  319  7.999999999999999e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.140148 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2010  xanthine permease  39.22 
 
 
466 aa  318  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0376042  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5248  xanthine permease  42.38 
 
 
466 aa  318  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0121197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1127  xanthine permease  39.87 
 
 
465 aa  317  3e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28309  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3140  xanthine permease  40.18 
 
 
457 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1307  xanthine permease  39.79 
 
 
499 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.225701  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4001  uracil-xanthine permease  39.77 
 
 
463 aa  306  7e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4724  xanthine permease  40.62 
 
 
518 aa  305  9.000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0102171  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2965  xanthine permease  41.36 
 
 
640 aa  305  1.0000000000000001e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.276589  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5275  uracil-xanthine permease  41.19 
 
 
633 aa  304  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1340  xanthine permease  41.57 
 
 
466 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000141627  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03150  uracil-xanthine permease  38.36 
 
 
647 aa  301  3e-80  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02720  predicted transporter  38.36 
 
 
482 aa  300  6e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.553016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3047  putative xanthine permease  38.36 
 
 
482 aa  300  6e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0805  xanthine permease  38.36 
 
 
482 aa  300  6e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.568005  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3213  putative xanthine permease  38.36 
 
 
482 aa  300  6e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0821  xanthine permease  38.36 
 
 
482 aa  300  6e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02683  hypothetical protein  38.36 
 
 
482 aa  300  6e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.673646  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3020  putative xanthine permease  38.36 
 
 
525 aa  299  7e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2917  xanthine permease  40.27 
 
 
449 aa  297  3e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3292  uracil-xanthine permease  41.72 
 
 
463 aa  296  6e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.967032  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4177  putative xanthine permease  38.15 
 
 
525 aa  296  7e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3072  xanthine/uracil permease  40.91 
 
 
463 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.362165  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3080  xanthine/uracil permease  39.63 
 
 
449 aa  289  8e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230022  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0536  xanthine/uracil permease  39.42 
 
 
448 aa  274  3e-72  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000490682  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2128  uracil-xanthine permease  39.4 
 
 
450 aa  273  5.000000000000001e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.344536  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1698  xanthine permease  38.2 
 
 
440 aa  273  6e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1491  uracil-xanthine permease  38.2 
 
 
440 aa  273  6e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.994687  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1738  xanthine permease  38.2 
 
 
440 aa  273  6e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00633397  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3718  xanthine permease  38.2 
 
 
440 aa  273  6e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.46094  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1476  xanthine permease  38.2 
 
 
440 aa  273  7e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00182519  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1448  xanthine permease  38.2 
 
 
440 aa  273  7e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.868046  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1449  xanthine permease  38.2 
 
 
440 aa  273  7e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000505037  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>